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导语:
       
新一代测序技术在最近五年飞速发展,这吸引了不少人的目光,也使得原本红火的芯片技术沉寂了不少。早些年,有人甚至预言,芯片技术面临消亡。诚然,在某些方面,新一代测序让芯片失色,但就很多应用而言,芯片仍然是不可取代的……

芯片未消亡 前景更美好
GEN网站近日发表了一篇题为“芯片不会消亡”的专题报道,介绍了芯片的独特优势。与NGS相比,芯片更便宜,也更快获得结果。此外,芯片不存在NGS的数据分析负担。对于NGS所产生的海量数据,人们正在开发专门的计算方法。“NGS和芯片这两种技术,与其说是竞争的,不如说是互补的。通过NGS发现的新序列正成为芯片上的丰富内容。”





农业基因组学

盘点Affymetrix的农业基因组学芯片
自Affymetrix公司在2013年调整公司发展策略,将重点放在遗传分析业务以来,已经取得不错的成效。在2014年的过去三个季度,遗传分析业务部门的收入同比都有大幅度的增长。其中,农业生物学方面的业务稳定增长,在整个基因分型收入中占25%左右。在这两年的动植物基因组大会(PAG)上,Affymetrix都有新产品呈上。

新的高密度玉米SNP芯片可用于基因组选择、GWAS和群体遗传学
Affymetrix推出小麦、三文鱼、玉米和玫瑰SNP芯片
在PAG会议上,一系列新的SNP芯片助力水牛、小麦和观赏植物的研究


诊断检测

FDA批准Affymetrix的CytoScan用于临床诊断
2014年1月17日,美国食品药品监督管理局(FDA)批准了Affymetrix公司的CytoScan Dx Assay,该检测用于检测染色体的变异,这种变异可能与儿童的发育迟缓或智力残疾有关。基于血液样品,该测试可以一次试验就检测出整个基因组的染色体大片段及小片段的缺失及扩增。

美权威机构建议在产前诊断中使用芯片
Greenwood遗传学中心过渡到Affymetrix的CytoScan Dx
开放医学研究所利用Affymetrix的芯片开发慢性疲劳综合征的检测


芯片 vs. 测序

NGS,真的是最优之选么?
HTA 2.0芯片是迄今为止密度最高、功能最全的商业化基因表达芯片,可以实现编码RNA和非编码RNA转录本检测、可变剪切分析以及基因水平和外显子水平的基因表达分析。今年七月应用该芯片发表于Cancer Discovery的最新文献表明,HTA 2.0可以比RNA-seq获得更多的选择性拼接信息,并且与qRT-PCR验证结果完全一致。

研究比较芯片和测序在分析无细胞胎儿RNA转录组上的能力
Nature Methods:12种miRNA表达平台的比较





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