基于四蛋白氨基酸重复变异谱的单核细胞增生李斯特菌基因分型及其与MLST的一致性分析

《Scientific Reports》：A four gene genotyping panel for Listeria monocytogenes driven by amino-acid repeat hotspots

　　

摘要

尽管已开展数十年的研究，单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）仍是主要的食源性威胁，与即食食品相关的持续暴发事件凸显了现有食品安全监测的局限性。因此，能够补充金标准监测手段的快速、可解释性标记物对于食品环境中单核细胞增生李斯特菌的监测具有重要价值。我们分析了67个公开的单核细胞增生李斯特菌基因组，并定量分析了四种蛋白中的氨基酸重复（AAR）变异，分别为：内聚素（富含PVD）、LPXTG细胞壁锚定蛋白（富含DA）、ActA蛋白（富含GPN）和FtsH蛋白（EPKE）。我们用四元素AAR谱对每个基因组进行了汇总，并通过相似性聚类将这些谱划分为33株菌株中的14个组。这些AAR组与多位点序列分型（MLST）编号高度一致（校正兰德指数为0.972），表明AAR位点所携带的遗传背景信号与七位点MLST相当。相反，AAR模式与核心基因组SNP之间不存在相关性。此外，基因图谱映射结果显示四种结构（A–D），其结构差异主要由LPXTG和内聚素重复序列含量驱动，且与AAR及MLST模式一致。综上所述，这些结果表明四蛋白AAR基因分型面板可作为与MLST相一致的补充工具，用于区分单核细胞增生李斯特菌。