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华人学者新一代基因组测序结果获许可
生物通报道：哥伦比亚大学12月11日宣布，最近已经与Intelligent Bio-Systems (IBS)公司签定了其新一代DNA测序技术的独家许可协议。这种革新的DNA测序技术由哥伦比亚大学华人学者Jingyue Ju研制。基本原理刊登于12月11日《PNAS》电子版，详细介绍了Synthesis Chemistry的测序细节以及其它新型DNA测序系统所不可企及的精确度的实现方法。近期还有消息报道，哥伦比亚大学是获得美国国家人类基因组研究协会（National Human Genome Research Institute，NHGRI）的Near-Term Technology Deve
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《CANCER》：改良抗实体肿瘤单克隆抗体的措施
生物通报道：一篇由抗肿瘤单克隆抗体顶级专家做出的报告，为将来设计抵制实体肿瘤（solid tumors）的抗体治疗提供了理论框架。研究内容将刊登于2007年1月15日《CANCER》。研究人员报道说85％的癌症属于实体肿瘤，但被核准的抗体治疗法只有25％以实体肿瘤为靶标，对单克隆抗体（以下简称“单抗”）的物理属性进行操作，是提高抗实体肿瘤抗体疗效的一个潜在途径。单抗以癌症细胞上的特异蛋白为靶标，使其获得“神奇子弹”（magic bullet）的绰号，只以癌症细胞为靶标，可以减少对健康组织的间接损伤。从获得第一批人工单抗以来的20年中，已经有8种抗体被批准用于临床治疗，激发针对癌细胞的免疫反应，
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近期DNA-蛋白相互作用研究新进展
解析DNA－蛋白复合体结构的新方法生物通报道：人类基因组一半以上是由小片段mobile DNA(可动DNA)组成，mobile DNA在体内游动，将基因插入到靶细胞的染色体中。去年Nature杂志一篇文章报道，布朗大学Arthur Landy实验室和霍华德修斯医学院Thomas Ellenberger实验室研究人员利用可以感染大肠杆菌的ambda病毒作为分析mobile DNA研究模型，解析了λ-integrase (λ-Int)的结构，发现这种蛋白“外科医生”，能够帮助mobile DNA切开染色体、插入基因、“缝合”染色体。最近，Landy 实验室研究人员解析了一种DNA-蛋白复合体的结构
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“万斤油”芯片检测系统GreeneChip System
生物通报道：来自哥伦比亚大学Greene传染疾病实验室的研究人员开发出一个新的检测芯片系统GreeneChip System。该系统能快速且灵敏的筛检病人组织、血液或尿液中的各种病原菌，包括细菌或病毒等等。这项研究成果将发表在2007年1月的CDC’s Emerging Infection Diseases杂志上。旅游及贸易的全球化使疾病的感染及传播问题更严重，而临床诊断的速度及专一性，无法快速且正确的替病人进行诊疗，因此，开发快速且准确的检测系统变得格外重要。这种GreeneChip芯片系统有数万种病原菌的基因序列资料，分析流程不需超过10小时。起初，这个系统被用于测试病人呼吸道及尿道的感染
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《科学》两篇文章：DNA交叉研究
生物通报道：在12月8日《Science》杂志上有两篇研究报告聚焦在DNA生命科学与信息计算科学相互交叉学科方面，其中一篇来自纽约大学的研究人员在纳米机器人研究上首次得到了DNA芯片和纳米科技设备的固体结合体，而在另一篇文章中，研究人员设计了一组单股DNA的组件，可以用于比如与、或、非的逻辑线路。在这两项研究中具有华人科学家的参予，第一篇文章第一作者为丁宝全博士，第二篇文章参予实验的有来自加州理工的张玉（David Yu Zhang）。原文摘要：Science 8 December 2006:Vol. 314. no. 5805, pp. 1583 - 1585DOI: 10.1126/sci
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冷泉港最新操作指南：功能性基因研究
生物通报道：脱去咖啡因（Decaffeinated）的咖啡树，抗虫害的棉花，含有维生素A的水稻变种，这些听起来颇为奇怪的植物种类都是通过将一些基因引入植物而获得的。除了这些，科学家们也识别和描述了许多特殊功能基因，利用它们改造植物。这就是本期Cold Spring Harbor Protocols（CSH）在线版的封面聚焦内容：获得转基因植物的一系列技术方法。其中一种方法是利用一种细菌：Agrobacterium获得转基因拟南芥(Arabidopsis)，拟南芥由于其较短的生长周期，易于栽培，以及与重要经济作物，比如花椰菜，椰菜之间紧密的联系，因此在许多研究都被作为一种模式植物。Agrobac
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表观遗传和RNAi：两种调节细胞核结构的方式（图）
生物通报道：核仁位于细胞核异染色质区域，执行细胞最关键的功能——制造核糖体。最近劳伦斯伯克力国家实验室能源部生命科学局研究员Gary Karpen 和 Jamy Peng找到两种调节核仁结构和细胞核其它结构、维持黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）基因组稳定性的途径。研究结果刊登于《Nature Cell Biology》杂志电子版。果蝇基因组和人类基因组有很多相似之处，了解果蝇细胞核结构有助于治疗人类出生缺陷和癌症等疾病。细胞核中各种结构的组织形式对于基因表达有很深的影响，一旦调节失败，包括DNA重复序列甚至整条染色体在内的基因组会异常聚集。异染色质的表观遗传学表观遗传
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鸡羽的胚胎模式形成
生物通报道：鸡的羽毛为何会长在正确的地方？这个看似无聊的话题，其实一点都不简单。试想：简单的根本原因怎么会累积出复杂的结果？鸡羽的排列方式有斑点（spots）和条纹（stripes）两种，对于南卡罗莱那大学生物学家和牛津大学数学家来说，这些属于模式（patterning）领域的问题。为了在分子和系统水平上了解模式形成，研究人员观察鸡胚的羽毛排列形式。鸡胚的羽毛，更确切地说是羽毛芽基（feather buds，生物通编者译）出现在纤维原细胞生长因子（fibroblast growth factor ，FGF）被激活的胚胎表皮。一种活化方式是怎样通过FGF实现的？研究人员推测是一种未被发现的下游细
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Nature：决定生长因子受体的配体特异性的膜蛋白（图）
生物通报道：膜蛋白Klotho与纤维原细胞生长因子23（fibroblast growth factor 23 ，FGF23）直接作用，决定FGF受体1（FGFR1）的配体特异性。FGF信号途径经过酪氨酸激酶膜受体调节细胞生长、分化和细胞死亡等多种细胞过程。FGF23是FGF家组最新的成员，被证实控制与微生素D和磷酸盐新陈代谢有关的关键酶在肾脏中的表达。尽管这些提示肾脏存在FGF23特异受体，但是还没有确切的分子证据。最近，Takeyoshi Yamashita及其同事在《Nature》一篇文章报道说，膜蛋白Klotho使FGF23对FGF受体FGFR1（IIIc）具有特异性。文章中描述了一种
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新发现一个与减数分裂有关的锌指蛋白家族
生物通报道：同源染色体配对和联会，是减数分裂过程中染色体正确分离的先决条件。最近，加州大学伯克力实验室研究人员Carolyn M. Phillips和 Abby F. Dernburg发现由四位相关的C2H2锌指蛋白（zinc-finger proteins）组成的蛋白家族，在线虫同源染色体联会过程中发挥中心作用。研究结果刊登于12月4日《Development Cell》杂志电子版。这些蛋白由两个串连的基因簇（tandem gene cluster）编码。除了X染色体特异性的HIM-8蛋白外，三个附加的平行同源体（paralogs）共同介导五对常染色体的行为。每条染色体依赖此家族中的一个特定
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Nature两篇文章证实原癌基因抑制癌症
生物通报道：机体有多种机制抑制肿瘤前期病变（preneoplastic lesion）向癌症发展。比如原癌基因诱导细胞衰老或者是永久退出细胞周期。最近有两个研究小组（Bartkova等和Di Micco等）证实特定原癌基因引发DNA复制应答（DNA replication stress），激活DNA损伤检验点反应，检验点反应的活化在细胞衰老中发挥关键作用。Bartkova等利用人类多种二倍体细胞，研究Mos(有丝分裂原激活的蛋白激酶(mitogen activated protein kinase，MAPK)途径的催化剂)、Cdc6（DNA复制执照因子，replicatin licensing
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丁宝全最新《科学》文章：首次获得DNA芯片纳米设备
生物通报道：来自纽约大学化学系Ned Seeman实验室的研究人员通过一个纳米机械设备插入整合进DNA芯片获得了一个“DNA盒”（DNA cassette），这个“盒子”可以用于驱动一个纳米机器人（nanorobotics）的臂膀，这是首次科学家们能够在一个DNA芯片上用到有功能的纳米科技设备。这一研究成果公布在12月8日《Science》杂志上。完成这一研究的是纽约大学的Nadrian C. Seeman教授和他的研究生丁宝全（Baoquan Ding）。原文摘要：Science 8 December 2006:Vol. 314. no. 5805, pp. 1583 - 1585DOI:
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Cell重要发现：破解叶酸传递之谜
生物通报道：美国Yeshiva University大学艾伯特·爱因斯坦医学院(Albert Einstein College of Medicine)的研究人员经过了长期的研究终于破解了叶酸(folate，一种维生素B)被肠道吸收的机制。这项研究的结果刊登在12月1日的Cell杂志上。该研究解开了长久以来都研究未果的肠道吸收叶酸机理之谜，同时也为缺乏吸收叶酸能力的婴儿提供了治疗的机会。 研究负责人David Goldman博士指出，叶酸是人类生存所必须的，除了饮食中要有充足的叶酸外，肠道还要能正常的吸收叶酸，这样我们才能合成DNA以及其它重要的身体成份。 若在胚胎形成时缺
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本期《自然》焦点文章：新型显微镜
生物通报道：来自法国巴黎市工业物理化学学校(Ecole Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles)，日本Nanophotonics Laboratory-RIKEN等处的研究人员发明了一种称为“热辐射扫描隧道显微镜”（Thermal radiation scanning tunnelling microscopy，TRSTM）的显微技术，这一研究成果公布在12月7日《Nature》杂志上。原文摘要:Nature 444, 740-743 (7 December 2006) | doi:10.1038/nature05265;
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英研究人员：用干细胞治背痛
生物通报道：曼彻斯特大学的Steven Richardson博士发明了一种可以利用患者自己的干细胞治疗腰酸背痛的方法，这种疗法将可以取代强效的止痛药或手术。Steven Richardson与德国生物技术公司Arthrokinetics和脊椎基金会合作，希望明年可以进入前临床试验阶段。Richardson博士也因他的发明而被题名西北（美国）年度年轻生物技术学家。脊椎间盘(intervertebrate disc)主要由外环强韧的纤维环(fibrous annulus fibrosus) 与髓核(nucleus pulposus)结合软硬骨顶板(bony vertebral and cartil
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本期《自然》《科学》精选
12月7日《Nature》封面故事：生物燃料热背后的事实生物燃料是当今的热门话题，在媒体报道中占突出地位，在股票市场上也吸引着大量资金。但这种热度在多大程度上是有根据的呢？这是否只是一种宣传呢？在本期的一篇长达11页的Business News Feature文章中，Nature记者揭示了生物燃料热背后的事实。电活动对胚胎神经发育的影响最近，研究人员发现，电活动在胚胎神经发育中起举足轻重的作用。该发现为关于脑发育的研究引入了一个新的因素。Nicholas Spitzer 对关于在神经感应刚刚结束之后、突触尚未形成之前的发育阶段电活动对神经增殖、迁移和分异的影响的研究工作进行了综述。电信号作用似
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两篇《Molecular Cell》文章介绍RNA聚合酶II
生物通报道：RNA聚合酶II （RNA polymerase II，Pol II）参与的转录过程，是真核细胞染色体的一项基本的、高度协调的生物学过程。12月8日《Molecular Cell》两篇文章都与Pol II有关。封面文章主要讲述的是Sen1 helicase（解旋酶）对于Pol II终止机制的影响。Sen1是Pol II遇到非编码RNA时的终止因子之一。最近，威斯康星州大学研究人员Eric J. Steinmetz和Christopher L. Warren等绘制出酵母全基因组Pol II分布高清晰图谱。研究人员将野生型酵母和Sen1突变型酵母的基因组对比，发现野生型酵母中，Pol
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一美国国家研究员违背公众利益被定罪
生物通报道：据Science新闻消息，12月8日，美国国家心理健康研究所（National Institute of Mental Health）研究人员Trey Sunderland违犯利益冲突罪名（conflict-of-interest rules）成立。最近美国众议院能源和商业委员会（House Energy and Commerce Committee）、美国国立卫生研究院（National Institutes of Health）进行的一项调查，发现44名NIH研究人员未上报和经审批而擅自与药物和生物技术公司进行商业合作（ScienceNOW, 14 June）， 其中包括Sun
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新型免疫系统关键成分模型
生物通报道：吞噬体是杀灭感染病原体的一种细胞器。最近，来自蒙特利尔大学、马萨诸塞总医院和约汉霍普金斯大学的研究人员组成的小组，首次利用系统生物学方法得到研究吞噬体（phagosome）功能的模型。研究结果刊登于上周《Nature》杂志。噬菌细胞依赖吞噬体吞噬、杀灭和消化细菌。尽管吞噬体在正常的免疫反应中作用重大，但其构成方式和功能还很少被了解。研究人员对果蝇吞噬细胞进行分析，鉴别出预期与吞噬体功能有关的600多种蛋白，然后构建出这些蛋白之间相互作用的细节图谱，寻找先前未知的吞噬细胞的调节物质以及免疫反应潜在的分子途径。研究人员说吞噬作用在进化过程中非常保守，所以可以以果蝇为模型研究吞噬过程。将
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啮齿类动物研究证实：体重越大，端粒酶越少
生物通报道：15个物种的研究结果显示啮齿动物体重（body mass，生物通编者译）越大，表达的端粒酶（telomerase）越少。端粒酶是一种可以延长细胞寿命，激发癌症的蛋白，根据最近对于啮齿类动物的研究结果显示，动物的体重与寿命相比，与端粒酶的表达联系更为紧密。研究结果刊登于《Aging Cell》。端粒酶使不断被侵蚀的染色体末端重塑，进而延长细胞的寿命。然而生命短暂的小鼠表达端粒酶，生命比较长的人类，体细胞却关闭了端粒酶的表达。“小鼠一生中都表达端粒酶，帮助它们很快康复，” Rochester大学衰老学研究专家 Vera Gorbunova说：“获得这种康复能力将是一件很棒的事情，但是负
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