跨物种硬骨鱼脑图谱平台的建立及其在青鳉与斑马鱼神经结构与功能差异分析中的应用

《Nature Communications》：A cross-species atlas platform for comparative neuroscience in teleost fish

　　

摘要

揭示神经环路与行为之间的联系的一般原则，需要进行跨物种的比较性脑分析。为了推进这些工作，我们开发了一套标准化工作流程和一个统一的脑图谱平台，用于对两种硬骨鱼幼鱼——青鳉（Oryzias latipes）和斑马鱼（Danio rerio）——之间的神经结构进行定量比较。关键在于，该平台无缝集成了用户生成的图像体积数据，促进了跨物种及跨实验室的解剖、转录和功能数据的定量比较。利用这些集成工具，我们鉴定了物种之间的区域性解剖差异及差异表达基因。我们进一步证实，这两个物种中功能不同的端脑区域对社会性刺激表现出不同的反应，这表明社会处理机制存在进化上的分歧。这个基于网页的交互式图谱平台促进了硬骨鱼研究社区内的数据交换与知识共享。其可扩展设计使得多组贡献变得轻而易举，使其能够扩展为一个持续增长的、全球可访问的数据库。