• 综述：线粒体碱基编辑技术：从原理、优化到应用

  线粒体作为细胞的能量工厂，其DNA（mtDNA）突变可导致多种遗传性疾病。近年来，基于细菌毒素DddAtox开发的线粒体碱基编辑技术突破传统CRISPR系统的限制，为线粒体基因组精准编辑带来革命性进展。线粒体碱基编辑技术的诞生传统基因组编辑工具难以靶向线粒体，主要因gRNA递送障碍和线粒体缺乏DNA双链断裂修复机制。2016年，科学家从伯克霍尔德菌中发现能直接作用于双链DNA的DddA脱氨酶，通过将其分裂为无活性的DddAtox-N/C两半并与TALE蛋白融合，成功开发出首个线粒体特异性胞嘧啶编辑器DdCBEs，实现5-50%的C-to-T转换效率。技术优化之路为克服原始DdCBEs的TC序列

  来源：Cell & Bioscience

  时间：2025-02-10

• 综述：三阴性乳腺癌的分类：见解与当前治疗方法

  三阴性乳腺癌概述三阴性乳腺癌（TNBC）约占所有乳腺癌病例的 10% - 20%，在年轻（40 岁以下）、非裔美国女性、绝经前女性以及低社会经济背景人群中更为常见。TNBC 复发和远处转移风险高，患者 5 年相对生存率比激素受体阳性乳腺癌低 8% - 16%。临床诊断方法多样，包括乳腺钼靶、超声、磁共振成像（MRI）、活检和组织病理分析等，但各有局限性。目前缺乏标准化的 TNBC 亚型分类方法，这给筛查、检测和治疗带来挑战，也限制了临床试验结果的应用。当前临床实践指南美国国家综合癌症网络（NCCN）和欧洲肿瘤内科学会（ESMO）指南均推荐评估 TNBC 患者的 PD - L1 表达和 BRCA

  来源：Cell & Bioscience

  时间：2025-02-10

• Ribo-M-Seq：一种基于核糖体RNA去除和多重标记的高通量测序技术在木薯病毒组检测中的应用

  木薯作为非洲8亿人口的主粮作物，正遭受由Geminiviridae（ssDNA）和Potyviridae（ssRNA+）病毒引起的毁灭性病害威胁。传统检测方法难以应对复杂流行病学场景，而现有高通量测序技术因核糖体RNA去除和文库构建成本高昂难以推广。针对这一困境，Daniel H.Otron团队开发了创新性Ribo-M-Seq技术方案。该研究采用RNaseH介导的核糖体去除技术，设计273条木薯特异性DNA探针，结合96重分子标记策略，对来自科摩罗、马达加斯加等地的木薯样本（含已知病毒复合感染）进行检测。通过Illumina NovaSeq 6000平台测序，使用MMseqs2进行序列比对，S

  来源：Virology Journal

  时间：2025-02-10

• 一种便捷的替代重组水泡性口炎病毒空斑减少试验用于汉坦病毒（HTNV）中和抗体定量的标准化、验证及比较评估：可靠且灵敏度更高的新方法

  肾综合征出血热（HFRS），这个听起来陌生却暗藏危险的疾病，是由汉坦病毒（HTNV）引发的。它可不是个好对付的 “家伙”，病死率高达 1% - 10%。目前，在一些流行地区，已获批的灭活疫苗诱导产生的中和抗体（NAbs）水平较低，而早期给予 NAbs 对 HFRS 患者的康复很有帮助。所以，准确测量 NAbs 水平对于评估感染或接种疫苗后的免疫反应至关重要。传统的 HTNV NAbs 测量的 “黄金标准” 是焦点减少中和试验（FRNT），但它就像个 “娇贵” 的试验，需要技术娴熟的专业人员操作，而且得在高生物安全防护设施中进行，这就大大限制了它的广泛应用。在这样的背景下，来自空军军医大学（第四

  来源：Virology Journal

  时间：2025-02-10

• 解析翻译技术能力的心理路径：外语专业学生情商、自尊与创新能力的关键作用

  在当今全球化浪潮中，翻译服务如同桥梁，连接着不同语言背景的人们。然而，传统翻译方式耗时又昂贵，难以满足快速增长的市场需求。随着计算机科学、信息技术和人工智能的飞速发展，先进的翻译工具不断涌现，极大地改变了翻译行业的面貌。但令人遗憾的是，对于学生译者使用这些新兴工具能力背后的心理过程，相关实证研究却少之又少。在翻译技术能力日益成为现代译者必备技能的背景下，探索其心理影响因素就显得尤为关键，这不仅有助于高校培养适应市场需求的翻译人才，也能为翻译教学和技术开发提供有力的理论支持。为了解开这一谜题，广东外语外贸大学翻译研究中心等机构的研究人员 Junfeng Zhao、Xiang Li 等人开展了一项

  来源：BMC Psychology

  时间：2025-02-10

• 干燥方法对刺山柑果实酚类化合物及抗氧化活性的影响：探寻最优干燥策略

  在植物的世界里，刺山柑（Capparis spinosa L.）果实就像一颗隐藏的宝藏。它不仅在美食领域有着独特的地位，被用于世界各地的烹饪中增添风味；在传统医学方面，更是发挥着重要作用，常被用来治疗糖尿病、降低血压等。然而，刺山柑果实富含水分和微生物，收获后若不及时干燥处理，就很容易变质，导致品质下降。目前，干燥作为一种常用的植物保存手段，虽然至关重要，但在实际应用中却面临诸多问题。不同的干燥方法对植物的影响差异巨大，传统的干燥方式，如太阳干燥，虽然成本低、操作简单，但所需时间长，在这个过程中，植物中的生物活性化合物，像抗氧化剂和维生素等，会大量流失。而现代干燥技术，虽然在效率上有很大提升，

  来源：BMC Plant Biology

  时间：2025-02-10

• 探秘赞比亚传统发酵饮料 Munkoyo：植物物种鉴定、DNA 条形码技术及土壤关联研究

  在非洲，许多以谷物为主食的国家中，传统谷物发酵食品和饮料是人们饮食的重要组成部分，对粮食和营养安全意义重大。Munkoyo 作为赞比亚及周边地区一种传统的非酒精发酵饮料，由谷物和野生植物的生根发酵制成。它不仅口感清爽、营养丰富，还被认为有预防和治疗腹泻、便秘等健康功效，在各种场合广泛饮用 。然而，目前存在诸多问题。一方面，用于制作 Munkoyo 的植物物种在不同地区尚不明确，市场上难以辨别具体植物种类，这导致饮料口味和品质存在差异 。另一方面，传统分类方法在鉴定植物物种时面临挑战，当植物特征不完整或相似时，难以准确识别。而且，对于影响发酵过程的微生物群落的非生物土壤属性和植物内在因素了解有限

  来源：BMC Plant Biology

  时间：2025-02-10

• 利用微尺度全基因组 DNA 探索蠓科两种蠓的线粒体基因组：方法创新与遗传解析

  在昆虫的微观世界里，线粒体基因组宛如一座蕴含无数遗传奥秘的宝藏，吸引着众多科研人员去探索。线粒体基因组作为昆虫细胞内的 “能量工厂” 线粒体的遗传物质，对于揭示昆虫的进化历程、种群关系以及适应机制等方面有着至关重要的意义。然而，在过去的研究中，这座宝藏的挖掘却困难重重。一方面，昆虫线粒体基因组测序通常需要大量的样本，可对于某些身形娇小、难以捕捉或珍稀的昆虫物种来说，获取足量样本犹如大海捞针。就拿蠓科昆虫来说，它们体型微小，体长仅 1 - 5 毫米，想要收集到满足传统测序需求的样本数量极为不易。另一方面，传统的测序方法也存在诸多弊端。像长 PCR 方法，不仅需要设计复杂的简并引物或多对引物，操作

  来源：BMC Genomics

  时间：2025-02-10

• 优化基因分型测序数据：比较参考基因组与模拟基因组方法，助力非模式养殖物种基因组选择

  在动物养殖领域，随着物种驯化数量的增加，对基因分型的需求愈发迫切。然而，许多非模式物种缺乏参考基因组信息，这使得开发高效的基因分型方法成为难题。基因组选择依赖于可靠的基因关系估计和大量的 DNA 标记，但现有的基因分型技术在准确性、成本和效率方面存在不足，限制了其在非模式生物中的应用。为了攻克这些难题，芬兰自然资源研究所（Luke）的研究人员 Daniel Fischer、Miika Tapio 等人开展了相关研究。研究旨在优化 GBS 的 ddRAD 流程，微调生物信息学流程参数，以获取高质量的单核苷酸多态性（SNP）数据，用于非模式物种的基因组选择，并测试数据生成的可重复性。该研究成果发表

  来源：BMC Genomics

  时间：2025-02-10

• 深度剖析蛋白质对接模型评分函数：经典与深度学习方法的全面比较及意义探索

  在生命科学的微观世界里，蛋白质就像一个个忙碌的 “小机器”，它们之间的相互作用主导着生物体几乎所有的生物学功能。为了深入了解这些 “小机器” 是如何协同工作的，科学家们致力于研究蛋白质 - 蛋白质对接，即预测蛋白质相互作用时的三维结构。然而，目前在这一领域存在着一个关键难题：缺乏准确有效的评分函数来区分蛋白质结合复合物的天然和非天然构象，这使得当前对接工具的准确性难以保证。药物研发、疫苗设计等领域都高度依赖准确的蛋白质对接结果，不准确的评分函数可能导致大量时间和资源的浪费，因此开发精准的评分函数迫在眉睫。为了解决这一问题，来自佛罗里达国际大学（Florida International Uni

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• BAC-browser：合成生物学领域的创新工具 —— 助力基因序列设计与组装

  合成基因组学作为生命科学领域的前沿方向，近年来取得了令人瞩目的进展。如今，合成数千碱基对（kbp）长度的核苷酸序列已成为分子生物学的常规操作，科学家们借此创建 DNA 文库，优化生物合成途径，甚至成功合成了病毒、细菌和低等真核生物的完整基因组与染色体。然而，这一领域的发展也面临诸多挑战，其中软件开发的滞后尤为突出。目前，虽然已有不少商业和免费的基因合成程序，但它们大多仅适用于处理与平均基因长度相当的核苷酸序列，在面对长基因组序列时往往力不从心。而且，现有的工具在功能集成度和操作便捷性上也存在不足，难以满足科研人员日益增长的需求。为了突破这些瓶颈，俄罗斯研究机构 Research Institu

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• RNA测序数据中尺度失真校正：提升基因表达分析准确性的新方法

  在基因组学研究的浪潮中，RNA测序(RNA-seq)技术已成为解析基因表达谱的黄金标准。然而这项革命性技术背后隐藏着一个长期被忽视的问题——就像用一把弹性尺子测量物体，不同表达水平的基因会在测序过程中产生系统性偏差。这种"尺度失真"现象导致TCGA等大型数据库中的基因表达数据存在样本间不可比性，严重干扰差异表达分析和生物标志物挖掘。美国德克萨斯A&M大学中德克萨斯分校(Department of Science and Mathematics, Texas A&M University-Central Texas)与明尼苏达大学(University of Minnesota)

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• scSMD：基于深度学习的单细胞精准聚类新方法，解锁转录组分析新可能

  在生命科学的微观世界里，单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术就像一把神奇的钥匙，打开了探究细胞奥秘的大门。它能在单细胞水平上对整个基因组或转录组进行分析，帮助科学家们识别生物体内的细胞多样性，深入了解细胞的异质性和组织系统的复杂性。然而，这把钥匙也遇到了 “锁芯生锈” 的难题。scRNA-seq 产生的数据具有高维度、高噪声和稀疏性的特点，这使得准确识别和表征细胞状态变得异常困难，就好比在一堆杂乱无章的拼图碎片中找到正确的组合方式。而且，细胞聚类作为 scRNA-seq 数据分析的关键步骤，其质量直接影响下游分析的准确性。传统的聚类方法，如层次聚类、谱聚类和 k-means 等，在处

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• 基于正则化非负矩阵分解(FAST)的空间转录组数据灵活解卷积新方法

  空间转录组技术正在革命性地改变我们对组织结构的认知，但低分辨率平台如10X Visium产生的" bulk数据"成为解析细胞组成的瓶颈。现有解卷积方法要么依赖难以获取的单细胞参考数据，要么像STdeconvolve这样忽略空间信息。当组织呈现特殊结构（如血管的管状分布）时，仅凭物理距离难以准确建模细胞分布，而组织学图像蕴含的生物学信息尚未被充分挖掘。亚利桑那大学数学与流行病学交叉团队开发的FAST算法，创新性地将空间坐标与组织学灰度值通过参数β加权融合，构建图拉普拉斯矩阵作为正则项嵌入NMF框架。其双惩罚项设计独具匠心：Tr(HTLH)项强制空间相邻且组织学相似的斑点具有相近细胞组成，||HJ

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• AMEND 2.0：基于多重异质网络的模块识别与多组学数据整合方法

  在生命科学领域，多组学技术的快速发展为解析疾病机制提供了海量数据，但如何整合这些异构数据（如转录组、蛋白质组、代谢组）仍是巨大挑战。传统网络分析方法通常仅适用于单一或两种组学类型，且难以处理分子互作网络中普遍存在的度偏差（degree bias）问题。例如，蛋白质互作网络（PPI）中某些"枢纽蛋白"因技术偏好被过度研究，导致基于网络扩散的模块识别算法产生偏差。此外，现有方法如MultiXrank在多重异质网络（multiplex-heterogeneous graphs）的参数化中存在行为不一致问题，限制了其在复杂数据整合中的应用。针对这些瓶颈，美国堪萨斯大学医学中心的Samuel S. Bo

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• 基于注意力机制的直接耦合分析：蛋白质结构预测与多家族学习的创新方法

  蛋白质是生命活动的执行者，其复杂的三维结构决定了生物学功能。虽然AlphaFold通过深度学习革命性地解决了蛋白质结构预测问题，但其"黑箱"特性使得人们难以理解其内在规律。这一困境激发了都灵理工大学(DISAT, Politecnico di Torino)Francesco Caredda和Andrea Pagnani的研究兴趣——他们试图通过简化模型来揭示蛋白质折叠的底层规则。研究人员将目光投向直接耦合分析(DCA)这一经典方法。传统DCA通过统计多序列比对中的共进化信号来预测残基接触，但存在参数过多、难以跨家族学习等局限。受AlphaFold中注意力机制的启发，研究团队开发了Attent

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• TockyPrep：流式细胞荧光定时器分析数据预处理的创新方案

  在生命科学的微观世界里，细胞活动就像一场精密的交响乐，每一个细微的变化都蕴含着巨大的奥秘。荧光定时器蛋白（Fluorescent Timer proteins）就像是细胞活动的 “时间记录仪”，它能通过发射光谱随时间的变化，帮助科学家们在单细胞水平上深入探究细胞事件的时间动态。然而，这场 “细胞音乐会” 的演奏却遇到了阻碍。在利用流式细胞术分析荧光定时器蛋白的荧光时，仪器设置的差异就像不同乐手对乐谱的不同理解，导致实验结果难以统一；同时，缺乏标准化的预处理方法，如同没有统一的指挥，使得数据处理变得混乱无序。这不仅影响了实验结果的准确性，还阻碍了相关研究的进一步发展。为了解开这些难题，来自伦敦帝

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2025-02-10

• 一种新型摇床生物反应器离线气体分析方法：高精度CTR与RQ测量的创新突破

  在生物技术研发领域，摇瓶因其成本效益和操作简便性成为不可或缺的工具，但过程分析工具的微型化始终是个棘手难题。传统方法要么受限于传感器体积，要么难以在剧烈震荡环境下保持精度，更别提实现多通道并行监测了。尤其对于氧传递速率(OTR)和二氧化碳传递速率(CTR)这些关键生理指标的测量，研究人员往往需要在数据精度与设备稳定性之间艰难取舍。德国亚琛工业大学的研究团队在《Journal of Biological Engineering》发表的研究中，带来了一项名为"转移率在线测量"(Transfer rate Online Measurement, TOM)的创新技术。这项研究通过巧妙设计将传感器从震动

  来源：Journal of Biological Engineering

  时间：2025-02-10

• 基于微流控液滴技术的ACE2酶定向进化研究：提升血管紧张素转换酶2催化效率的新策略

  在人类肽激素信号传导中，血管紧张素转换酶2（Angiotensin-Converting Enzyme 2, ACE2）扮演着关键角色——它能将血管紧张素II（Angiotensin-II, Ang-II）转化为具有血管舒张作用的Angiotensin-(1-7)。这种转化过程对改善血流、抑制炎症和组织修复至关重要，使得ACE2成为治疗COVID-19、急性呼吸窘迫综合征和糖尿病等疾病的潜在靶点。然而传统肽酶工程面临重大挑战：基于荧光淬灭底物的高通量筛选方法往往不能真实反映酶对天然底物的催化能力，而使用天然底物的液相色谱分析又存在通量低、耗时长的缺陷。为突破这一技术瓶颈，来自威斯康星大学麦迪逊

  来源：Journal of Biological Engineering

  时间：2025-02-10

• 双靶向双响应智能胶束治疗类风湿关节炎：“一石三鸟” 的创新策略

  类风湿关节炎（Rheumatoid Arthritis，RA）是一种令人痛苦的慢性自身免疫疾病，它就像一个隐藏在身体里的 “破坏者”，悄无声息地引发关节的持续性炎症，逐渐侵蚀关节软骨和骨骼。全球约 1% 的人受其困扰，近半数患者最终残疾，严重影响生活质量。目前的治疗手段虽然能缓解症状，但往往需要高剂量频繁用药，副作用明显，患者苦不堪言。因此，寻找更有效、安全的治疗方法迫在眉睫。辽宁中医药大学等机构的研究人员为此展开了深入研究，他们设计出了双靶向、活性氧（ROS）/pH 双响应、可尺寸收缩的智能胶束（TK-HA-Cel@Ms） ，并将其用于治疗 RA。研究发现，这种智能胶束在体内外实验中都展现出

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2025-02-10

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