MicroRNA芯片及技术服务[新品推荐]

【字体: 时间:2006年09月01日 来源:康成生物

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  介绍miRNA服务的特点和详细流程

康成生物供稿

    丹麦Exiqon公司在microRNA表达和功能分析领域具有国际领先水平,于2005年获得了Ernst&Youngs生物类大奖。公司专业提供miRCURY™系列产品,用于研究microRNA的表达,分布和功能。该公司生产的microRNA芯片8.0版,固定有454个捕获探针,包括与人(328个),小鼠(274个)和大鼠(238个)microRNA精确配对的探针,对照探针以及错配探针,可以检测Sanger miRBase数据库8.0版中所有已知的人、小鼠、大鼠microRNA。每张芯片对同一样品重复4次,进一步提高了芯片的可靠性。芯片所采用的捕获探针是基于Exiqon的LNA技术的探针,在寡核苷酸中掺入LNA,极大的增进了探针与互补的靶DNA或RNA的亲和活力;探针与靶点结合的Tm值上升2-8℃。由于使用了LNA,使该公司的microRNA芯片比利用DNA捕获探针制备的芯片具有更优异的品质,能够高灵敏,高特异性的检测microRNA的表达,检测样品中microRNA的表达水平时更加准确。

Exiqon miRCURY™ LNA microRNA芯片特点:
• 节省样品制备时间,简单方便的一步法标记探针
• 灵敏度高,可以检测普通DNA作为捕获探针的芯片不能检出的微量microRNA
• 高特异性芯片,能区分同源microRNA
• 使用Tm标准化的捕获探针,保证对所有靶点有相同的亲和活性
• 节省总RNA使用量,仅需要1~2μg 根据您具体实验要求增加或减少样品用量
• 统一的标记方法保证所有的靶microRNA同等程度被标记,没有序列偏好


基于LNA技术的捕获探针——优于普通DNA捕获探针

 

热稳定性强,寡核苷酸中掺入LNA可以使熔解温度(Tm)升高;LNA与核酸杂交有严格的序列特异性,比普通寡核苷酸更有效地区分碱基错配;抗核酸酶降解,具有良好的稳定性;生物体内无毒性


图1 LNA结构


灵敏度高——可以检测普通DNA捕获探针不能检出的微量microRNAs。

合成microRNA(hsa-miR-92),与肺总RNA(Ambion)混合,加入量已知(0.5-50飞摩)。标记采用miRCURY™ LNA芯片标记试剂盒。加到miRCURY™ LNA芯片上,杂交。LNA捕获探针的高亲和活力使得分辨力也大大提高(<50埃摩)


图2 miRCURY™ LNA芯片的高灵敏性和动态范围


样品量节省 制备时间短——步法标记,简单方便

 

 

图3从样品处理到获得分析结果只需24小时

 

Exiqon的miRCURY™ LNA芯片标记试剂盒,能快速均一标记microRNA,适用于miRCURY™ LNA芯片:;快速标记,只需要90分钟;不同microRNAs的均一化标记;所有的靶microRNAs同等程度被标记,每个RNA一个标记,几乎没有序列偏好;可以两组人工合成microRNA(每种microRNA各2飞摩)分别与酵母总RNA混合(1μg/μL),一组为hsa-miR-196b/hsa-miR-19b,Hy5TM标记。一组为hsa-miR-19a/hsa-miR-196a。Hy3TM标记。标记使用miRCURY™ LNA标记试剂盒。标记后混合,点在miRCURY™ LNA芯片上。完全配对和误配的比例是32-1110。使用Hy5TM/Hy3TM标记或生物素标记;与所有芯片扫描仪器兼容


高特异性——Tm标准化的探针与优化的杂交条件相结合,microRNAs家族中相差只有一个碱基的microRNAs也可被准确区分。

 

图4 miRCURY™ LNA芯片的高特异性


Hy5TM  hsa-miR-196b UAGGUAGUUUCCUGUUGUUGG 
Hy3TM
  hsa-miR-196a UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGG Hy3TM  hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
Hy5TM
 hsa-miR-19b UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
两组人工合成microRNA(每种microRNA各2飞摩)分别与酵母总RNA混合(1μg/μL),一组为hsa-miR-196b/hsa-miR-19b,Hy5TM标记。一组为hsa-miR-19a/hsa-miR-196a。Hy3TM标记。标记使用miRCURY™ LNA标记试剂盒。标记后混合,点在miRCURY™ LNA芯片上。完全配对和误配的比例是32-1110。


Tm标准化的探针——保证对所有目的microRNA有相同的杂交效率

在设计针对成熟microRNAs的基因芯片捕获探针时,挑战之一是探针和靶序列间的亲和活性不同,microRNAs与互补的DNA片段的Tm范围变化从45℃-74℃。若使用DNA捕获探针,样品中各种microRNAs的杂交条件无法达到均一化,标准化。使用LNA捕获探针则可突破这一限制,Tm为均一的72℃,对所有microRNAs的亲和活力是一样的


节省总RNA使用量- 最低仅需要1~2μg总RNA

图5 miRCURY™ LNA芯片分析microRNA表达,只需要1μg总RNA

 

使用的总RNA量从1μg~10μg,均未进行microRNA纯化。图中显示的是人肺样品(Ambion)中的17种不同microRNA检测结果。每组右上方标出总RNA量。


microRNA芯片技术服务

您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成生物的芯片技术人员就可替您完成实验操作和数据分析,提供给您完整的实验报告,为您节省大量的时间和精力。

样品RNA抽提——>RNA质量检测——>制备荧光标记探针——>制备荧光标记探针——>制备荧光标记探针——>芯片杂交——>图像采集和数据分析——>提供实验报告

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