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基于表观遗传邻近杂交反应的非破坏性单细胞多位点组合表观标记三维空间解析
摘要专业翻译:单细胞测序与空间组学技术的进步深化了研究人员对细胞身份、组成、架构及功能的认识。然而,由于缺少能够在保持三维基因组结构的同时,实现高分辨率、位点特异性检测组合表观标记的空间单细胞方法,单细胞三维(3D)表观组的组织方式仍不清楚。为此,研究人员开发了表观遗传邻近杂交反应(Epi-PHR,epigenetic proximity hybridization reaction),一种非破坏性的、基于成像的单细胞空间表观遗传 profiling 技术。Epi-PHR 可在单细胞内、针对数百个基因靶标原位检测组合表观标记,同时保留 3D 基因组构象。阶段性 Epi-PHR 与染色质追踪(c
来源:Nature Methods
时间:2026-11-07
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癌症治疗过程中的吸烟与戒烟问题:20年来在将戒烟作为标准癌症治疗措施方面取得的进展
```摘要在过去20年里,针对癌症治疗全过程中的吸烟问题及其戒烟措施取得了显著进展。20世纪期间,长期的市场推广、虚假宣传和社会工程手段导致吸烟率及健康问题大幅增加。尽管发达国家的情况在过去20年里开始有所好转,但许多低收入和中等收入国家的烟草使用率仍在上升。在发达国家中,过去20年癌症治疗效果的提高很大程度上归功于吸烟率的下降以及癌症治疗方法的改进。随着电子烟的普及和使用,出现了替代产品和降低危害的方法。继续吸烟的癌症患者和康复者会导致一系列生物学和生理活动,从而影响癌症治疗的预后,包括整体死亡率和癌症相关死亡率的增加、继发性癌症的风险上升、与癌症治疗相关的毒性反应,以及非癌症相关健康问题的
来源:Journal of Thoracic Oncology
时间:2026-11-07
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JNK信号通路在组织应激中平衡细胞凋亡与存活
组织应激后的恢复需要清除受损细胞并相应产生健康细胞。这两类过程如何协调以确保组织恢复目前仍知之甚少。本研究表明,c-Jun N末端激酶(JNK)通路在响应上皮应激时协调了细胞凋亡与增殖这两种看似相反的细胞行为。研究人员利用新型光遗传学工具在果蝇翅原基的特定区域触发JNK信号活动的脉冲,并在时间和空间上对响应进行了图谱分析。在诱导后3小时内,激活区域内的细胞增殖停滞,同时一部分细胞发生凋亡。当JNK信号恢复到基线水平时,凋亡减弱,增殖恢复,从而以高保真度完成发育。使用灵敏的报告系统,研究人员发现虽然JNK触发凋亡,但JNK活性水平与凋亡在单细胞基础上并不相关。研究表明细胞周期时相调节JNK信号的
来源:CELL DEATH AND DIFFERENTIATION
时间:2026-11-07
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酮体与心力衰竭:从代谢适应到治疗目标的双重悖论
摘要心力衰竭(HF)本质上是一种能量代谢紊乱的综合症。尽管越来越多的证据表明衰竭的心脏会增加酮体的利用,但这种代谢转变是适应性还是适应不良的仍然存在争议,而这又因HFrEF(射血分数降低的心力衰竭)和HFpEF(射血分数保留的心力衰竭)之间的显著差异而变得复杂。此外,SGLT2i类药物的心血管益处部分归因于循环中酮体水平的升高,然而同样的机制也与酮症酸中毒的风险增加有关。本综述分析了酮体在心力衰竭中的双重作用:在应激状态下作为替代的氧化底物,以及作为疾病严重程度的标志物;同时,SGLT2i类药物虽然具有心脏保护作用,但也带来安全风险。我们重点关注心力衰竭亚型间的异质性以及针对酮体代谢的治疗策略
来源:Metabolism
时间:2026-11-07
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去乙酰化酶(Sirtuins)在皮肤衰老标志中的作用机制
去乙酰化酶(Sirtuins)是一类通过影响基因组稳定性、线粒体功能、细胞衰老、炎症和自噬等通路调控细胞稳态的酶家族。在皮肤中,这些通路可抵御外源性损伤、维持角质形成细胞干细胞的特性,并有助于皮肤屏障的整体结构与完整性。去乙酰化酶(Sirtuins)随实际年龄增长而下降,紫外线(UV)暴露也会影响其活性,从而导致这种稳态的丧失。目前已确立13种生物学衰老标志。本综述介绍了目前关于去乙酰化酶(Sirtuins)在这些衰老标志(尤其是与皮肤相关的方面)中发挥机制性作用的证据。1 引言健康皮肤由具有自我更新能力的表皮层和内含成纤维细胞的真皮层组成,后者嵌入复杂的细胞外基质(ECM)中。这些层次提供了
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07
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WNK激酶通过调控RNF43质膜水平精细调节WNT信号
E3泛素连接酶RNF43与ZNRF3是经典WNT信号通路的关键负调控因子,促进质膜上WNT受体Frizzled与LRP5/6的周转。尽管其作用机制已较为明确,但RNF43/ZNRF3自身如何被调控仍不清楚。本研究通过邻近标记蛋白质组学(proximity labeling proteomics)鉴定出WNK激酶为RNF43的调控因子。利用功能获得与功能缺失策略,研究人员证明WNK激酶控制RNF43的质膜定位及其下调WNT受体的能力。药理学抑制WNK可增加RNF43的膜丰度并增强WNT抑制——该效应在RNF43/ZNRF3双敲除细胞与类器官中消失。机制上,WNK抑制改变RNF43的转运与泛素化,
来源:Experimental & Molecular Medicine
时间:2026-11-07
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髓系来源ITGAM+细胞外囊泡经S100a9介导的代谢重编程触发急性肾损伤中CD8+T细胞活化
急性肾损伤(AKI)是一种临床常见综合征,治疗选择有限,其中炎症驱动的持续性肾损伤仍是核心病理挑战。本研究鉴定了一个特定的细胞外囊泡(EVs)亚群,作为将早期髓系炎症转化为代谢驱动的CD8+T细胞致病性的关键纽带。研究人员在小鼠缺血-再灌注损伤模型中采用邻近条形码检测(PBA)进行单囊泡表面蛋白质组学分析,绘制了肾脏EVs图谱,发现损伤后丰度显著增加的髓系来源ITGAM+EVs亚群。利用遗传性增强ITGAM+EVs释放的CD63-PAGFPITGAM-KI报告小鼠,研究人员进一步验证了这些EVs在肾脏淋巴微环境中与CD8+T细胞相互作用,驱动其促炎性活化。蛋白质组学分析确定S100a9为这些I
来源:Journal of Extracellular Vesicles
时间:2026-11-07
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儿童嗜酸性粒细胞性食管炎持续性疼痛亚型的临床特征与 ALOX15 表达分析
摘要背景嗜酸性粒细胞性食管炎(EoE)是一种由食物抗原引发的慢性食管炎症性疾病,伴有多种症状,包括疼痛,但对此类疾病的关注较少。方法我们针对在辛辛那提儿童医院就诊的1,097名EoE患者进行了回顾性病例对照研究。通过经过验证的自然语言处理算法,识别出那些有记录的、持续性的EoE相关疼痛的患者。在系统的回顾和提取了具有持续性EoE相关疼痛(EoEp+)和没有记录的EoE相关疼痛(EoEp-)患者的电子健康记录后,我们对每个组各47名确认的受试者进行了临床特征和食管基因表达的分析。结果临床上显著的EoEp+患者占EoE患者的4.3%。两组患者在人口统计学特征、疾病活动(包括嗜酸性粒细胞水平)和吞咽
来源:Journal of Allergy and Clinical Immunology
时间:2026-11-07
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突变积累是饮食限制延长寿命演化的基础
饮食限制(DR)能够延长动物和植物的寿命,但其演化原因尚不明确。主流解释认为,DR通过将资源从繁殖转向体细胞维持来延长寿命。为在秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中检验这一观点,研究人员建立了一种实验范式,通过食物气味线索诱使线虫在DR条件下增加繁殖投入。尽管DR改善了存活率,但实验性增加的DR条件下繁殖并未降低即时或长期存活收益,从而与资源分配理论相矛盾。研究结果表明,DR条件下的大部分生育抑制反映了在恶劣环境中对繁殖的节制。研究人员建立了一个基于Hamilton选择力的模型,表明DR条件下的寿命延长可以演化,因为DR抑制生育,从而直接增加了该环境中针对死亡的选择压
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07
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骨骼肌mTORC1组成性激活驱动老年小鼠骨骼肌促炎基因表达
骨骼肌中mTORC1活性随衰老而升高,并被认为是年龄相关肌肉健康下降的潜在驱动因素。虽然药理学抑制mTORC1可改善寿命和健康寿命,但慢性mTORC1激活是否足以加速骨骼肌衰老仍不清楚。研究人员旨在利用肌肉特异性敲除Depdc5(编码含DEP结构域蛋白5,DEPDC5,mTORC1的负调控因子)的可诱导模型来解决这一问题。在27月龄小鼠中,Depdc5敲除诱导炎症和免疫相关基因的强烈上调,并伴随代谢和血管生成通路的改变。此外,Depdc5敲除小鼠表现出TNF-α蛋白表达增加。然而,这些转录和蛋白质变化与巨噬细胞表型改变或肌肉毛细血管密度变化无关。饮食中添加雷帕霉素部分逆转了mTORC1信号传导
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07
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硫酸氧钒通过改变衰老细胞中蛋白质半胱氨酸反应性触发衰老细胞清除并改善衰老相关表型
饮食如何塑造衰老及以衰老细胞积累为特征的年龄相关疾病仍不清楚。本研究报道,硫酸氧钒(VS)——一种矿物质膳食补充剂——可作为衰老细胞清除剂(senolytic agent)。口服VS可改善雄性小鼠的衰老表型及多种年龄相关疾病,并延长其寿命。整合功能性组学分析显示,衰老细胞整体蛋白质组半胱氨酸反应性降低,但内质网蛋白质稳态所必需蛋白质的表达及其表观半胱氨酸反应性升高。该氧化还原–蛋白质稳态状态与氧化型谷胱甘肽(GSSG)积累相关,并可通过向非衰老细胞递送GSSG重现。机制上,VS使衰老细胞中的反应性半胱氨酸失活并促进二硫键形成,导致蛋白质错误折叠、聚集并最终引起细胞死亡。谷胱甘肽还原酶(GSR)
来源:Nature Aging
时间:2026-11-07
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石榴衍生纳米囊泡通过调控炎症反应改善小鼠慢性皮炎样病变的体内治疗作用
细胞外囊泡因作为治疗与递送平台而受关注,其中植物纳米囊泡(PNVs)因固有生物活性颇具前景。石榴(Punica granatum)传统医学中具抗氧化与抗炎特性,其果汁含具治疗潜力的PNVs。研究人员从石榴汁中分离、表征石榴衍生纳米囊泡(PgNVs),并在迟发型超敏反应(DTH)与慢性皮炎小鼠模型中评价药效。皮下给予PgNVs可调控促炎细胞因子,在DTH模型中降低IL-4与IL-1β水平;慢性皮炎模型中,处理组病理损伤减轻,表皮增生、胶原沉积与免疫细胞浸润减少,同时提升抗炎因子IL-10、降低IL-1β等促炎介质。长期效果与外用糖皮质激素(TCS)比较显示,PgNVs无TCS相关不良反应,支持其
来源:Journal of Extracellular Vesicles
时间:2026-11-07
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UBA1M41突变通过STING-IRF3轴驱动VEXAS综合征I型干扰素信号过度活化及广谱炎症程序
VEXAS(Vacuoles, E1 enzyme, X-linked, Autoinflammatory, Somatic)综合征是一种由造血细胞中体细胞UBA1突变引起的严重系统性炎症性疾病。当前治疗方法包括类固醇、IL1、IL6和JAK家族激酶抑制剂、去甲基化药物以及异基因干细胞移植,仅能提供部分且不一致的疾病控制,伴随显著毒性和频繁治疗失败。缺乏持久且耐受性良好的疗法凸显了更好地定义驱动VEXAS综合征的自身炎症机制的必要性。VEXAS综合征患者外周血和骨髓的转录组分析一致显示干扰素(IFN)基因特征的显著上调。连接UBA1突变与IFN失调的分子机制尚不清楚。研究人员先前在32D小鼠髓
来源:Leukemia
时间:2026-11-07
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衰老心脏中免疫-纤维化轴改变的空间局域化特征
免疫-纤维化轴(immune-fibrotic axis)作为一个恶性反馈回路发挥作用,其中与年龄相关的慢性低度全身性炎症(炎症性衰老,inflammaging)驱动适应不良的组织修复和纤维化,而衰老的纤维化细胞反过来又放大全身性炎症。在衰老心脏中,免疫失调和成纤维细胞活化导致组织瘢痕形成和僵硬,以及心力衰竭和血管疾病风险的增加。为了识别受年龄影响的心脏区域和细胞类型,研究人员监测了6月龄和24月龄雄性和雌性小鼠整个心脏的转录变化。巨噬细胞和成纤维细胞(与炎症性衰老密切相关的非心肌细胞群体)的空间分辨特征主要富集于瓣膜和主动脉。随着年龄增长,两种细胞类型同时采用适应不良的程序:巨噬细胞表现出免
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07
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焦亡巨噬细胞来源细胞外囊泡经miR-103a-3p靶向MFN2与BCL2L13诱导线粒体功能障碍促进卵巢储备功能减退
为明确焦亡巨噬细胞来源的细胞外囊泡(EVs)在卵巢储备功能减退(DOR)中的作用,并阐明EVs介导的miR-103a-3p转运是否驱动颗粒细胞线粒体功能障碍,研究人员分析了公共GEO数据集的单细胞RNA测序数据,以刻画不同年龄组卵巢巨噬细胞中与焦亡相关的特征。研究人员从焦亡巨噬细胞中分离EVs并作用于颗粒细胞(KGN),以评估线粒体功能、氧化应激和凋亡;通过miRNA测序鉴定EVs富集的miRNA;进一步检测DOR患者卵泡液EVs中miR-103a-3p的表达,并分析其与卵巢储备标志物的相关性;采用体外实验和体内小鼠模型开展机制研究。结果显示,焦亡特征随衰老在卵巢巨噬细胞中富集;焦亡巨噬细胞来
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07
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面向单细胞eQTL分析的高效精准泊松混合模型关联工具
遗传效应对基因表达的影响常随细胞类型而变化,这推动了在单细胞RNA测序数据中定位表达数量性状位点(eQTL)。现有方法通常将表达量在细胞间聚合,采用不适用于读段计数的高斯模型,且难以规模化。研究人员提出SAIGE-QTL,一种直接对单细胞读段计数建模的泊松混合模型(Poisson mixed model),在控制供体水平与细胞水平协变量及每位供体细胞数不均一性的同时,实现校准良好且计算可扩展的eQTL定位。在模拟与三个单细胞数据集中,SAIGE-QTL相较伪批量(pseudobulk)方法提升了统计效率与显著eQTL基因(eGenes)的发现能力,并以更低计算成本得出与现有单细胞模型一致的结果
来源:Nature Genetics
时间:2026-11-07
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细胞外囊泡在空间生物医学研究中的应用:从微重力敏感的细胞适应到液体活检与再生医学
细胞外囊泡(EVs)是受调控的、信息丰富的纳米囊泡,可反映亲本细胞状态的不同方面,使其成为生物适应的有前景的读出指标。微重力扰动机械转导、线粒体应激与质量控制以及自噬-内溶酶体转运,这些过程可重塑EV的生物发生和货物选择。然而,空间飞行EV研究仍然稀少且方法学不一致,使机制解释和跨任务比较复杂化。在本综述中,研究人员定义了一个以EV为中心的框架,将微重力敏感的细胞骨架张力、膜转运、线粒体质量控制和自噬-内溶酶体路径变化与四个可测量的EV输出联系起来:浓度、亚型平衡、表面表型和分子货物。研究人员利用该框架组织来自空间飞行和模拟微重力研究的当前证据,同时考虑异质性分离和表征方法带来的局限性。随后,
来源:Journal of Extracellular Vesicles
时间:2026-11-07
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REV-ERBα 调控视网膜代谢与功能并延缓视网膜色素变性进展
摘要视网膜是一种代谢需求较高的组织,对视觉功能至关重要。视网膜代谢途径的紊乱与视网膜色素变性(RP)等退行性眼病密切相关。在本研究中,我们发现REV-ERBα(Nr1d1)这种在线粒体生物生成过程中起核心作用的核受体,对视网膜代谢和视觉功能至关重要,并具有保护视网膜免受损伤的作用。REV-ERBα在视网膜细胞中普遍表达,尤其在光感受器中的含量较高。在小鼠中,无论是全身性基因删除还是仅剔除杆状光感受器中的REV-ERBα基因,都会导致视觉功能下降,表现为视网膜电图中的a波和b波幅度减弱。REV-ERBα缺乏的视网膜和光感受器细胞的线粒体功能受损,氧气消耗减少,代谢相关基因的表达也发生改变。重要的
来源:Molecular Neurodegeneration
时间:2026-11-07
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随着年龄的增长,大脑中的血清素回路能够逆转身体活动量的下降趋势
摘要随着年龄的增长,身体活动量逐渐减少,这成为导致死亡的第四大风险因素。然而,迄今为止,我们仍难以明确导致年龄增长伴随活动量下降的机制,也难以找到相应的解决办法。与较年轻的(17-30岁)英国参与者相比,较年长的(50-70岁)参与者表现出较低的身体活动水平,这一现象在小鼠实验中也得到了有效验证。通过对背侧缝核(5-HTDR)中血清素神经元的分析,发现老年小鼠的神经元放电活动发生了变化。通过基因手段模拟年轻小鼠的5-HTDR活性,可以观察到类似老年小鼠的身体活动模式。而在5-HT2C受体上基因性地阻断5-HT活性,则能够防止随着年龄增长而出现的活动量下降。重要的是,仅在腹侧被盖区特异性地抑制5
来源:Metabolism
时间:2026-11-07
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间歇性禁食对非洲绿松石鳉(Nothobranchius furzeri)寿命延长及肌肉保护的性别二态性响应
年龄相关的骨骼肌衰退(sarcopenia)促进衰弱与死亡,然而性别如何影响肌肉衰老及饮食干预仍不明确。研究人员利用短寿命脊椎动物非洲绿松石鳉(Nothobranchius furzeri),探究了性别与间歇性禁食(intermittent fasting, IF)如何交互调控寿命与骨骼肌衰老。研究人员建立了一种IF方案,该方案在雄性和雌性中均延长寿命,尽管存在包括生长减缓与繁殖产出降低在内的权衡。重要的是,IF改善了老年动物两性的游泳表现。在正常喂食条件下,肌肉衰老表现出显著的性别二态性。雄性显示年龄相关的肌纤维增生(myofiber hyperplasia),而雌性保持纤维数量但经历肥大性
来源:Aging Cell
时间:2026-11-07