野生马与家养马肠道微生物组比较研究

《Scientific Reports》：Fecal microbiome comparisons between feral and domestic horses reveal differences in diversity, composition, and environmental drivers

　　

摘要

对家养马肠道微生物组及其与肠道健康之间关系的兴趣日益增长，然而，关于未受管理的马群——那些未接触抗生素、精料或补充剂的马——的肠道微生物组知之甚少。这一空白限制了我们理解现代管理方式如何塑造马的肠道微生物组。为解决这一问题，我们在北达科他州一座国家公园采集了62匹野生马的粪便样本，进行了全长16S rRNA基因测序（V1–V9），并将其细菌组成与来自美国各地农场共114匹家养马的细菌组成进行了比较。我们发现，野生马的微生物组由17种核心细菌类群定义，其中包括纤维素降解菌如Fibrobacter、纤维消化菌如Saccharofermentans以及短链脂肪酸产生菌如Succiniclasticum。其微生物组与社会群体成员身份强相关，在社交群体内部检测到显著的微生物组趋同现象。幼马的微生物组与成年马不同，但微生物组相似度与该群体内的遗传亲缘关系无相关性。与家养马相比，野生马的微生物组多样性较低，且富集了未分类的Christensenellaceae、Ruminococcus champanellensis和Prevotella stercorea等类群。家养马则富集了Akkermansia glycaniphila、Kiritimatiella glycovorans和Treponema。多个因素，包括来源农场、牧场接触程度、品种和年龄，均与家养马的微生物组变异相关，但效应量较为有限。总之，我们的工作揭示了生活方式和环境因素对马肠道微生物组变异具有贡献。