欧洲三大罕见病中心罕见病儿科患者全外显子组测序与全基因组测序一线诊断策略的成本效益分析

《Orphanet Journal of Rare Diseases》：Economic and diagnostic impact of adopting WES and WGS as first-tier tests in the paediatric rare disease diagnosis: evidence from Italy and Spain

摘要

背景

全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）可通过缩短"诊断漫旅"并提高诊断率（DY），改善罕见病儿科患者的诊疗历程。然而，将这些技术作为临床一线检测手段的经济影响，以及针对不同患者类型选择最合适策略的最佳方案，目前仍不明确。

方法

我们在欧洲三个罕见病卓越中心进行了微观成本分析，针对两组患者——危重住院患者和存在神经发育延迟的门诊患者——在不同诊断情景下，估算诊断率、总诊断路径费用以及每位确诊患者的诊断成本。

结果

对于住院患者，与传统顺序基因检测相比，一线全基因组测序预计可降低每位确诊患者的诊断成本85–98%（每例确诊可节省251,656至1,968,669欧元），这主要归因于在诊断终点前新生儿重症监护病房住院时间的缩短。对于门诊患者，在三个中心之一，一线全基因组测序产生的预期单位诊断成本最低，与最后一环使用或大型临床基因panel相比，可降低每位确诊患者的诊断成本57%（每例确诊节省11,258欧元）。在其余两个中心，最便捷的策略是的一线全外显子组测序，可降低每位确诊患者的诊断成本9–46%（每例确诊节省762至3,579欧元）。

结论

这些结果支持分层一线测序策略，即由于全基因组测序在临床和经济价值方面具有优势，应优先将其用于危重住院患者；而对于许多门诊诊疗路径，全外显子组测序仍是一种务实且具成本效益的一线选择。随着测序成本持续下降及分析能力不断扩大，全基因组测序有望在各临床场景中逐步展现出更优的经济效益。