Cell:人类基因组,复杂的管弦乐队

【字体: 时间:2015年08月24日 来源:生物通

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  由来自日内瓦大学、瑞士洛桑理工大学和洛桑大学的科学家们组成的一个研究小组,发现就像指挥家指挥乐团中的演奏者和谐地演奏一样,遗传变异有潜力在许多看似分离的位点影响基因组状态,因此调控基因活性。这些意外的研究发现揭示出了基因组调控的多面性,提供了有关基因组协调方式的一些新见解。

  

生物通报道  由来自日内瓦大学、瑞士洛桑理工大学和洛桑大学的科学家们组成的一个研究小组,发现就像指挥家指挥乐团中的演奏者和谐地演奏一样,遗传变异有潜力在许多看似分离的位点影响基因组状态,因此调控基因活性(延伸阅读:Cell绘制广泛的人类基因组互作图谱 )。这些意外的研究发现揭示出了基因组调控的多面性,提供了有关基因组协调方式的一些新见解。相关论文发表在《细胞》(Cell)杂志上。

染色质将基因组包裹在细胞之中。它还以一种转录因子可以“读取”的方式来排列DNA,通过转录因子激活或抑制基因表达。而个体间的DNA序列各异,由此导致了人们之间染色质状态的分子变异。了解控制染色质变异的遗传和分子过程是生命科学一个重大的挑战,将为全面揭示遗传变异让个体易于罹患广泛复杂疾病,包括癌症、糖尿病和自身免疫性疾病的机制打开大门。

在这篇Cell文章中,科学家们报告称他们在一些免疫细胞系中揭示出了遗传变异影响三个分子层次:转录因子—DNA互作、染色质状态和基因表达水平的机制。这些免疫细胞系来自于47名基因组完成全测序的个体。

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瑞士洛桑理工大学Bart Deplancke教授说:“我们观察到在单个基因组位点上,遗传变异同时影响了多个分离的基因调控元件。这种广泛的协调相当惊人,就像一个音乐指挥家(例如,遗传变异)指挥乐队中所有的演奏者(例如,转录因子,染色质修饰)来改变音乐的音量(例如,基因表达)一样。”传统的模式认为:基因调控元件是以一种准独立的方式影响基因表达。而与之相反,研究人员确定了一种更为协调和谐的行为:并非线性,实际上调控元件协调起作用。

新证据表明,基因组并非只是线性组装调控元件,让它们以成对的方式相互作用,而是在一种更复杂的组织状况下让不同的调控元件形成复杂的网络。如果一个元件无法正常发挥作用,这一元件嵌入的整个系统都将被扰乱。洛桑大学教授Alexandre Reymond说:“我们发现了基因发挥功能,以及调控序列协同作用来影响某一基因表达的一些基本生物学规则。”

尽管离医学应用仍然遥远,瑞士的科学家们揭示出的这些机制原理阐明了基因组生物学非常基础的一些方面。日内瓦大学教授Emmanouil Dermitzakis说:“现在确定某一天我们是否能够以一种靶向性方式来调控基因表达仍为时过早,但这些研究揭示出了从前未知的基因组功能复杂层次。将我们的研究发现应用于医学中,意味着要鉴别出一个指挥家,并确定他对乐队所有其他指挥所起的作用——而不仅仅是列出我们的基因组管弦乐队中所有的演奏者。”

(生物通:何嫱)

生物通推荐原文摘要:

Population Variation and Genetic Control of Modular Chromatin Architecture in Humans

Chromatin state variation at gene regulatory elements is abundant across individuals, yet we understand little about the genetic basis of this variability. Here, we profiled several histone modifications, the transcription factor (TF) PU.1, RNA polymerase II, and gene expression in lymphoblastoid cell lines from 47 whole-genome sequenced individuals. We observed that distinct cis-regulatory elements exhibit coordinated chromatin variation across individuals in the form of variable chromatin modules (VCMs) at sub-Mb scale. VCMs were associated with thousands of genes and preferentially cluster within chromosomal contact domains. We mapped strong proximal and weak, yet more ubiquitous, distal-acting chromatin quantitative trait loci (cQTL) that frequently explain this variation. cQTLs were associated with molecular activity at clusters of cis-regulatory elements and mapped preferentially within TF-bound regions. We propose that local, sequence-independent chromatin variation emerges as a result of genetic perturbations in cooperative interactions between cis-regulatory elements that are located within the same genomic domain.

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