通过完整的Sphingobacterium sp. PAMC25397基因组揭示了该菌利用苯甲酸的代谢潜力

《Microbiology Resource Announcements》：Metabolic potential for benzoate utilization revealed by the complete genome of Sphingobacterium sp. PAMC25397

　　

摘要

本文报告了从挪威斯匹次卑尔根岛Ny-?lesund分离出的Sphingobacterium sp. PAMC25397的完整基因组序列。该基因组长度为5.2 Mb，GC含量为37%。其中包含与苯甲酸降解相关的生物降解基因。

公告

1）。苯甲酸是染料废水和食品加工废水中常见的污染物（2）。微生物对芳香化合物的降解对于废物处理和生物修复非常重要（3）。

Sphingobacterium sp. PAMC25397是从挪威斯匹次卑尔根岛Ny-?lesund（纬度78.91502°N，经度11.87143°E）收集的动物排泄物相关残渣中分离得到的。约1克样本在4°C下使用添加了猪成分的0.1×营养琼脂培养6个月，并通过连续划线法纯化。同一个菌落既用于16S rRNA基因扩增，也用于全基因组测序。基因组DNA使用DNeasy Blood & Tissue Kit（Qiagen，荷兰）从R2A培养的细胞中提取。16S rRNA基因使用通用引物27F和1492R进行扩增，并通过Sanger测序（Cosmo Genetech，韩国）进行分析。分类鉴定是通过将16S rRNA序列与EzBioCloud数据库（4）进行比较来确定的，最接近的匹配结果是Sphingobacterium sp. ML3W（CP009278）（相似度为99.86%）。

表1）。

表1

表1 原始序列信息

Illumina统计信息

参数	基因组特征
ONT统计信息
读取次数	53,309
总计	818.3 Mbp
N50	21,063 bp
覆盖度	159×
读取次数	8,644,901
总计	1,305.3 Mbp

5），使用Flye v2.9.2（6）独立组装了12个子数据集，然后使用Trycycler v0.5.4（7）进行协调，生成共识组装，再使用Medaka v1.12.1（8）、Polypolish v0.6.0（9）和POLCA v0.3.1（101112）和CheckM v1.2.2（13）进行评估。CheckM估计基因组完整性为100%，污染率为1.43%。分类鉴定使用ANI Calculator（14）完成。基因组注释使用Prokka v1.14.6（15）和eggnog-mapper v2.1.12（16）完成。KEGG通路重建使用KEGG Mapper（重建模块）（17

GCA_000747525.1）的相似度最高，为98.25%。基因组注释共鉴定出4,387个蛋白质编码序列、89个tRNA和1个转移信使RNA（tmRNA）。KEGG通路重建显示多个参与苯甲酸降解的基因，表明该菌具有此通路的遗传潜力（图1）。

图1

图1 Sphingobacterium sp. PAMC25397中苯甲酸降解的KEGG通路重建。检测到的酶用绿色标出。

致谢

Min-Su Kim：概念设计、数据管理、形式分析、调查、撰写——初稿 Byeollee Kim：数据管理、形式分析、验证 So-Ra Han：数据管理、调查、验证 Hyun Lee：数据管理、调查、验证 Hye Jin Jung：数据管理、调查、验证 Jun Hyuck Lee：数据管理、调查、验证 Tae-Jin Oh：概念设计、资金获取、项目管理、资源协调、监督、验证、撰写——审稿和编辑