世界三大shRNA表达文库简介（图）

生物通报道：病毒文库的沉默效应持久，与siRNA相比，每个基因的成本非常低，不足之处是不如合成的有效。以下，生物通向您推荐世界三大shRNA文库。

　　

生物通报道：接上篇siRNA文库研究进展

shRNA表达文库的沉默效应持久。Aleister Saunders在Drexel大学的RNAi资源中心早在两年前购买逆转录病毒shRNA文库，“与siRNA相比，每个基因的成本非常低”，不足之处是不如合成的有效。

这种新的基因组文库采用的是慢病毒（lentivirus），慢病毒与一般的逆转录病毒不同，不仅可以感染分裂细胞，也可以感染非分裂细胞（采用慢病毒需要生物安全等级为2或2＋的设备）。二者的差异存在于是做Arrayed screen还是做 Pooled screen。Arrayed screen能用于图像分析（比如，敲除特定基因后纺锤体形态变化），以及探测显型中的小变化。Pooled screen需要的试剂少，成本小，但很难进行负面筛选（negative screens）。

Hannon-Elledge 文库

由哈佛大学医学院Stephen Elledge和冷泉港实验室Greg Hannon创建，用户可以购买到逆转录病毒（Psm2）和慢病毒（pGIPZ）载体版的文库。在早期内源性micro（mi）RNA序列出现后，Hannon 和Elledge构建出他们的shRNA文库，载体的关键是一个编码RNA的30-mer序列和Pol II（而非III）启动子的关键。根据Elledge实验室的研究，shRNAmir’s 的敲除效果更好，这对Pooled screen实验非常重要。

               

优势
• Barcoded适合Pooled screen
• 有慢病毒和一般逆转录病毒两种载体
• MicroRNA发展潜力大，适合单拷贝

劣势
• 浅覆盖（Shallow coverage，生物通编者译），有些基因只有一个发卡结构

可用文库
• pSM2逆转录病毒 人类：85000 constructs target

                      31000 unique accessions
• pSM2逆转录病毒 小鼠：65000 constructs targeting 

                      28000 unique accessions
• GIPZ逆转录病毒 人类：38287 constructs targeting  

                      28000 unique accessions
• GIPZ逆转录病毒 小鼠：33600 constructs targeting  

                      21000 unique accessions
• 由Open Biosystems发布

The RNAi Consortium（TRC）文库

由剑桥Broad 研究所支持的一家公私合作协会创建，起初用于Arrayed实验。理论上，发卡结构本身可作为barcode。据协会主任Sabatini说，研究小组正努力为pooled实验整理文库。

TRC关注基因的深度（depth）——每个基因至少有5个不同的shRNA。作为一家拥有广阔资源的大型公共机构，TRC打算利用文库中的每个发卡结构。

              

优势
• 深覆盖（Deep coverage，生物通编者译）——每个基因有5个shRNA

劣势
• 无barcodes，不适合Pooled screen
• 只有慢病毒载体

可用文库
• TRC 慢转录病毒 人类：75883 constructs targeting 

                      18200 unique accessions
• TRC 慢转录病毒 小鼠：65800 constructs targeting 

                      15000 unique accessions
• 由Open Biosystems 和Sigma-Aldrich发布

荷兰癌症研究所的文库（NKI）

NKI文库是第一个投入使用的文库。NKI分子致癌物研究小组带头人Rene Bernards说：“许多鉴别相互作用分子的文章都利用过我们文库（资源）。”与Hannon-Elledge文库相似，NKI也利用baicodes做pooled screens，但其覆盖的人类基因只有TRC文库和Hannon-Elledge文库的一半，并且建成后没有升级过。“我不会改变一支胜利的队伍，” Bernards说：“我有H1 RNA载体工作。”许多研究人员注意到重组问题，Bernards说文库已经通过重组抗性载体进行了再次克隆。

                       

优势
• 最长的跟踪记录
• Barcodes 适合 pooled screens

劣势
• 版本旧
• 只有逆转录病毒
• 覆盖较浅

可用文库
• 对人类：24,000 constructs targeting 8,000 genes
• 对小鼠：30,000 constructs targeting 15,000 genes
• 与荷兰癌症研究所合作获得
• 据Bernards说，英国剑桥Geneservice即将对其进行商业化

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