基于遗传算法构建元评分评估台湾人群乳腺癌多基因风险评分的比较分析

《Journal of Epidemiology and Global Health》：Comparative Analysis of Multiple Polygenic Risk Scores for Predicting Breast Cancer

　　

摘要

早期乳腺癌检测对于患者获得良好预后至关重要，早期诊断时五年生存率超过90%。全基因组关联研究和多基因风险评分（PRSs）已成为风险分层的宝贵工具，尤其考虑到乳腺癌的高发病率和遗传性。本研究分析了中国医药大学医院12,480名受试者，使用PRS Catalog中已发表的PRSs评估台湾人群的乳腺癌风险预测。我们的综合分析纳入了64种已描述的PRSs，比较它们在台湾人群中的预测性能及分布情况。为确定适合台湾人群的最佳PRS，我们基于遗传算法开发了一种元评分（metaPRS），从所有纳入的PRS中选择高影响变异。值得注意的是，若干遗传变异在多个PRS模型中表现出一致的显著性，其中rs11249433、rs10941679和rs10816625出现在超过30种不同的PRS中。metaPRS的性能评估显示病例与对照之间存在显著差异，比值比为14.6，曲线下面积为0.691，高于大多数已发表的PRS。此外，metaPRS在独立验证队列中表现出良好的泛化能力，得出比值比为1.46，AUROC为0.542。这些发现突显了PRSs在台湾人群中的潜在应用价值，同时也展示了PRS应用中考虑人群特异性的必要性。本研究通过对台湾人群中多种PRSs的比较分析提供了宝贵见解，有助于我们理解已发表PRSs在不同种族群体中的表现，并为遗传风险预测的未来发展提供信息。