纳米孔测序仪上市，测序竞争白热化[新品推荐]

测序市场真是越来越红火，几乎每个月都有新品上市。去年底是Life Tech的Ion PGM，今年初则是Illumina的MiSeq。这下，第三代测序公司Oxford Nanopore Technologies也不甘落后，终于揭开了其纳米孔测序平台的神秘面纱。

Oxford Nanopore Technologies（简称Oxford）的测序平台名为GridION。之所以取这个看似有点奇怪的名字，据说是取单台仪器的联网和交叉通讯之意。GridION不仅名字奇怪，样子也与别家的测序仪大相径庭，它看上去更像是一台DVD或计算机的服务器（下图）。

以上这台即是一部独立的仪器，Oxford称之为“节点（node）”。它高约为8.9 cm，深约为50.8cm，重仅为10 kg。也许你不禁怀疑，与其他的测序仪相比，它为何如此迷你？哦，这虽是一部独立仪器，但也可以作为一个单元，组装成一个更大的系统。用户能够连接若干个这样的节点，平行工作，节约处理时间。

据Oxford的首席技术官Clive Brown介绍，用户可同时运行3000个。这样就组成了一个可扩展的测序平台。Brown认为，GridION系统的可扩展性将让它既适合大型测序中心，又可满足小型实验室的需求。

至于GridION的测序原理，生物通之前曾有介绍，详见《廉价的第三代纳米孔测序》。基本原理为：当核酸外切酶消化单链DNA后，单个碱基落入孔中，它们瞬间与环式糊精相互作用，并阻碍了穿过孔中的电流。每个碱基ATGC以及甲基胞嘧啶都有自己特有的电流振幅，因此很容易转化成DNA序列。每个碱基也有特有的平均停留时间，它的解离速率常数是电压依赖的，+180 mV的电位能确保碱基从孔的另一侧离开。

该系统将使用带有多个蛋白纳米孔的阵列芯片来分析DNA、RNA和蛋白等。该阵列芯片放置在一次性的cartridge内，cartridge随后上样到节点内，就像放DVD一样。Oxford还计划开发一系列cartridge，满足不同的分析物和应用。

GridION系统能开展连续的系统监控，以便检查实验参数、试剂体积等等。它还能实时分析序列数据和数据质量。该系统还给予操作员设计实验的灵活性，让他们运行实验，直到达到预先确定的序列覆盖度或蛋白浓度。

Oxford尚未公布任何初步的序列数据，这不免让人有些失望，但似乎并不奇怪，因为Oxford的两大高层Clive Brown和John Milton曾是Solexa的关键人物。当时，他们也未曾公布Solexa技术平台的任何细节，直至2008年，突然宣布已经完成了个人基因组的测序。

如果你对GridION系统有点兴趣，那可要有点耐心了，因为Oxford还没有宣布正式推出的日期。该系统正处于最后阶段的开发，并通过内部应用进一步完善。请关注生物通的后续报道。（生物通 余亮）