整合多组学与机器学习揭示衰老成纤维细胞相关的ADAMTS2作为炎症性肠病中肠道炎症的关键指标

《The FASEB Journal》:Integrative Multi-Omics and Machine Learning Reveal Senescent Fibroblast-Associated ADAMTS2 as a Critical Indicator of Intestinal Inflammation in IBD

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年09月27日 来源:The FASEB Journal? 4.2

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   摘要 尽管细胞衰老与炎症性肠病(IBD)中的组织功能障碍有关,但在单细胞分辨率下细胞衰老的异质性仍未得到充分阐明。本研究系统表征了IBD微环境中细胞衰老的整体景观,重点关注成纤维细胞亚群及其系统性后果。

  

摘要

尽管细胞衰老与炎症性肠病(IBD)中的组织功能障碍有关,但在单细胞分辨率下细胞衰老的异质性仍未得到充分阐明。本研究系统表征了IBD微环境中细胞衰老的整体景观,重点关注成纤维细胞亚群及其系统性后果。采用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集来描绘衰老相关特征的异质性。根据衰老评分将成纤维细胞分为高衰老组(HS-Fibro)和低衰老组(LS-Fibro)。鉴定了HS-Fibro特异性基因特征并进行了功能注释。使用CellChat构建细胞间通讯网络,绘制HS-Fibro互作图谱,重点关注识别对衰老相关分泌表型(SASP)信号响应的细胞靶点。整合微阵列数据集以阐明HS-Fibro在IBD中的系统性影响。通过整合差异表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)以及113种机器学习算法的组合模型,系统地鉴定并筛选了与IBD进展相关的七个核心基因。在IBD微环境中,成纤维细胞表现出增强的衰老活性。HS-Fibro显示出强烈的促炎特性及增强的通讯能力。高HS-Fibro浸润的IBD患者表现出持续的免疫炎症活性。通过系统的生物信息学分析和免疫组化验证,鉴定出ADAMTS2作为IBD的稳健诊断指标,其表达水平在患者中相对于对照组显著升高。对人结肠成纤维细胞系CCD-18Co进行H2O2处理以建立细胞衰老模型,结果显示ADAMTS2、SASP标志物及纤维化相关基因的显著上调。此外,siRNA介导的ADAMTS2敲低导致这些SASP和纤维化相关基因的明显减弱。

图形摘要

结合多组学和机器学习分析,我们绘制了炎症性肠病中细胞衰老特征的异质性景观,并鉴定出ADAMTS2作为衰老成纤维细胞(SFs)的特异性分子标志物。实验验证了ADAMTS2是驱动SFs促炎和促纤维化表型的关键因子。

利益冲突

作者声明不存在利益冲突。

数据可用性声明

本研究分析的数据集已存入GEO仓库,包括GSE36807、GSE47908、GSE75214、GSE179285、GSE214695、GSE39582。

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