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新一代测序2016新品巡礼(下)

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年03月02日 来源:生物通

摘要:

  新一代测序市场如今异常繁荣,但开发者们并没有停下自己的脚步。在最近的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上,各大公司纷纷推出了自己的新产品。这些创新旨在推动新一代测序的进一步普及,让样品制备成为日常的流水线工作。

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生物通报道:新一代测序几乎影响了生物学领域的每一个角落,科学家们用这一技术测序基因组、评估遗传学变异、定量基因表达、研究表观遗传学调控和探索微观生命。新一代测序市场如今异常繁荣,但开发者们并没有停下自己的脚步。在最近的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上,各大公司纷纷推出了自己的新产品。这些创新旨在推动新一代测序的进一步普及,让样品制备成为日常的流水线工作。

上接:新一代测序2016新品巡礼(上)

Thermo Fisher Scientific

去年九月,赛默飞世尔公司新推出了Ion S5和Ion S5 XL系统。这也是该公司收购Life Technologies以来首次扩展测序产品线。这两个测序产品组成了Ion Torrent的中端产品线,其价格和通量介于Ion PGM和Ion Proton之间。

据介绍,Ion S5和Ion S5 XL的主要差异在于数据分析速度。Ion S5系统适合对周转时间没有要求的基础或转化研究,而Ion S5 XL适合那些需要更快周转或更高通量的临床研究。赛默飞世尔公司为这两个测序系统提供了三款Ion芯片(Ion 520、530和540芯片),能够在2.5小时内产生5M至80M测序读取。Ion S5和Ion S5 XL在数据产出方面高于Ion PGM,与Ion Proton相当。

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Ion S5和Ion S5 XL采用即插即用的试剂,简化了测序仪的设置和相关操作。系统每次运行的手动设置时间只需15分钟,赛默飞世尔公司的Andrew Felton指出,不过用户通常在五分钟内就能搞定。配合Ion Chef文库制备和克隆扩增系统,整个测序流程的手动时间不到45分钟,只有两个移液步骤。“我们相信,就手动操作步骤和时间而言这是行业里最佳的工作流程,”他说。(S5售价为$65,000,搭配Ion Chef总价为$120,000。)

Thermo的S5 and S5 XL主要针对临床和转化医学市场(特别是肿瘤学),也适合法医鉴定、宏基因组学和食品检测等应用。(更多详细信息参见:赛默飞世尔重磅推出两款测序仪

辅助产品

Advanced Analytical Technologies公司(AATI)一月份发布了一款新的DNA片段分析仪(Fragment Analyzer),INFINITY。AATI的片段分析仪以毛细管电泳为基础,利用荧光染料评估样品中的核酸。该产品既能对NGS文库进行定性和定量评估,也能分析基因组DNA、大片段DNA、小RNA和microRNA。INFINITY系统整合了负责进样的机械臂,实现了整个流程的进一步自动化。

BioChain公司在2015年年底推出了测序对照产品CancerSeq。这是一套来自临床的FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)肿瘤样本,该公司的Bingfang Huan介绍到。经过了NGS鉴定,这套样本含有67个癌症相关基因的突变。从事临床研究的用户可以将其作为阳性对照,验证自己的提取和测序程序。

这一产品是BioChain公司测序了五百多个FFPE样本的结果,因为FFPE样本的DNA质量参差不齐,很多样本的测序结果并不理想。现在该公司正在扩大自己的产品线,希望覆盖罕见基因融合和易位。这样的样本特别难找,“一般用户不可能开发到这样的内参,” Huan说。

罗氏NimbleGen也用新产品拓展了自己的SeqCap靶向测序产品线。SeqCap EZ MedExome捕获试剂盒基于最新的人类参考基因组(hg38),能捕获大约38 Mb的片段,包括完整的外显子组。该产品经过特殊设计以确保捕获那些医学相关的区域,罗氏的Mike Leous指出。

罗氏NimbleGen还提供有针对DNA甲基化的表观遗传学SeqCap试剂盒,以及靶向捕获特定RNA的SeqCap试剂盒。靶向捕获RNA可以帮助研究者们研究那些丰度较低的转录本。“传统RNA-seq的大多数读取消耗在与研究无关的高表达转录本上,”Leous解释道。

前不久,10X Genomics公司发布了GemCode™的升级版,Chromium™系统。GemCode是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成。该系统将大片段DNA(平均 100kb)分配到凝胶珠里,然后用特殊oligo标记这些片段。对这些oligo和DNA进行测序,就可以用分析软件重建出准确的长距离基因组信息。GemCode可以和Illumina测序仪搭配使用,帮助人们获得长达10 kb的片段信息。(更多详细信息参见:The Scientist:2015年度十大创新产品

Chromium™系统是GemCode的升级版,主要是在GemCode的基础上整合了单细胞测序。该系统支持单细胞测序、全基因组从头装配、靶向测序和变异检测,可进行包括RNA-seq在内的多种应用。每次实验可分析1000至10000个细胞,增加了检测稀有细胞的灵敏度和准确度。

2016年相信我们会迎来NGS领域的更多惊喜。新仪器、新试剂和新软件的不断涌现,将使基因组分析向全世界的所有研究者敞开大门。(生物通叶予编译)

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