• MultiGATE：基于图注意力自编码器的空间多组学数据整合分析与调控关系推断新方法

  在生命科学研究领域，空间组学技术的快速发展正在彻底改变我们对复杂组织和器官中分子表达模式的理解。特别是新兴的空间多组学技术，能够在同一组织切片上同时分析转录组和表观基因组/蛋白质标记，极大地拓展了空间技术的应用前沿。然而，这些高通量技术产生的多模态数据对分析方法提出了严峻挑战——如何有效整合不同模态的信息并揭示它们之间的调控关系，成为当前研究的重点难点。传统的数据整合方法如MOFA+采用线性因子模型，totalVI使用变分自编码器框架，但这些方法都未能充分考虑空间信息的重要性。更近期的SpatialGlue虽然使用图卷积网络分别获取各分子模态的嵌入，然后通过注意力机制整合信息，但仍以主成分作为

  来源：Nature Communications

  时间：2025-10-25

• 基于单细胞技术和机器学习的焦亡相关基因特征谱能够预测胶质母细胞瘤的预后及对免疫治疗的反应

  ### 胶质母细胞瘤中焦亡与治疗靶点的探索胶质母细胞瘤（Glioblastoma, GBM）是中枢神经系统中最常见的恶性肿瘤之一，其侵袭性强、异质性高，给临床治疗带来了巨大挑战。尽管目前的治疗策略包括最大安全切除、放疗和替莫唑胺化疗，但患者的中位生存期仍不足15个月，五年生存率低于7%。这种低生存率与GBM的高度免疫抑制性微环境密切相关，免疫检查点抑制剂等免疫治疗在多种实体瘤中表现出显著疗效，但在GBM中的效果有限。因此，探索GBM中新的分子机制和生物标志物，对于改善预后分层、预测治疗反应和开发更有效的治疗策略至关重要。在肿瘤生物学中，焦亡（Pyroptosis）作为一种由炎症小体激活和Gas

  来源：Frontiers in Immunology

  时间：2025-10-25

• 使用复合AIM检测方法评估非人灵长类动物中抗原特异性T细胞回忆反应

  在生物治疗药物的开发过程中，评估抗原特异性T细胞反应是理解免疫原性并减少药物特异性免疫反应的关键环节。T细胞作为免疫系统的重要组成部分，其激活状态和记忆反应能够揭示机体对特定抗原的免疫应答能力，这对于预测药物安全性、疗效及免疫调节策略具有重要价值。然而，传统的免疫原性评估方法，如酶联免疫斑点（ELISPOT）和基于抗体的检测，往往难以全面反映T细胞的复杂反应，尤其在临床前研究和临床监测中面临诸多挑战。因此，开发一种更加高效、全面且适用于非人灵长类（NHP）等关键动物模型的检测技术显得尤为重要。本研究提出了一种基于流式细胞术的复合激活诱导标记（cAIM）检测方法，用于评估非人灵长类猴和人类中抗原

  来源：Frontiers in Immunology

  时间：2025-10-25

• 综述：细胞因子为基础的免疫治疗方法在胃肠道癌症中的作用

  胃肠道（GI）癌症是全球癌症相关死亡的主要原因之一，其治疗仍面临巨大挑战。尽管免疫检查点抑制剂（ICIs）如抗PD-1/PD-L1、CTLA-4和LAG3的药物改变了部分GI癌症的治疗格局，但在多数GI癌症中反应率低且易产生耐药性。这主要归因于肿瘤的低免疫原性、效应T细胞浸润不足以及免疫抑制性的肿瘤微环境（TME）。细胞因子作为可溶性介质，在调节免疫反应中扮演着核心角色，但其在肿瘤中的作用具有双重性，既可抑制肿瘤，也可促进其生长，具体取决于其对TME的影响。在GI癌症中，由白细胞介素-6（IL-6）、IL-10、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）和转化生长因子-β（TGF-β）等细胞因子驱动的慢性

  来源：Cytokine

  时间：2025-10-25

• 基于半胱氨酸靶向的钆自旋标记技术及其在电子顺磁共振光谱中的应用突破

  在结构生物学研究领域，科学家们一直致力于开发能够精确解析生物大分子三维结构的技术手段。其中，电子顺磁共振（EPR）光谱技术作为一种强大的工具，能够通过引入顺磁标记来获取纳米尺度的距离信息。然而，该技术的广泛应用却受到一个关键瓶颈的制约——如何实现快速、高效且稳定的蛋白质标记。传统上，研究人员通常利用半胱氨酸（cysteine）残基的巯基进行特异性标记，其中4-乙烯基吡啶结构的标记试剂（如PyMTA-Gd）能够通过迈克尔加成（Michael addition）反应形成耐还原的共价连接。但令人遗憾的是，这类基于吡啶的标记反应速率过于缓慢，严重限制了其在时间敏感型实验中的应用。这就好比拥有一把精密的

  来源：Bioconjugate Chemistry

  时间：2025-10-25

• 计算机辅助腧穴定位技术的系统综述：传统算法与深度学习的融合与展望

  针灸作为传统医学疗法已在全球广泛应用，但传统腧穴定位长期依赖医师的个人经验。研究表明，即使资深医师对同一腧穴的定位也存在显著差异——例如71名医师标记23个常用腧穴时，95%置信区间范围从PC6穴的2.7平方厘米到ST38穴的41.4平方厘米。这种主观差异性给针灸研究的可重复性和临床教学带来了挑战。随着人工智能技术的进步，尤其是深度学习的发展，研究人员开始探索自动化腧穴定位技术。2020年Sun等首次将深度学习应用于腧穴定位，达到76%的检测率，为此领域研究奠定了基础。然而，现有技术在不同解剖区域的适用性、准确性与临床实用性仍需系统评估。在此背景下，翟振伟等研究人员在《iScience》发表了

  来源：iScience

  时间：2025-10-25

• 综述：细胞工程技术在伤口愈合和组织再生中的应用

  细胞在伤口愈合中的作用伤口愈合是一个由多种细胞类型协同调控的复杂生物学过程。成纤维细胞、角质形成细胞和内皮细胞作为三大核心功能细胞，通过精密配合完成组织修复任务。位于真皮层的成纤维细胞在增殖和重塑阶段发挥关键作用，被激活后迁移至伤口区域，分泌纤维连接蛋白、胶原蛋白等细胞外基质（ECM）成分。这些活化的成纤维细胞通过表达α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）分化为肌成纤维细胞，通过收缩力促进伤口闭合。此外，成纤维细胞释放的血小板衍生生长因子（PDGF）和转化生长因子-β（TGF-β）进一步调控愈合微环境。角质形成细胞作为表皮层的主要细胞类型，负责伤口再上皮化过程。损伤发生后，周边角质形成细胞发生表型转

  来源：npj Biomedical Innovations

  时间：2025-10-25

• 利用RNA-seq技术检测多发性骨髓瘤中的微小残留病（MRD）：具有高灵敏度和预后评估价值

  摘要多发性骨髓瘤（MM）是一种血液系统恶性肿瘤，其特征是浆细胞的克隆性增殖。 minimal residual disease（MRD，微小残留病）的检测对新诊断患者和复发患者的预后评估具有重要意义，贯穿整个疾病过程。基于PCR的靶向下一代测序（NGS）方法在MRD监测中存在局限性，这主要是由于MM中的体细胞高频突变（SHM）所致。本研究比较了RNA-seq与靶向IGH-CDR3-DNA-NGS方法，以寻找更敏感、更便捷的MRD监测技术。我们分析了35名MM患者的125个样本，并将其与42名B-ALL患者的样本进行了对比，使用MiXCR软件进行测序数据处理。RNA-seq在所有骨髓（BM）和外

  来源：Cancer Gene Therapy

  时间：2025-10-25

• SHICEDO：基于生成对抗网络的单细胞Hi-C数据增强方法，有效缓解过度平滑问题

  在生命科学领域，三维基因组结构研究正经历着从群体水平到单细胞水平的革命性转变。单细胞Hi-C(scHi-C)技术的出现，使科学家能够以前所未有的分辨率观察每个细胞核内染色质的空间组织形式。然而，这项突破性技术也带来了新的挑战——由于测序深度的限制，单个细胞产生的Hi-C数据极其稀疏且噪声明显，这严重阻碍了对染色质精细结构的准确解析。传统的数据增强方法如scHiCluster和SnapHiC采用卷积和随机游走策略，虽然能在一定程度上填补数据空缺，但往往导致过度平滑现象，使重要的结构细节淹没在人工生成的信号中。而基于深度学习的方法如Higashi和ScHiCEDRN，虽然在一定程度上提升了数据质量

  来源：Bioinformatics

  时间：2025-10-25

• 面向材料显微图像刀痕噪声抑制的领域专用模拟数据增强方法

  在材料科学研究中，通过原子力显微镜(AFM)、电子显微镜(EM)和光学显微镜(OM)等显微技术获取的图像数据对于分析材料微观结构和性能至关重要。然而，这些图像往往受到样本制备过程中引入的噪声和伪影的严重影响，其中最为典型的就是"刀痕噪声"——在材料切片过程中，切割工具边缘的痕迹或材料拉扯形成的周期性条纹状伪影。这种噪声在聚合物材料如橡胶的横截面图像中尤为明显，会严重干扰填料区域的准确分割，进而影响对填料分布状态的分析，而填料分布又直接关系到材料的力学性能。传统的图像处理方法如中值滤波、频域带阻滤波等，通常假设噪声具有规则的方向性，难以有效处理刀痕噪声这种角度、厚度和亮度都呈现不规则变化的复杂噪

  来源：Microscopy

  时间：2025-10-25

• 亚马逊土壤颜色测定新方法：智能手机与色度计的精准性突破

  Highlight描述性统计分析干湿土壤样本对干湿土壤样本的描述性分析显示，孟塞尔色卡（MCC）在RGB值上表现出最大的变异性，尤其是在蓝色色调上。这种变异性可归因于若干因素。主要是视觉判读固有的主观性以及颜色测量获取时的光照条件是主要贡献者。孟塞尔色卡高度依赖于观察者的感知，环境光的变化会显著影响结果（Campos等，2021年）。此外，土壤湿度条件进一步加剧了这种变异性，尤其是在较深的土层（0.20–0.40米）中，因为水分改变了土壤的光学特性，使得视觉匹配更加困难。结论对RGB值的描述性分析揭示，孟塞尔色卡表现出更大的变异性和标准差，特别是在湿润条件下和蓝色通道中，这可归因于观察者的主观

  来源：Computers and Electronics in Agriculture

  时间：2025-10-25

• DiffuScope：基于扩散正则化自编码器的空间转录组聚类新方法

  模型内部架构与机制解析DiffuScope是专为空间转录组学数据分析设计的聚类框架，其核心目标在于识别和表征空间域。该框架的分析流程包含两大模块：首先采用Scanpy进行标准化数据预处理，包括归一化、对数转换和高变基因筛选，最终保留前2,000个高变基因作为下游分析的特征输入。讨论本研究提出的DiffuScope基于变分图自编码器（VGAE）框架，融合自监督学习策略，能够实现空间转录组数据中空间域的高精度识别。相较于主流聚类方法，DiffuScope在多个基准数据集上均展现出优越性能。通过引入重构损失和扩散一致性损失这两个精心设计的损失函数，DiffuScope有效提升了特征学习的鲁棒性。图增

  来源：Computational Biology and Chemistry

  时间：2025-10-25

• 基于读长预分型的长读长测序结构变异基因分型新方法SVUPP提升基因分型准确性

  30X的Pacific Biosciences(PacBio) HiFi和Oxford Nanopore Technologies(ONT) R10数据，仍存在相当比例的基因分型错误。针对这一技术瓶颈，哥本哈根大学的研究团队在《Bioinformatics》上发表了一项创新性研究，提出了名为SVUPP(Structural Variant genotype calling Using Pre-Phased reads)的新方法。该方法的核心创新在于将读长分型信息整合到基因型似然计算中，显著提升了SV基因分型的准确性。研究方法上，团队首先利用QUILT2(v2.0.4)或WhatsHap(v1.

  来源：Bioinformatics

  时间：2025-10-25

• 基于迁移学习混合注意力的蛋白质相互作用网络预测新方法AttnSeq-PPI

  亮点数据集本研究使用了三个经过实验验证的PPI数据集进行模型训练和评估：•物种内人类数据集包含36,630个相互作用PPI样本和36,480个非相互作用样本•酵母数据集包含33,479个正样本和同等数量的负样本•多物种数据集整合了六个物种的PPI数据结果与讨论我们采用5折交叉验证对三个数据集进行模型训练和评估（表1）。每次迭代中测试集的结果均用于模型评估。此外，四个独立物种数据集和两个网络数据仅用于模型验证。本节展示了所提模型的性能及其与其他方法的比较结果。消融实验结果见第3.5节。t-SNE图可视化分析揭示了特征分布的聚类模式。结论本研究重点提升了不同数据集上PPI网络预测的准确性。我们将网

  来源：Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

  时间：2025-10-25

• 基于LC-MS/MS的血清硫酸吲哚酚定量检测方法开发及其在慢性肾脏病评估中的标准化研究

  在当今全球人口老龄化加剧的背景下，慢性肾脏病（CKD）已成为威胁公共健康的重要问题，据统计影响全球8-16%的人口。作为一种常见的尿毒症毒素，硫酸吲哚酚（IS）是色氨酸的代谢终产物，在肾功能正常时通过尿液排出体外。然而，当肾功能受损时，IS在血液中积聚，不仅会促进肾脏纤维化和炎症反应，还与主动脉钙化、血管硬化和心肌病变等多种并发症密切相关。因此，准确量化IS浓度对于CKD的病程监测、分期评估以及血液透析时机的确定都具有重要意义。尽管目前市场上有多个公司提供IS检测试剂，但由于缺乏标准化的检测方法，这些试剂仅限研究使用，尚未获得临床诊断应用的批准。酶法分析虽然常见且实用，但不同方法间存在差异，难

  来源：Biochemistry and Biophysics Reports

  时间：2025-10-25

• 通过瞬态吸收光谱技术实现的时间分辨激子离域过程

  全局视角分子激子是由在聚合物中的多个单体上相干共享的激发态产生的。激子离域在能量传递动力学的中间阶段起着复杂的作用，在这一阶段，激子可以在超快时间尺度上动态变化。一种能够测量激子离域的实验方法，尤其是具有超快时间分辨率的方法，将有助于我们了解分子间的离域电子耦合如何与分子-环境相互作用的局域化效应相互作用。在这里，我们展示了一种通过瞬态吸收光谱法测量时间分辨激子离域的实验方法。该方法展示了一种非常有效的技术，可以消除那些掩盖动态演变激子特性的信号干扰。亮点•一种用于测量时间分辨激子离域的实验方法•通过一种新的比值技术排除了激子-激子湮灭动力学的影响•在J-聚集体中观察到激子的局域化现象，其时间

  来源：Chem

  时间：2025-10-25

• 通过可逆热探测锂离子溶剂化热力学：一种揭示电解质结构与性能的新方法

  在锂离子电池研究领域，电解质的设计优化一直是提升电池性能的关键。离子与溶剂分子的相互作用深刻影响着电解质的传输特性、界面稳定性和电化学性能，然而由于缺乏直接有效的探测手段，对锂离子溶剂化热力学的系统研究仍相对匮乏。传统的光谱学方法如核磁共振（NMR）和拉曼光谱虽能提供结构信息，但难以区分带电离子与中性聚集体，也无法直接获取热力学参数。正是在这样的背景下，Yu-Ju Huang、Peilin Lu、Paul V. Braun和David G. Cahill等人在《Cell Reports Physical Science》上发表了他们的最新研究成果。为了突破这一瓶颈，研究团队开发了一种基于硬币电

  来源：Cell Reports Physical Science

  时间：2025-10-25

• 评估泛癌循环肿瘤DNA下一代测序技术在晚期癌症患者中的预后预测价值

  本研究旨在评估一种覆盖多种癌症类型的循环肿瘤DNA（ctDNA）下一代测序（NGS）面板在预测晚期实体瘤患者治疗反应和无进展生存期（PFS）方面的临床价值。随着癌症治疗手段的不断进步，如何准确评估治疗效果和预测疾病进展成为临床决策中的重要环节。ctDNA作为非侵入性生物标志物，能够反映肿瘤的基因变化，并通过血液检测的方式实现动态监测。这种方法在癌症治疗监测中展现出巨大的潜力，尤其对于传统组织活检难以获取样本的肿瘤类型，其应用更为广泛。研究纳入了41名患有晚期实体瘤的患者，其中包括胃癌、非小细胞肺癌、头颈癌、食管癌、乳腺癌和结直肠癌。研究团队对这些患者的ctDNA进行了三次检测，分别是在治疗前、

  来源：OncoTargets and Therapy

  时间：2025-10-25

• 基于深度学习的高分辨率航空影像橄榄园自动分类与树木计数方法研究

  橄榄树作为地中海农业系统的核心经济作物，其种植管理直接关系到橄榄油产业的可持续发展。然而，传统人工勘察方式难以应对大范围种植区的监测需求，尤其在高异质性的农业景观中，精准识别橄榄园边界并统计树木数量一直是农业遥感领域的难点。现有研究多依赖半自动化方法或小样本数据集，缺乏兼顾自动化与统计稳健性的解决方案。为突破这一瓶颈，来自意大利巴里大学的研究团队在《Smart Agricultural Technology》发表了一项创新性研究，他们整合超高分辨率（Very High Resolution, VHR）RGB航空影像与前沿深度学习（Deep Learning, DL）算法，构建了一套完整的橄榄园

  来源：Smart Agricultural Technology

  时间：2025-10-25

• 基于APOE-ε4携带状态量化红细胞DHA与认知差异关系：新兴统计方法在多队列研究中的应用

  1亮点• 红细胞DHA与认知功能在APOE-ε4携带者中呈现更强负相关• 首次应用PCSS方法实现无需个体水平数据（IPD）的等效分析• 为跨队列研究提供新型数据共享范式2背景阿尔茨海默病及相关痴呆（AD/ADRD）带来沉重社会经济负担，而能够延缓疾病进展的经济有效药物治疗方案仍显不足。因此，预防策略至关重要。新证据表明中年饮食与AD/ADRD发病存在关联，其中omega-3脂肪酸二十二碳六烯酸（DHA）作为大脑膜结构主要成分的作用备受关注。3新兴PCSS方法：用队列汇总统计实现IPD等效分析仅通过研究的预计算汇总统计（PCSS），我们就能从任何结果变量（y）、预测变量（x）和已汇总的协变量中

  来源：Prostaglandins, Leukotrienes and Essential Fatty Acids

  时间：2025-10-25

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