高粱与谷子低温响应的时间依赖性转录组数据集

《BMC Research Notes》：An RNA-seq data resource for time-of-day-dependent cold responses in sorghum and foxtail millet

　　

摘要

研究目标

本数据集旨在识别黍亚科禾草高粱（Sorghum bicolor）和谷子（Setaria italica）中表现出对低温的时间依赖性反应的转录本。这些数据支持了一项更全面的研究，旨在了解昼夜节律调控如何塑造C₄禾草的耐寒性及其相关的适应性代价。该数据集的优势在于其在不同时间段启动的受控低温处理下的高时间分辨率采样，从而能够检测到节律性和低温响应的转录动态变化。

数据描述

该数据集包含从高粱和谷子叶片组织中提取的RNA样本的测序数据，这些样本在黎明、黄昏开始低温处理后或在对照条件下采集。植物在14小时光照/10小时黑暗的 Photoperiod 下培养。样本在选定的4小时间隔处采集，每个样本由两株植物的叶片组织组成。共采集了三个重复，每个重复代表一次独立的生长试验。poly(A)富集的RNA使用Illumina NovaSeq X Plus平台进行测序，采用2 × 150 bp双端测序配置，每个样本的目标测序深度约为2000万对reads。FASTQ文件可通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive）获取。由于测序后的质量控制结果不理想，两个谷子样本和一个高粱样本未纳入数据发布。

研究目标

本数据集旨在识别黍亚科禾草高粱（Sorghum bicolor）和谷子（Setaria italica）中表现出对低温的时间依赖性反应的转录本。这些数据支持了一项更全面的研究，旨在了解昼夜节律调控如何塑造C₄禾草的耐寒性及其相关的适应性代价。该数据集的优势在于其在不同时间段启动的受控低温处理下的高时间分辨率采样，从而能够检测到节律性和低温响应的转录动态变化。

数据描述

该数据集包含从高粱和谷子叶片组织中提取的RNA样本的测序数据，这些样本在黎明、黄昏开始低温处理后或在对照条件下采集。植物在14小时光照/10小时黑暗的光周期下培养。样本在选定的4小时间隔处采集，每个样本由两株植物的叶片组织组成。共采集了三个重复，每个重复代表一次独立的生长试验。poly(A)富集的RNA使用Illumina NovaSeq X Plus平台进行测序，采用2 × 150 bp双端测序配置，每个样本的目标测序深度约为2000万对reads。FASTQ文件可通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive）获取。由于测序后的质量控制结果不理想，两个谷子样本和一个高粱样本未纳入数据发布。