综述：基于LC-MS/MS的缺血性卒中蛋白质组学进展与生物标志物发现

《Clinical Proteomics》：Proteomics in ischemic stroke: a decade of advances in LC-MS/MS technology

摘要

背景

蛋白质组学已成为阐明缺血性卒中复杂病理生理学的一种强有力方法，而缺血性卒中至今仍是全球致残和致死的 leading cause。本综述汇集了2015至2025年间液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术的主要进展，重点聚焦于数据非依赖性采集（DIA）和平行反应监测（PRM）。这些方法现已可在动物模型和人类样本中实现深度、可重复的蛋白质组学图谱分析。

正文

过去十年间，LC-MS/MS技术发生了根本性变革。自动化样品制备平台、高通量液相色谱系统（Evosep One和μPAC）、先进的离子淌度分离技术（timsTOF和循环离子淌度）以及新一代质量分析器（Orbitrap Astral和ZenoTOF）从根本上改变了该领域。从传统的数据依赖性采集向更稳健的数据非依赖性采集和平行反应监测工作流程的转变，带来了更优的蛋白质组覆盖度、更高的定量准确性和显著减少的缺失值。在动物模型中，基于这些工作流程的研究揭示了脑组织、尿液和细胞外囊泡中的蛋白质动态变化，这些变化与神经炎症、氧化应激、谷氨酸信号传导和神经保护相关。在利用血浆、血清、脑脊液、尿液、痰液和血栓进行的人类研究中，研究人员已鉴定出有前景的诊断生物标志物。这些标志物组合可区分缺血性卒中和出血性卒中、预测复发风险，并有效监测治疗反应。本综述探讨了蛋白质翻译后修饰的关键作用，并评估了当前生物信息学工具（如DIA-NN、Spectronaut和Skyline），这些工具现已成为稳健数据处理和多组学整合所必需的。

结论

LC-MS/MS技术的这些重大进展显著加深了我们对缺血性卒中机制的理解，并加速了临床有用生物标志物的发现。要将这些发现转化为精准诊断和个性化治疗，仍需持续推进标准化、在大样本队列中进行严格验证，并与其他组学技术进行更紧密的整合。

背景

蛋白质组学已成为阐明缺血性卒中复杂病理生理学的一种强有力方法，而缺血性卒中至今仍是全球致残和致死的首要原因。本综述汇集了2015至2025年间液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术的主要进展，重点聚焦于数据非依赖性采集（DIA）和平行反应监测（PRM）。这些方法现已可在动物模型和人类样本中实现深度、可重复的蛋白质组学图谱分析。

正文

过去十年间，LC-MS/MS技术发生了根本性变革。自动化样品制备平台、高通量液相色谱系统（Evosep One和μPAC）、先进的离子淌度分离技术（timsTOF和循环离子淌度）以及新一代质量分析器（Orbittrap Astral和ZenoTOF）从根本上改变了该领域。从传统的数据依赖性采集向更稳健的数据非依赖性采集和平行反应监测工作流程的转变，带来了更优的蛋白质组覆盖度、更高的定量准确性和显著减少的缺失值。在动物模型中，基于这些工作流程的研究揭示了脑组织、尿液和细胞外囊泡中的蛋白质动态变化，这些变化与神经炎症、氧化应激、谷氨酸信号传导和神经保护相关。在利用血浆、血清、脑脊液、尿液、痰液和血栓进行的人类研究中，研究人员已鉴定出有前景的诊断生物标志物。这些标志物组合可区分缺血性卒中和出血性卒中、预测复发风险，并有效监测治疗反应。本综述探讨了蛋白质翻译后修饰的关键作用，并评估了当前生物信息学工具（如DIA-NN、Spectronaut和Skyline），这些工具现已成为稳健数据处理和多组学整合所必需的。

结论

LC-MS/MS技术的这些重大进展显著加深了我们对缺血性卒中机制的理解，并加速了临床有用生物标志物的发现。要将这些发现转化为精准诊断和个性化治疗，仍需持续推进标准化、在大样本队列中进行严格验证，并与其他组学技术进行更紧密的整合。