基于BioMe生物样本库对西班牙裔和非裔人群中美洲混合血统映射与全基因组关联研究系统性比较

《Nature Communications》：Systematic comparison of phenome-wide admixture mapping and genome-wide association at biobank-scale

　　

摘要

在大规模基因组学研究中，利用群体结构获取更多洞察力的机会依然存在。混合血统映射（AM）能够识别疾病风险因祖源背景不同而存在差异的位点，为混合血统人群中的全基因组关联研究（GWAS）提供了一种互补策略。我们基于 BioMe 生物样本库中超过 800 个临床表型，对西班牙裔/拉丁裔（HL）和非裔美国人（AA）参与者进行了 AM 与 GWAS 的系统性比较。我们开发了一条经过良好校准的 AM 流程，针对 HL（N = 14,876）和 AA（N = 8,819）的本地祖源结构进行了优化。虽然 GWAS 发现了更多的显著关联，但 AM 揭示了 77 个信号，其中 48 个是 GWAS 未检测到的。AM 标记的变异具有更高的次要等位基因频率和群体分化度（Fst），而 GWAS 则表现出更高的比值比，凸显了每种方法所识别的独特遗传架构。本研究强调了在混合血统人群中同时应用 GWAS 和 AM 方法的重要性，以发现此前未被报道的位点。