全基因组关联分析 惹争议

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2009年07月22日 来源:生物通

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  生物通报道,自从人类基因组计划开始后,全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)被寄予厚望,科学家们期望这一技术能给疾病研究带来新的希望,期望一针见血地找到致病基因,直击疾病根源,甚至还制定了癌症基因组的GWAS分析计划。一时间, GWAS的文章甚嚣尘上,一会有人找到了这个基因,一会找到了另一个……

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生物通报道,自从人类基因组计划开始后,全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)被寄予厚望,科学家们期望这一技术能给疾病研究带来新的希望,期望一针见血地找到致病基因,直击疾病根源,甚至还制定了癌症基因组的GWAS分析计划。一时间, GWAS的文章甚嚣尘上,一会有人找到了这个基因,一会找到了另一个……

 

CMBI报道这一计划自2005年实施以来,已经陆续报导和公布了视网膜黄斑、乳腺癌、前列腺癌、白血病、冠心病、肥胖症、糖尿病、精神分裂症、风湿性关节炎等几十种疾病全基因组关联研究的结果。累计发表了近万篇论文(9900)。确定了一系列疾病发病的致病基因、相关基因、易感区域和单核苷酸多态性(SNP)的变异,取得了很大成绩。

 

我国在十一五计划中亦对GWAS进行了优先安排,并获得了银屑病全基因组分析的结果。此外,在这一计划的推动下,还发展了一系列高效、快速、价廉的全基因测序和分析的新方法。将世界基因组研究推向一个新阶段。

 

现在三年已经过去了,其成果并不理想,与人们期望差距甚远。疾病的发病,早期预测,个体化的治疗并非像全基因组的分析那样简单。现在发现这种全基因组分析是高出低收,结果似是而非,有许多分析是无意义和不可靠的,甚至是不科学的。所获得的结果,庞杂无序,大多数的基因变异与疾病并不关联。在已实施的100余项GWAS和几千例患者样本的分析结果发现,许多基因变异都是罕见的基因变异而不是关键基因,有一些变异仅仅与疾病危险因子、诱发因子、影响因子有关,而不是疾病直接相关联的基因。

 

最近NEJM(09.4.15)Nature(09.5.12)对全基因组关联分析进行了评论,认为全基因组关联研究不能急功近利,更不能过度炒作,夸大其辞,而应该回归理性,实事求是地进行更长远的科学分析和研究。

 

尤其是今年7月,加拿大的研究者在《Human Mutation》上发表了一个新的理论假设。他们认为,每个细胞中的DNA并不是完全相同的,因细胞所处的组织环境的不同,细胞内的DNA可能发生变化。(关于这一报道,参见生物通:http://www.ebiotrade.com/newsf/2009-7/2009721170825452.htm

 

他们在实践中发现,组织细胞中的BAK基因与血细胞中的BAK基因就存在很大的差异。如果用GWAS分析这一基因的SNP,该取信哪个样本的结论?

 

GWAS分析是否该降降温?

(生物通 小茜)

 

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