从菲律宾发酵食品中分离出的Lactiplantibacillus pentosus PL0028和PL0050的基因组草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genomes of Lactiplantibacillus pentosus PL0028 and PL0050 isolated from Philippine fermented foods

　　

摘要

本文报告了从菲律宾发酵米- milkfish和米-虾混合物中分离得到的Lactiplantibacillus pentosus PL0028和PL0050的草图基因组。这一基因组研究结果为菲律宾发酵食品中乳酸菌的基因组学研究做出了贡献。

公告

菲律宾的发酵食品中含有多种乳酸菌（LAB）（1），但只有少数研究（2–5）利用全基因组测序来表征这些微生物。基因组学技术提供了更强的分类学分辨能力，并有助于识别与微生物在发酵食品中的存活和功能相关的遗传特征（6）。这些信息凸显了菲律宾发酵食品中所含本地乳酸菌的科学和文化价值。本文报告了两种来自不同发酵食品的Lactiplantibacillus pentosus分离株，确认了它们的物种身份，并扩充了本地发酵食品中乳酸菌的基因组资源，为未来的安全性和功能分析提供了参考。

这些细菌分离株是通过将系列稀释后的样品（浓度低至10^??）涂布在De Man、Rogosa和Sharpe（MRS）琼脂培养基上（7）从发酵米- milkfish（burong bangus）和米-虾（burong hipon）混合物中获得的。分离工作在菲律宾大学迪利曼分校（14°39′08.16″ N, 121°04′08.39″ E）的自然科学研究学院的微生物研究与服务实验室进行。培养板在35°C条件下微需氧环境下培养48–72小时（8, 9）。随后选择并纯化了菌落，纯化的分离株保存在菲律宾大学迪利曼分校的文化收藏库中（温度为?83°C）。通过菌落形态和细胞形态以及过氧化氢酶和氧化酶测试对分离株进行了鉴定，确认其属于乳酸菌特征。

4）。按照制造商手册（HB-2495）使用DNeasy PowerSoil Pro试剂盒（QIAGEN, Germany）进行DNA提取，并对PowerBead Pro管进行额外涡旋处理。选择该试剂盒是因为实验室得到的DNA产量适合进行全基因组测序。DNA提取物（>100 ng/μL）被送往Macrogen公司（韩国）进行全基因组测序。使用TruSeq Nano DNA Library Kit（Illumina, USA）制备文库，并在Illumina NovaSeq 6000平台上进行测序，采用151 bp配对末端序列，预计通量为2 Gb。

10）进行质量控制，然后使用SPAdes 4.1.0版本（11）和Unicycler 0.5.1版本（12）以bold bridging模式进行组装。基因组特征及最接近的分类学匹配结果由NCBI通过基于平均核苷酸识别（ANI）的基因组比对得出，详见表1。

表1

表1 PL0028和PL0050的基因组特征及最接近的分类学匹配结果

参数		PL0028	PL0050
CheckM版本1.2.4（13）	完整性（%）	99.35	99.35
	污染率（%）	2.21	2.21
QUAST版本5.3.0（14）	基因组大小（bp）	3,649,899	3,649,594
	Contigs数量	115	108
	N50（bp）	78,830	88,350
	L50	14	11
	GC（%）	46	46
最佳ANI匹配		Lactiplantibacillus pentosus DSM 20314（GCA_003641185.1），ANI 99.83%	Lactiplantibacillus pentosus DSM 20314（GCA_003641185.1），ANI 99.83%

根据CheckM分析，两种草图基因组的完整性均超过90%，CheckM估计的污染率低于5%。两种基因组的ANI值均超过了95%的物种水平阈值（15），证实它们属于L. pentosus物种。利用NCBI的Prokaryotic Genome Annotation Pipeline 6.10版本（16），预测PL0028和PL0050分别含有3,385个基因（其中3,229个为蛋白质编码基因）和3,378个基因（其中3,227个为蛋白质编码基因）。

致谢

作者感谢菲律宾科技部-菲律宾健康研究与发展委员会的行政支持和慷慨的财政资助。