产品简介
转录组测序(Transcriptome sequencing)是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列,可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。目前,转录组测序已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。派森诺生物利用标准化的实验流程、先进的测序平台和专业的信息分析,以高效率、高质量的科技服务赢得业内专业人士的良好口碑。
项目流程
分析内容
分析内容(包含但不限于) |
| 原始数据整理、过滤及质量评估 |
差异基因聚类分析 |
组间共有特有基因可视化 |
| 参考基因组注释整理与统计 |
表达差异基因功能富集分析 |
蛋白网络互作分析 |
| 比对结果质控 |
cSNP,UTR,可变剪切分析 |
基因组圈图 |
| 基因表达差异分析 |
共有、特有差异基因分析 |
共表达网络分析(样本>20) |
产品优势
- 样品提取经验丰富
样本种类繁多,包括各种组织、细胞、细菌、真菌、藻类、多糖多酚样品、视网膜和软骨等,都能提取得到高质量的RNA;
- 平台优势
拥有二代Illumina测序平台,一流的实验平台,保证高质量的数据产出,增强数据的可靠性;
- 分析优势
专业的分析团队,全面的分析内容,提供全面和高质量的转录组解析结果;
- 全面的售后服务
一对一的技术答疑,深入的结题报告解读,为您定制个性化的分析内容,让您的研究结果更加充实!
案例分析1
南极冰鱼通过TGF-β调节信号抑制红细胞的生成
Evolutionary suppression of erythropoiesis via the modulation of TGF-β signalling in an Antarctic icefish
文章简介:
上海海洋大学海洋渔业资源可持续利用重点实验室以南极冰鱼和两种红血南极鱼为研究对象,应用Illumina测序平台进行转录组和miRNA测序,揭示了南极冰鱼造血特殊性的相关机制及其与低温环境适应性的相关性。
测序样本:南极冰鱼和其他两种红雪南极鱼头肾样本
测序平台:Illumina Hiseq
结果展示:
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图1 qPCR验证microRNA表达量及microRNA靶基因分析 |
图2 造血相关转录因子表达量比较 |
案例分析2
芸薹根肿菌转录组
Integrated omics study of lipid droplets from Plasmodiophora brassicae
文章简介:
芸薹根肿菌 (Plasmodiophora brassicae) 是粘菌门,根肿菌纲的代表生物。该菌营寄生生活,常寄生于十字花科植物根部。危害寄主,使寄主患病。芸薹根肿菌的休眠孢子中存在脂肪滴,295个脂肪滴被确认。转录组分析三个游动孢子阶段的芸薹根肿菌,并分析这些蛋白的基因表达差异。
测序样本:3组不同发育阶段的芸薹根肿菌
测序平台:Illumina NextSeq 500
结果展示:

图1 差异表达基因的KEGG富集分析

图2 脂类代谢KEGG富集分析
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案例分析3
猪转录组测序
CD14 in the TLRs signaling pathway is associated with the resistance to E. coli F18 in Chinese domestic weaned piglets
文章简介
先前有研究仅仅是从细胞水平分析产肠毒素大肠杆菌,并不能详细揭露仔猪中细菌性痢疾的调节机制;还有研究以小鼠模型代替仔猪模型,也未在有痢疾症状小鼠的粪便中找到大肠杆菌F18。此次研究采用梅山同胞仔猪作为生物模型,通过饲养大肠杆菌F18菌株,并采用一系列的检测,确定大肠杆菌F18-抵抗个体和易感染的个体。
测序样本:梅山猪十二指肠组织
测序平台:Illumina HiSeq
结果展示:

图1 差异表达基因的KEGG富集分析

图2 qPCR验证

图3 靶标基因RNAi验证 |
参考文献
Xu Q, et al. (2015) Evolutionary suppression of erythropoiesis via the modulation of TGF-beta signalling in an Antarctic icefish. Molecular ecology 24(18):4664-4678.
Bi K et al. (2016) Integrated omics study of lipid droplets from Plasmodiophora brassicae. Scientific Reports 6:36965
Wu Z, et al. (2016) CD14 in the TLRs signaling pathway is associated with the resistance to E. coli F18 in Chinese domestic weaned piglets. Scientific Reports 6:24611
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