Cell发布基因组测序重要发现

　　

生物通报道  一个国际研究小组报告称他们建立了世界上最大的拉沙病毒（Lassa virus，LASV，埃博拉病毒的近亲）数据集。这一新基因组目录包含了从塞拉利昂和尼日利亚患者样本，及主要的动物宿主多乳小鼠野外样本中采集的近200个病毒基因组。

研究人员指出基于地理位置可将LASV病毒株可分为四大类，三种病毒株存在于尼日利亚，另一种存在于塞拉利昂、几内亚和利比里亚。尽管第一次描述拉沙热是在1969年现代的尼日利亚，当前的研究表明这四种LASV病毒株起源于1,000多年前一种共同的祖先病毒，其在过去的几百年里传遍了整个西非。这项研究发布在8月13日的《细胞》（Cell）杂志上。

论文的主要作者、斯克里普斯研究所（TSRI）生物学家Kristian G. Andersen说：“这让我们清楚地了解了这一病毒的进化过程，对于我们开发疫苗和治疗方法极为重要。”

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尽管拉沙热通常病情轻微，这一疾病严重时会出现与埃博拉病相似的症状和体征。根据疾病控制与预防中心的统计，在西非每年大约有10万—30万拉沙热病例，至少有5,000人死亡；在西非的某些地区10-16%的住院病例有可能是由于拉沙热引起。当前没有针对拉沙热的疫苗或治疗方法，抗病毒药物利巴韦林（ribavirin）可在疾病早期帮助到患者。拉沙病毒主要是通过人类与感染多乳小鼠（它是病毒的自然宿主）的尿液及粪便接触而传播，一般情况下很少通过直接的体液接触在人和人之间传播。

在这项新研究中，研究人员采用下一代测序技术分析了来自野生多乳小鼠和尼日利亚及塞拉利昂人类患者的拉沙病毒样本的基因组。基因组数据显示，广泛分布的沙拉病毒具有共同的祖先，可追溯至1,000多年前今天称作为尼日利亚的地区。这让研究人员感到非常惊讶。Andersen说：“这一病毒有着非常悠久的历史。”

研究人员说，病毒在大约400年前传播到尼日利亚以外的地区，在过去的几百年里迁移到了几内亚、利比里亚和塞拉利昂——自2013年以来最大规模的埃博拉疫情一直在这些地区持续。随着拉沙病毒的传播，其发生突变，似乎更好地适应了哺乳动物宿主。

新数据也显示，大多数拉沙热病例都是从野生啮齿动物宿主向人类频繁的“外溢”感染所引起，而非人传人。Andersen说：“拉沙没有发展成巨大的流行病，就是因为人与人之间传播受限。这是拉沙病毒和埃博拉病毒之间一个重要的区别（延伸阅读：曹务春、贺福初、高福Nature携手发表基因组研究重大成果）。”

Andersen指出，西非当地的科学家是这项新研究中的关键人物，也将在这一地区未来的研究中发挥至关重要的作用。他认为，研究的下一步是要了解病毒在个体宿主中面对免疫系统时的突变机制。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Clinical Sequencing Uncovers Origins and Evolution of Lassa Virus

The 2013–2015 West African epidemic of Ebola virus disease (EVD) reminds us of how little is known about biosafety level 4 viruses. Like Ebola virus, Lassa virus (LASV) can cause hemorrhagic fever with high case fatality rates. We generated a genomic catalog of almost 200 LASV sequences from clinical and rodent reservoir samples. We show that whereas the 2013–2015 EVD epidemic is fueled by human-to-human transmissions, LASV infections mainly result from reservoir-to-human infections. We elucidated the spread of LASV across West Africa and show that this migration was accompanied by changes in LASV genome abundance, fatality rates, codon adaptation, and translational efficiency. By investigating intrahost evolution, we found that mutations accumulate in epitopes of viral surface proteins, suggesting selection for immune escape. This catalog will serve as a foundation for the development of vaccines and diagnostics.