染色质分析工具及其应用（三）[创新技巧]

之前生物通介绍了EpiQ染色质分析试剂盒的原理与方法，现在就让我们来看看世界各地的科学家是如何利用这个试剂盒的吧。

确定HIV潜伏的机制

第二个故事的主角是加州大学伯克利分校的研究生Siddharth Dey。有一天，他偶然读到了一篇发表在《Cell》杂志上的文章，其中Schaffer实验室的研究人员提出了一个HIV潜伏的新模型。他们认为，一种病毒编码蛋白的随机波动可能影响了病毒的潜伏决定，这种蛋白可与病毒RNA发夹结构结合并激活转录，从而形成转录的正反馈环。

最初，这些病毒分子在细胞中的数量可能非常低。新模型认为，它可能启动转录的正反馈环，并激活病毒，也可能少量的病毒蛋白未能激活正反馈环，使病毒进入潜伏期。潜伏期病毒对抗病毒药物不敏感，而正反馈环会在迟些时候激活。这个新模型激发了Dey研究病毒蛋白进化的兴趣，并促使他加入了Schaffer实验室。

据Dey介绍，HIV被分为多种亚型，且有着非常高的错误率，因此有着非常大的多样性。“我的目标之一是理解这些多样性如何影响功能，以及病毒在多样性之下如何高效运作。是否有一些对病毒功能很重要的潜在结构因素？”

在最近的实验中，Dey研究了一个病毒蛋白，它表现出重要的翻译后修饰，并与多个细胞蛋白相互作用。此蛋白中的一些保守位点已鉴定出，对蛋白功能很关键，如果它们突变，病毒会变得不起作用。Dey想要研究共同进化的位点，即某些位点的氨基酸与其他位点的氨基酸相关联。

他的工作需要用序列比对的统计学方法来鉴定那些共同进化的位点。一旦鉴定出，他就能通过实验来检验这些位点。之后再研究它们在结构或功能上如何重要。

EpiQ试剂盒在这些功能实验中起了重要作用。研究表明病毒蛋白与多个细胞蛋白相互作用，包括SWI/SNF，一个染色质重塑复合物。Dey解释道：“我试图确定病毒蛋白中的突变如何影响它与染色质重塑因子之间的相互作用。EpiQ试剂盒让我能够评估病毒周围的染色质结构，以及病毒蛋白是否影响它。”

过去，Dey使用免疫沉淀来解决这些问题。就目前这项研究以及今后的研究而言，EpiQ试剂盒不能取代免疫沉淀技术，而是作为补充。它给出信息，说明在哪些条件下需要用染色质免疫沉淀来进一步分析。

Dey谈到：“最终，我们希望能够完全了解HIV潜伏背后的分子机制，这样完全激活病毒的机制就能开发出，然后应用抗病毒药物消灭它。”

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（原文来自Bio-Rad，生物通编译）

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