一种无去污剂样品制备方法，实现无脱盐串联翻译后修饰富集

《Journal of Proteome Research》：A Detergent-Free Sample Preparation Method Enabling Desalting-Free Tandem PTM Enrichment

　　

摘要

基于质谱（MS）的蛋白质组学是一种分析翻译后修饰（PTM）的强大工具。然而，常规的多重PTM富集工作流程通常需要变性去污剂和随后耗时的脱盐步骤，这不可避免地导致样本损失。在此，我们提出了一种无去污剂样本制备（DFSP）方法，用于高度简化、免脱盐的多重PTM分析。DFSP采用独特的两步消化策略——首先在天然条件下进行胰蛋白酶切割，然后在热诱导变性后进行第二次消化——实现了与传统去污剂方法相当的酶解效率。通过完全消除去污剂，DFSP使得生成的肽段能够直接与抗体和磁珠富集策略兼容，无需事先进行中间脱盐。使用K-GG抗体磁珠、CaTiO₃和ZIC-HILIC，DFSP-PTM促进了修饰肽段的直接富集，从200 μg HeLa蛋白中获得了约6,000条泛素化肽段、30,000条磷酸肽段和800条完整糖肽（1%糖基FDR）。DFSP-PTM工作流程进一步鉴定了约8,000个蛋白，8,072个定位的泛素化位点（DIA-NN分数>0.9），18,584个定位的磷酸位点和2,117个糖基化位点（在IFNγ刺激样本中），显示出高重现性（皮尔逊相关系数>0.8）。此外，我们成功地将此工作流程应用于研究水泡性口炎病毒（VSV）感染小鼠体内的分子事件。总之，DFSP-PTM提供了一个快速、稳健且通用适用的平台，用于深入的、多维度的PTM分析。

图形摘要

主题 肽和蛋白， 蛋白结构， 单体， 翻译后修饰， 蛋白质组学

关键词 无去污剂， 样本制备， 多种翻译后修饰

支持信息

支持信息可免费访问：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.6c00349。

• HeLa-S3细胞和小鼠肝组织中的定量蛋白和翻译后修饰肽段，以及用于RT-qPCR的引物序列（表S1）（XLSX）

• DFSP方法的优化和评估以及与SDC和SP3策略的比较（图S1）；PTM富集策略评估和DFSP-PTM多组学工作流程的重现性（图S2）；DFSP性能和与下游磷酸蛋白组学和免疫印迹分析的兼容性评估（图S3）；VSV处理小鼠肝的多组学分析（图S4）；以及对应于图S3E的完整、未裁剪的Western blot膜（图S5）（PDF）

? 2026 美国化学学会