华裔学者：实验室保存样品的秘诀

　　

生物通报道：在生物实验室经常有人说，我们最重要，最宝贵的资产就是冰箱里或者液氮罐里Eppendorf管里保存的东西了，但是在这些容器上要标注出处，用途，来源，时间等大量信息并不容易，而且还要考虑到某些人的潇（ma）洒（hu）字迹。更别提经年累月后，几经易手后，令人费解的一连串神秘的字母和数字，如SHC1-1 标识的是什么意思？那是一个质粒，还是引物？全长的还是部分片段？浓度是多少？在这种情况下，研究人员通常别无选择，只能抛弃这一也许具有重要价值的样品。

这种情况也许在每个实验室中不可避免，就算是进行了细致的文档记录，但是项目一旦完成，也许就不会再有人记起这些样品了。The Scientist杂志近期汇总了一下专家的意见，看看他们的实验室是如何保存样品的呢？

前文：专家们告诉你，他们如何保存样品？

    细胞研究权威专家新工具：OpenFreezer

第三个例子：马里兰大学的萧顺元教授

萧顺元博士早年毕业于华中农业大学，先后在美国佛罗里达大学柑橘研究教育中心和英国东安格利亚大学从事柑橘育种和植物抗病方面的研究。1991年获得瑞典国际科学基金，1999年入选“春晖计划”海外学者，2005年获得美国农业部颁发的新研究者奖。曾在Science杂志上发文克隆RPW8广谱抗病基因，阐明RPW8的进化及信号传递链，并发现RPW8是特异地定位于寄主与真菌吸器形成的界面外膜上的抗病蛋白，进一步解释了RPW8产生广谱抗性的分子机理。

主要问题：萧博士实验室有超过2,700 份DNA样品，主要通过不同的Excel 电子表格跟踪其位置和具体内容。统一这些电子表格并更新并不容易，因此他们寻找一份特殊的试剂（及其序列）需要花上30分钟。“这太难了”，实验室研究生Harley King说。

解决方案：

为了管理实验室的各种试剂样品，萧博士实验室选择了一种新工具：Quartzy（quartzy.com）。

这是2009年推出的一种主要基于云端的免费实验室管理工具，利用这一工具，研究人员可以将其实验室试剂样品储存信息的Excel表格上传。萧博士实验室的一位高中实习生就花了几个星期的时间整理了他们实验室的数据，将试剂样品重新放置道路有编号的盒子里。

除了库存管理，Quartzy 也能用于管理试剂订购，文档存储（例如，标准操作程序指南等)，和仪器的调度。研究人员可以根据位置或样品信息进行搜索，也可以直接将采购请求提交给实验室管理员。

这种软件甚至可以提出所需试剂的替代价格方案，事实上，Quartzy 已经与一些生命科学厂家合作，为研究人员提供相关的建议。“前几天，这一软件将为我节食了买琼脂糖的12块钱，”King说。

其它实验室也在使用Quartzy，如来自芝加哥大学的病理学教授Jerrold Turner，他主要利用这一软件进行仪器管理和订单跟踪，同时他也为冰箱制定了电子表格。他说，Quartzy“作用大”，但是“这些解决方案并不人性化”，他认为要定时更新数据库很难，“要想组织好实验室的成员，这就跟给一群猫放牧一样，”Turner说。

Turner采用了其它软件保存其小鼠克隆和液氮罐组织样品，如他用定制的 FileMaker专业版软件来管理液氮罐样品，通过物理位置记录数据信息，另外他还用 mLIMS 在线工具来管理小鼠克隆，“有效追踪能帮助实验室成员思考他们的实验策略。我们目前的管理成本已经下调了40%，管理效率却没有减少，”Turner说。

第四个例子：约翰霍普金斯大学生物资源库

主要问题：

约翰霍普金斯大学生物库 (Johns Hopkins Biological Repository，JHBR) 占地 8000 平方英尺，共有两处存储空间，经过三十年的积累，收集了超过250 万份的生物标本，其中包括血清样品，核苷酸样品，以及指甲和头发样品，这些样品都储存在62个汽相液氮罐中，可见要找到需要的样品是一个巨大的工程。

解决方案：

1997 年，JHBR临床实验室管理员Stacey Cayetano开始探索如何能省去手写标签的麻烦，进行条形码安全样品管理。“这种方法更有利于数据转移，”她选择的软件是来自Dataworks Development公司的Freezerworks (freezerworks.com) 。

Cayetano解释道，Freezerworks 是她能找到的最具人性化的解决方案，而且也是最容易配置的软件。JHBR储存了人体临床实验的病患样品，以及实验中对应的特殊研究操作手册，“每时每刻我们都需要同时处理30-40个研究手册，因此我们需要极大的灵活性，”Cayetano说。

Freezerworks是一种关系数据库，将样品和样品属性关联到它们的位置上，JHBR会保存样品的处理过程，体积容量等多个信息，研究人员可以进行十分细化的搜索。比如说符合某些统计要求的患者列表（出于隐私的原因，JHBR不会储存具体这些信息），研究人员可以要求JHBR完成500μ l艾滋病病毒阴性血清的保存，这些样品一旦被保存了，就不会丢失。

“Freezerworks 能将符合标准的样品保存在子集中，”Cayetano说。

Freezerworks与OpenFreezer一样，也是采用的客户端-服务器体系结构，由约翰霍普金斯大学公共卫生学院维护这些服务器，JHBR相关人员能在工作站上访问它，在这一 Web界面上，远程用户需要具有适当的权限（如研究客户端）在只读模式搜索他们的样品，然后发送请求，告诉JHBR 工作人员进行操作。

Cayetano表示这一系统简单好用，“我已经教会了超过75个技术人员如何使用这一软件”，Dataworks Development公司也会对出现的一些bugs和功能请求进行修补。相关的预算大约是一年5,000 美元（当地价格），“我一直在使用这个软件，这已经成为了我项目中的一个固定内容。”

此外，如果今后这一公司不再维护这些软件，JHBR也不会陷入困境，因为通过简单的数据处理，就能将这些数据转移到平面文件格式中。

（生物通：张迪）

 原文摘选：

Chill GPS

Keeping track of frozen biological samples