基于qPCR的新型minA检测方法在犬类皮肤肥大细胞瘤中KIT外显子11 ITDs检测中的表现评估

《BMC Veterinary Research》：A novel, minimally invasive diagnostic test for KIT exon 11 internal tandem duplications in canine cutaneous mast cell tumours II: proof-of-principle applications

　　摘要背景犬类皮肤肥大细胞瘤（cMCT）的临床管理面临诸多挑战。治疗决策通常依赖于切除活检样本的组织病理学和分子分析结果，然而这些样本并不总是可获得。此外，当前针对最具信息量的分子生物标志物——KIT受体酪氨酸激酶外显子11内部串联重复（ITDs）——的金标准检测方法不具备定量能力。在此，我们对新型的基于qPCR的KIT外显子11 ITDs检测方法（minA检测方法）在犬类cMCT福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本队列中的表现进行了测试。我们同时评估了该方法在细针吸取样本（FNAs）及“液体活检”（血液/血浆样本）中的适用性。结果从19个存档FFPE样本中提取了DNA，其中1个样本提取失败。另有2个样本始终无法获得可解释的PCR结果。在剩余的16个样本中，minA检测方法正确识别了9个样本为野生型，7个样本存在ITDs（通过外显子11测序确认；可解释样本的敏感性和特异性均为100%）。ITD序列即使被稀释至总样本的4%，只要每个反应体系含有至少5纳克样本DNA，仍能实现定量检测。minA检测方法在7个FNA细胞学样本中进行了测试；其中1个样本（来自含有转移性肿瘤细胞的淋巴结）检测到ITD。minA检测方法还能够在犬cMCT患者血浆中分离的游离DNA中检测到外显子11 ITD（8只动物共9个样本）。然而，尽管部分血浆样本显示强信号，其他样本仅呈现微弱或不明确的信号，甚至在一个已知ITD阳性病例中未检测到信号。结论minA检测方法是一种快速、敏感、特异性强且定量评估犬类cMCT中KIT外显子11状态的方法。该方法适用于福尔马林固定材料和细针吸取样本，因此在无法进行肿物切除活检的情况下具有理想的应用价值。然而，对于液体活检，仍需进一步优化样本采集的标准化流程并开展纵向研究，以明确检测（或未检测）到ITD的临床意义。该检测方法的建立标志着犬类cMCT临床管理领域的重要进展。