曹务春、贺福初、高福Nature携手发表基因组研究重大成果

【字体: 时间:2015年05月15日 来源:生物通

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  在5月13日的《自然》(Nature)杂志上,研究人员报告称对去年秋天在塞拉利昂5个地区收集的近200份埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)样本进行了测序。他们的结果揭示在疫情的这一阶段EBOV的多样性增加——他们利用来追踪病毒在几个受累社区个体之间移动的一些新EBOV亚谱系体现了这一点。

  

生物通报道  由来自中国的科学家领导的一个国际研究小组,对2014年秋天在塞拉利昂收集的一些埃博拉病毒分离株进行了基因组序列分析,追踪了埃博拉疫情后期阶段这一病毒的多样性和进化。埃博拉的疫情是在去年的春天首次发现在西非国家几内亚多地集中爆发,后逐渐蔓延到邻国。

在5月13日的《自然》(Nature)杂志上,研究人员报告称对去年秋天在塞拉利昂5个地区收集的近200份埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)样本进行了测序。他们的结果揭示在疫情的这一阶段EBOV的多样性增加——他们利用来追踪病毒在几个受累社区个体之间移动的一些新EBOV亚谱系体现了这一点。

军事医学科学院微生物流行病学研究所所长、病原微生物生物安全国家重点实验室主任曹务春(Wu-Chun Cao)研究员,中科院微生物所的高福(George F. Gao)院士,和北京蛋白质组研究中心的贺福初(Fu-Chu He)院士是这篇论文的共同通讯作者。

曹务春说:“2014 EBOV遗传多样性大幅增加,为在塞拉利昂、几内亚和利比里亚开展广泛的EBOV监测,以更好地认识病毒的进化以及正在发生的疫情的传播动力学提供了充足的依据。”

研究的作者指出,这些以及其他的研究结果预计将“推动国际努力开发出EBOV疫苗及治疗方法。”(延伸阅读:Nature重大成果:用RNA对抗致命感染

根据美国疾病控制和预防中心的最新报告,自从西非开始爆发疫情以来,在塞拉利昂、利比里亚和几内亚疑似及确诊的埃博拉病例已超过2.67万例,死亡人数超过1.1万人。

为了确定这次疫情的源头以及早期EBOV传播模式,由哈佛大学和Broad研究所领导的一个研究小组对来自塞拉利昂78名埃博拉患者的病毒分离株进行了基因组测序,这项研究工作发布在去年夏天的《科学》(Science)杂志上。

分析结果表明,疫情爆发起源于一个天然EBOV储存库中的病毒,其跳跃到了几内亚的人类身上,随后传播给塞拉利昂人。

即便如此,自这次分析后的几个月内,科学家们对于病毒的轨迹便一直知之甚少。

在最新的Nature文章中,曹务春、贺福初、高福及同事们以2014年9月下旬到11月中旬,中国移动实验室测试团队收集的800多个EBOV阳性血液样本作为起始展开了研究。

从中研究人员测序了175个EBOV分离株的基因组,这些分离株代表了塞拉利昂西部、洛科港(Port Loko)、坎比亚(Kambia)和邦巴利区(Bombali)城市和农村地区的一些病例。

与疫情爆发最早阶段来自几内亚和塞拉利昂的测序EBOV分离株进行比较,该研究团队看到了7月到10月底之间在塞拉利昂传播的EBOV分离株有遗传和系统发生多样性增加的迹象。

研究小组发现了与至少7个新EBOV亚谱系相符的一些序列,在一些已经相关的分离株中变异和多样性逐渐增加。他们说,所有这7种亚谱系似乎都是在2014年8月以后出现,主要是在塞拉利昂西部Waterloo周围。

一组新的谱系也出现在诸如Freetown和Maforki Chiefdom等地方,提供了在疫情流行的不同时期一些地区EBOV传播动力学的一些新认识。

同时,研究小组还检测了EBOV基因组的替换率,指出病毒进化速率与以往爆发期描述的这一病毒的进化速率以及10月期间继续扩大的群体规模在同等水平。

(生物通:何嫱)

生物通推荐原文摘要:

Genetic diversity and evolutionary dynamics of Ebola virus in Sierra Leone

A novel Ebola virus (EBOV) first identified in March 2014 has infected more than 25,000 people in West Africa, resulting in more than 10,000 deaths1, 2. Preliminary analyses of genome sequences of 81 EBOV collected from March to June 2014 from Guinea and Sierra Leone suggest that the 2014 EBOV originated from an independent transmission event from its natural reservoir3 followed by sustained human-to-human infections4. It has been reported that the EBOV genome variation might have an effect on the efficacy of sequence-based virus detection and candidate therapeutics5, 6. However, only limited viral information has been available since July 2014……

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