《Translational Oncology》：Integrative analysis of m6A-related genetic variants and single-cell RNA sequencing identifies HLA-DQA1/HLA-DQB1-associated immune signatures in CAR-T-treated diffuse large B-cell lymphoma
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研究人员整合全基因组关联研究（GWAS）汇总数据、m6A相关单核苷酸多态性（m6A-SNP）注释、表达数量性状位点（eQTL）定位及单细胞RNA测序（scRNA-seq），系统分析CAR-T治疗的弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的m
研究人员整合全基因组关联研究（GWAS）汇总数据、m6A相关单核苷酸多态性（m6A-SNP）注释、表达数量性状位点（eQTL）定位及单细胞RNA测序（scRNA-seq），系统分析CAR-T治疗的弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的m6A相关遗传变异与免疫状态。遗传筛选鉴定出11个候选m6A-SNP，其中9个存在eQTL信号；功能富集将HLA-DQA1与HLA-DQB1关联至MHC-Ⅱ类分子介导的抗原呈递通路。单细胞与临床验证结果显示，HLA-DQA1/HLA-DQB1相关免疫特征与CAR-T治疗反应状态相关，提示抗原呈递相关特征可能作为CAR-T疗效的候选标志物。
弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是成熟B淋巴细胞来源的异质性恶性肿瘤，在遗传、表观遗传和转录水平上呈现显著差异，并可分为生发中心B细胞样（GCB）、活化B细胞样（ABC）及MCD、BN2、N1、EZB等分子亚型。R-CHOP免疫化疗是标准治疗，但复发/难治性患者仍需要新策略。嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法为DLBCL提供了个体化治疗选择，但患者疗效差异大，部分患者长期缓解，部分患者出现复发或耐药。N6-甲基腺苷（m
6A）作为真核生物中最丰富的RNA修饰，可调控RNA稳定性、剪接、翻译和基因表达，并与肿瘤免疫、抗原呈递和免疫检查点调节有关。既往研究多关注CAR-T细胞表型或肿瘤微环境，缺乏对m
6A相关遗传变异、单细胞免疫状态与CAR-T治疗反应之间关联的系统整合分析。为此，研究人员利用公共GWAS、m6A-SNP注释、eQTL定位、scRNA-seq及临床样本验证，系统鉴定与CAR-T治疗反应相关的候选基因和免疫特征。
研究人员将FinnGen数据库中DLBCL的GWAS汇总数据与RMDisease V2.0的m6A-SNP注释取交集，利用HaploReg进行eQTL注释，通过GO富集分析明确候选基因的生物学功能；随后基于GEO GSE197268中4例具有完整基线和治疗时点样本的B细胞淋巴瘤患者（2例缓解、2例非缓解）开展单细胞免疫状态分析，并利用CAR-T细胞亚型、细胞通讯、拟时序、转录因子调控网络等方法解析HLA-DQA1/HLA-DQB1相关特征；最后通过临床队列的ELISA、qPCR和免疫组织化学（IHC）进行验证。整体结论是，HLA-DQA1和HLA-DQB1是与抗原呈递和CAR-T治疗反应状态相关的候选基因，其相关免疫特征具有潜在临床意义。
关键技术方法方面，样本队列来源如下：GWAS来自FinnGen R10_C3_DLBCL_EXALLC（1050例DLBCL患者，314193例对照）；m6A-SNP来自RMDisease V2.0；scRNA-seq来自GEO GSE197268中4例反应注释明确的患者；临床验证队列包括15例缓解者和11例非缓解者，其中DLBCL组织IHC包括9例缓解者和7例非缓解者。主要方法包括GWAS与m6A-SNP交集筛选（阈值P<5.0×10
?5）、HaploReg eQTL注释、GO富集、Seurat/Harmony单细胞聚类、CellChat细胞通讯推断、Monocle2拟时序与BEAM分析、GSVA通路活性分析、pySCENIC转录因子调控网络、STRING/Cytoscape蛋白互作网络，以及ELISA、qPCR和IHC临床验证。
研究结果显示：第一，DLBCL相关m6A-SNP的鉴定与特征分析。研究从21303852个GWAS SNP和1133977个m6A-SNP中筛选出11个候选m6A-SNP，其中9个具有e
