盘点Affymetrix的农业基因组学芯片[新品推荐]

【字体: 时间:2014年12月22日 来源:生物通

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  自Affymetrix公司在2013年调整公司发展策略,将重点放在遗传分析业务以来,已经取得不错的成效。在2014年的过去三个季度,遗传分析业务部门的收入同比都有大幅度的增长。其中,农业生物学方面的业务稳定增长,在整个基因分型收入中占25%左右。在这两年的动植物基因组大会(PAG)上,Affymetrix都有新产品呈上。

自Affymetrix公司在2013年调整公司发展策略,将重点放在遗传分析业务以来,已经取得不错的成效。在2014年的过去三个季度,遗传分析业务部门的收入同比都有大幅度的增长。其中,农业生物学方面的业务稳定增长,在整个基因分型收入中占25%左右。在这两年的动植物基因组大会(PAG)上,Affymetrix都有新产品呈上。下面我们就来盘点一下他家的农业基因分型芯片。

牛:Axiom® Genome-Wide BOS 1 Bovine Array

此款芯片是与牛基因分型领域的重要科学家合作开发的,实现了准确的遗传价值评估、全基因组关联研究(GWAS)、生物多样性和连锁不平衡(LD)研究。此芯片旨在最大限度提高Bos taurus和Bos indicus品种的遗传和物理SNP覆盖度。芯片覆盖超过640,000个SNP标记,代表了来自Affymetrix牛基因组数据库的大约300万个SNP的遗传多样性。

水牛:Axiom® Buffalo Genotyping Array

Axiom® Buffalo Genotyping Array带来了多个物种和品系的水牛(Bubalus bubalis bubalis和Bubalus bubalis carabanensis)中多态性SNP的最高全基因组范围覆盖,这些水牛是意大利、巴西和南亚最重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市场上唯一一款高密度的水牛基因分型工具,含有90,000个常见和稀有标记。

鸡:Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array

Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array是第一款商业化的高密度鸡基因分型芯片。此芯片包含几十万个多态性标记,这些标记存在于商业的蛋鸡和肉鸡以及非商业的远交群中。它适用于蛋鸡和肉鸡育种价值的预测、全基因组关联研究、高分辨率遗传作图、孟德尔性状作图和选择特征分析。

玉米:Axiom® Maize Genotyping Array

玉米是一个二倍体物种(n = 10),有着古多倍体起源,其基因组大小为2.5 Gb。不同品种的玉米基因组表现出重复DNA和高的基因组与结构多样性。玉米还表现出50-300 bp的极低连锁不平衡(LD),从而需要非常高密度的芯片来研究单体型结构和基因组多样性。Axiom maize genotyping array带来了多态性SNP的极高密度(600k)全基因组覆盖,这些多态性SNP在285个硬粒型(Flint)和马齿型(Dent)玉米中检测到,代表了161个来自世界各地的不同品种。

水稻:GeneChip® Rice 44K SNP Genotyping Array

此款芯片检测水稻的主要亚种内部及之间的常见遗传变异,包括籼稻、热带粳稻、温带粳稻和香型水稻。有了芯片的高分辨率和全面的基因组覆盖,研究人员能够合作分析全世界水稻品种的天然变异,以确定与重要表型性状(如高产量)相关的基因,了解变异的遗传来源。芯片上带有44,100个SNP。大约每10 kb就有1个SNP。

三文鱼:Axiom® Salmon Genotyping Array

此款芯片由Affymetrix联合苏格兰的科学家共同开发,包含130,000个SNP。Axiom® Salmon Genotyping Array带来有关三文鱼基因组多态性的大量信息。芯片上的高密度标记确保了三文鱼基因组的广泛覆盖,又避免了重要区域的代表性不足。这是对现有三文鱼基因分型工具的重大改进。【延伸阅读:Affymetrix推出小麦、三文鱼、玉米和玫瑰SNP芯片

大豆:Axiom® Soybean Genotyping Array

Axiom® Soybean Genotyping Array(也称为Axiom® SoyaSNP 96-Array Plate)包括180,961个标记,适用于对栽培和野生的大豆品种进行基因分型。它是全基因组关联研究和高密度遗传作图的理想选择,可确定野生及栽培大豆种质中的重要适应性基因。

草莓:Axiom® Strawberry Genotyping Array

此款芯片是由Affymetrix和国际RosBREED SNP联盟(IRSC)共同设计的,这也是“RosBREED”项目的一部分,旨在对蔷薇科作物进行遗传改良。作为目前唯一一款能够实现八倍体草莓基因组的高分辨率基因分型和全自动数据分析的解决方案,这款90,000个SNP的芯片实现复杂性状的研究,并为种植园草莓(Fragaria × ananassa)的多性状分子标记辅助育种打下了基础。【延伸阅读:Affymetrix Axiom® 草莓基因分型芯片

小麦:Axiom Wheat HD Genotyping Array & Breeder's Genotyping Array

小麦的基因分型芯片是通过Affymetrix专家设计项目与英国布里斯托大学合同设计的。芯片有两种:高密度(HD)的芯片包含817,000个SNP,而Breeder’s基因分型芯片包含35,000个SNP。这些芯片上的标记都可以在CerealsDB网站(http://www.cerealsdb.uk.net/)上查询。

不过,设计人员并不推荐任何人使用高密度的芯片,因为它会产生大量的数据,它很昂贵,也非常难于评估。相比之下,Breeder’s的35K Axiom®芯片是一个更容易管理、更便宜且高效的系统,适合筛查大量品系,尤其适合那些处理六倍体小麦的研究人员。【延伸阅读:CerealsDB公布小麦高密度820K和育种35K Axiom 芯片信息

玫瑰:Axiom® Rose Genotyping Array

Axiom® Rose Genotyping Array(WagRhSNP Axiom Array)是通过Affymetrix® 专家设计项目与荷兰瓦格宁根大学植物育种组以及德国莱布尼茨大学植物遗传学研究所合作设计的。此芯片提供了总共68,983个SNP,它们精选自四倍体切花月季和花园玫瑰品种。

当然,您也可以利用Affymetrix的Axiom myDesign基因分型芯片来定制自己的基因分型研究。

了解Axiom基因分型方案的更多信息

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