使用混合组装方法，从美国获得了马疱疹病毒（EHV）1型、EHV-3型和EHV-4型的近乎完整的基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Near-complete genome sequences of equine herpesvirus (EHV) 1, EHV-3, and EHV-4 from the USA using a hybrid assembly approach

【字体：大中小】 时间：2026年05月20日 来源：Microbiology Resource Announcements 0.6

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　　摘要我们报告了来自美国的马疱疹病毒（EHV）1型、3型和4型的近乎完整的基因组序列。通过结合Illumina和Oxford Nanopore测序数据进行的混合组装得到了高质量的基因组，这有助于更好地理解EHV在美国的多样性和进化过程。公告1–6）。目前全球关于EHV-4型和EHV

摘要

我们报告了来自美国的马疱疹病毒（EHV）1型、3型和4型的近乎完整的基因组序列。通过结合Illumina和Oxford Nanopore测序数据进行的混合组装得到了高质量的基因组，这有助于更好地理解EHV在美国的多样性和进化过程。

公告

1–6）。目前全球关于EHV-4型和EHV-3型的基因组序列非常有限，美国境内更是没有相关数据。在此，我们使用了短读长（Illumina MiSeq）和长读长（Oxford Nanopore Technologies [ONT]）测序数据通过混合组装 technique，获得了两个EHV-4型分离株（KY22-1和KY18UT29）、一个EHV-3型分离株（KY25-1）以及七个EHV-1型分离株（KY17UT30、KY21UT70、KY23UT75、KY24UT16、KY24UT26、KY24UT38和KY24UT61）的近乎完整的基因组序列（表1）。混合组装技术此前已被用于人类疱疹病毒的测序，有效克服了短读长和长读长技术的局限性（7 –10）。

表1

表1 EHV-1型、EHV-3型和EHV-4型分离株的临床信息、基因组统计数据和测序数据

分离株	GenBank ID	基因组长度（bp）/GC%	Illumina测序的总读长数/覆盖度	Nanopore测序的总读长数/覆盖度	N50值（Nanopore测序）	来源/临床历史	采集日期（年-月）	登录号（BLASTn搜索结果，最接近的匹配条目）
EHV-4型分离株KY22-1	PP765803	144,789/50.28	3,263,696/2,714×	70,793/113×	3,445	鼻拭子（呼吸道感染）	2022-05	LC075587.1（99.79%）
EHV-4型分离株KY18UT29	PQ630624	144,617/50.26	971,166/391×	507,742/498×	2,544	混合组织（流产样本）	2018-12	LC063142.1（99.70%）
EHV-1型分离株KY17UT30	PQ630625	148,241/56.49	1,317,003/332×	309,184/160×	2,086	鼻拭子（呼吸道感染）	2017-11	NC_001491.2（99.93%）
EHV-1型分离株KY21UT70	PQ630626	148,567/56.41	1,507,622/1,268×	19,735/35×	1,009	混合组织（流产样本）	2021-03	KT324731.1（99.90%）
EHV-1型分离株KY23UT75	PQ630627	150,226/56.66	1,474,282/1,227×	13,089/22×	731	混合组织（流产样本）	2023-02	NC_001491.2（99.85%）
EHV-1型分离株KY24UT16	PQ630628	149,680/56.52	986,844/353×	33,983/48×	1,750	混合组织（流产样本）	2024-01	LC109622.1（99.90%）
EHV-1型分离株KY24UT26	PQ630629	149,562/56.55	1,712,100/514×	35,169/44×	1,519	混合组织（流产样本）	2024-02	NC_001491.2（99.86%）
EHV-1型分离株KY24UT38	PQ630630	149,540/56.50	2,221,405/2,201×	23,759/39×	713	混合组织（流产样本）	2024-01	LC109622.1（99.87%）
EHV-1型分离株KY24UT61	PQ630631	149,221/56.57	863,873/591×	58,861/87×	4,175	混合组织（呼吸道感染样本）	2024-01	KT324731.1（99.88%）
EHV-3型分离株KY25-1	PV541150	151,555/68.09	285,019/106×	1,119,406/328×	998	口腔拭子（口腔溃疡样本）	2025-02	NC_024771.1（99.79%）

用于病毒分离的样本包括仅对EHV-1型、EHV-4型或EHV-3型呈qPCR阳性的鼻拭子、口腔拭子以及混合胎儿组织（表1）。病毒分离还使用了马皮肤细胞（EHV-4型）或马胎儿肾脏细胞（EHV-1型和EHV-3型）（11）。所有样本均来自美国肯塔基州。使用DNeasy Blood and Tissue Kit从培养上清液中提取DNA，并对该DNA进行了短读长和长读长测序。Illumina文库使用NexteraXT制备，并在MiSeq平台上使用MiSeq v2或v3化学试剂进行测序，生成150、250或300 bp的配对末端序列；Nanopore文库则使用ONT Rapid Barcoding Kit（SQK-RBK114.24）制备，并在MinION Mk1B设备上使用R10.4.1流式细胞进行测序。碱基呼叫和多重序列分离工作通过MinKnow（v24.06.8）中的Dorado（v7.4.13）软件完成，该软件采用了超级精确模型。样本在多个MiSeq和MinION测序过程中进行了多次测序。

13）。大约0.3%–75%的Illumina测序数据和5%–88%的Nanopore测序数据被映射到宿主基因组上并因此在后续分析中被剔除。剩余的测序数据分别进行了de novo组装和基于参考基因组的组装。De novo组装使用Flye（针对Nanopore数据）和SPAdes工具完成；病毒 contigs通过BLASTn分析与NCBI核苷酸数据库进行匹配鉴定。对于基于参考基因组的共识序列生成，测序数据被映射到参考基因组LC075587（EHV-4型）、NC_001491.2（EHV-1型）和NC_024771（EHV-3型）（使用Minimap2（v2.28）14），随后使用Ococo（v0.1.2.6）软件进行共识序列拼接（

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