测序黑马10X Genomics推出单细胞测序产品

【字体: 时间:2016年01月20日 来源:生物通

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  10X Genomics的CEO Serge Saxonov近日在摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)表示,他们已售出43台仪器。另外,公司计划推出第2版的仪器,与Illumina的HiSeq X Ten系统兼容。同时,他们针对GemCode平台推出了文库制备试剂盒,适用于单细胞RNA测序。

也许大家还记忆犹新,新兴的测序公司10X Genomics在去年的基因组生物学技术进展大会(AGBT)上推出了GemCode平台。这个经济的平台与Illumina的测序仪相结合,可获得长片段的序列信息,因此受到广泛关注。(延伸阅读:新一代测序2015更新:小鲜肉与大叔

10X Genomics的CEO Serge Saxonov近日在摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)表示,他们已售出43台仪器。另外,公司计划推出第2版的仪器,与Illumina的HiSeq X Ten系统兼容。同时,他们针对GemCode平台推出了文库制备试剂盒,适用于单细胞RNA测序。

GemCode平台是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成。它带来了结构变异、单体型以及其他一些有价值的长片段信息,适用于靶向、外显子组和全基因组测序。

据Saxonov介绍,他们采用了一种称为GEM的核心技术。从本质上讲,DNA上样到GemCode系统后,分子被分液、片段化,并加上一种合成寡核苷酸的条形码。在不到五分钟的时间内,超过150万个GEM(凝胶珠)形成。测序之后,利用计算机算法可将带有相同条形码的短序列可以再次连接,形成原先的DNA长分子。

为了实现单细胞分析,Saxonov表示他们将细胞而不是DNA上样到仪器中。从细胞中提取出RNA,并给同一个细胞的分子加上条形码。在测序之后,序列被分回到各自的细胞,让研究人员能够创建数千个细胞的基因表达特征。每个细胞的制备成本大约为0.15-1美元。这项技术有望应用于肿瘤学、免疫学、干细胞和神经科学研究。

Saxonov表示,公司在内部演示中已经对全血中的外周血单核细胞进行测序。在最初的原理证明中,研究团队使用了4500个细胞,它们代表了全血中不同细胞类型的混合物。测序后,研究人员利用条形码将细胞分组,发现聚类与全血样本中准确的细胞类型一致。

在后续实验中,科学家分析了细胞数多达68,000个的样本。通过分析,他们能够拼凑出一个更深的群体亚结构。鉴于每个点都是一个丰富的基因表达特征,他们能够深入挖掘数据,并找出新的细胞聚类。

Saxonov表示,单细胞分析的用户将在2月的AGBT会议上介绍他们的数据。据悉,10X Genomics还将推出全基因组测序和外显子组测序的试剂盒。(生物通 余亮)

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