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基于PacBio三代测序平台的全长转录组测序，可获得mRNA的全长序列；全长转录组测序更侧重于mRNA结构的研究，能够准确获得mRNA的同源异构体、单碱基变异、可变剪接、同源基因、等位基因等信息。
应用范围
- 获取mRNA全长序列
- 同源异构体分析
- 单碱基变异检测
- 可变剪接分析
- 检测融合基因
- 等位基因识别
派森诺优势
- 针对全长转录组测序的样品提取检测方案
- 提升RIN值标准，从源头保障mRNA的完整性
- 根据具体物种，绘制转录本长度分布图，以提供具有针对性的文库长度选择方案
- 派森诺拥有PacBio RSII及PacBio Sequel单分子测序平台，提供一站式测序服务，为数据质量和测序周期提供保障
- 专业的分析团队，提供深入的全长转录组解析报告，针对具体实验需求，提供个性化分析内容
文献解析
利用全长转录组测序技术揭示高粱转录组复杂性
研究背景
mRNA前体，常会进行可变剪接（AS）和可变多聚腺苷酸化(APA)，增加了转录组的多样性。高粱(Sorghum bicolor)的基因组测序于2009年完成，但转录组并没有得到较好的注释，还存在由短读长导致的低质量转录本出现注释错误。阻碍了AS和APA事件的研究。本文利用Pacbio平台全长转录组测序技术改进了高粱基因组的注释，并在AS和APA事件的研究中体现出巨大的优势。
实验方法
供试样本：高粱BTx623 品系的幼苗，实验分为干旱胁迫处理组和对照组，共2例样本。
测序平台：PacBio RS II
文库构建：根据片段长度进行分段建库，以避免由于片段长度导致的系统偏差。文库长度分布为：1-2kb，2-6kb。
数据量：共测28个SMRT Cell
研究结果
实验共得到1.84M reads of insert，其中0.88M为全长reads of insert。
1.可变剪接事件分析
本研究发现10,053 isoform经历了AS事件，远高于先前报道的1,500个基因。证实高粱中存在的AS事件比之前的认知更为普遍。并发现在非生物胁迫下，isoform出现差异。文章对多isoform的基因进行RT-PCR验证，证实了结果的可靠性。
图1 可变剪接事件分析 |
2. 可变多聚腺苷酸化事件分析
APA事件是在编码区或3’-UTR区形成isoform，提高转录本的复杂性。由于单分子测序技术利用Oligo dT 引物合成cDNA，poly(A)会出现在测序结果中。因此，单分子测序技术是研究APA的有力工具。本文发现在已表达的14,550个基因中，11,013个至少有1个poly(A)位点。
图2 可变多聚腺苷酸化事件分析 |
参考文献
Salah E. Abdel-Ghany et al. A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. Nature communications 7,11706, doi:10.1038/ncomms11706 (2016)
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