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基因编辑的蘑菇，为什么不吃？
生物通报道 无论在中餐还是西餐中，白蘑菇都是一道重要的食材。不过，白蘑菇最好是现买现做，若是在冰箱中放上两天，它就会变成褐色，并且黏糊糊的。如今，科学家已经找到一种工具来延迟它的褐变。这就是CRISPR基因编辑技术。白蘑菇褐变是由多酚氧化酶（PPO）引起的。于是，宾夕法尼亚大学的研究人员利用CRISPR技术，敲除了6个PPO编码基因中的1个，将酶活性降低了30%，从而延缓白蘑菇褐变。这项研究本是稀松平常的事，但是，4月份，美国农业部表示，它不会对CRISPR改造的蘑菇进行监管。消息一出，舆论立即炸了锅。人们认为，转基因生物怎么能在没有监管的情况下上市？食物上没有任何警告，而它对环境的影响也没有
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魏文胜、刘小乐携手发表CRISPR新成果
生物通报道：CRISPR–Cas9筛选已被广泛用于分析编码基因功能，但是，用这种方法对非编码元件进行高通量筛选，是更具挑战性的，因为非编码区域中单次切割所引起的缺失，不可能产生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一种高通量的方法，来产生非编码DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnology》杂志发表的一项研究中，来自北京大学、哈佛大学T.H. Chan公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所、宁波大学、MIT-哈佛Broad研究所等处的研究人员，报道了一种高通量的基因组删除策略，基于一个慢病毒配对引导RNA（pgRNA）文库，来筛选功能性的长编码RNAs（lncRNA
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Nature Methods发布CRISPR新技术：CRISPR-X
生物通报道：斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Michael C Bassik副教授，他曾参与研发多项CRISPR新技术，比如前年研发的SunTag，这是一套分子挂钩，其能够将多个拷贝的生物活性分子挂到可用来靶向一些基因或其他的分子的蛋白质支架上，利用SunTag能增加CRISPR的变化。目前通过定向进化法分析蛋白功能，进行蛋白质工
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10月王牌聚焦：突破性研究汇集的丰收季节
生物通报道：金秋十月，丰收的季节，生命科学研究也出现了不少重要研究突破，比如CRISPR与非编码基因组，艾滋病研究的重要突变，还有癌细胞转移，表观遗传研究领域的新发现等等。Science杂志上两项研究完成了迄今为止很难做到的靶向工作，也就是天然人类基因组中与重要表型相关序列中的非编码区域。虽然与传统分析方法的原理差不多，都是将靶标序列与质粒中报告基因相匹配，但是这些集中的 CRISPR筛选有一个明显的不同之处：它们直接靶向序列的天然状态。这些筛选针对的是周围序列都存在情况下的基因组序列，报告基因分析非常有用，但是它们缺少天然基因组环境中的三维构象和本地染色质环境。在最新研究中，调控序列都是在正
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中国科学家10月参与发表多篇Nature文章
生物通报道：10月中国学者参与的多项研究在Nature杂志及其重要子刊上发表，其中包括胚胎发育过程中关键信号通路的表观遗传调控机理，三聚态胞内阳离子通道结构与门控机制，以及CRISPR-dCas9新工具。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所徐国良课题组和美国加州大学圣地亚哥分校孙欣课题组发现，TET双加氧酶介导的DNA去甲基化与DNMT甲基转移酶介导的甲基化共同作用，通过调控Lefty-Nodal信号通路控制小鼠胚胎原肠运动。第一次在体内证明DNA甲基化及其氧化修饰在小鼠胚胎发育过程中具有重要功能,揭示了胚胎发育过程中关键信号通路的表观遗传调控机理，为发育生物学提供了新的认识
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Science发布CAR-T细胞免疫疗法重要突破
生物通报道：在慢性感染或癌症患者中，战胜疾病的T细胞往往表现的像一个过度劳累的士兵，它们喘息着、措手不及和犹豫不前，处于一种“衰竭”的状态，这可让疾病继续存在下去。10月27日在《Science》发表的一篇论文中，美国Dana Farber /波士顿儿童癌症和血液疾病中心的研究人员报道称，在慢性病毒感染小鼠中，衰竭T细胞会被一组根本不同的分子电路所控制，不同于有效对抗感染或癌症的T细胞，这一研究结果指出了一种方式，可增加CAR T细胞的持久力，CAR T细胞是一种很有前景的癌症免疫治疗形式。延伸阅读：Cell：CAR-T细胞免疫疗法获重要突破；CAR-T细胞疗法商业化 不再遥远；绝处
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华人学者Nature Methods发表CRISPR新工具
生物通报道：基因网络指导着细胞的正常功能，这个网络受到干扰就可能引发疾病。动态操纵转录组的能力对于研究基因网络的作用机制非常重要。斯坦福大学的研究人员在CRISPR–dCas9的基础上实现了可诱导的复杂转录调节，这项研究发表在十月二十四日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是斯坦福大学的华人学者齐磊（Lei S Qi）。齐磊是CRISPR领域的先行者之一，在Cell等顶级期刊上发表了多项突破性成果。细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR–Cas9适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引
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Cell Stem Cell八大热点文章（10月）
生物通报道：《Cell Stem Cell》杂志是2007年Cell出版社新增两名新成员之一（另外一个杂志是Cell Host & Microbe），这一杂志内容涵盖了从最基本的细胞和发育机制到医疗软件临床应用等整个干细胞生物学研究内容。这一杂志特别关注胚胎干细胞、组织特异性和癌症干细胞的最新成果。《Cell Stem Cell》自创刊以来就倍受关注，影响因子迅速提升，从0一冲至16.826，又达到了22.387。其中最受关注的文章包括：Engineering Stem Cell Organoids随着CRISPR技术的迅猛发展，美国约翰霍普金斯大学的研究人员开发出一种方法，利用CRI
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新的基因编辑策略纠正地贫突变
生物通报道：最近，美国耶鲁大学带领的一个研究小组，使用一种新的基因编辑策略，纠正了导致地中海贫血（一种贫血症）的突变。研究人员说，他们的基因编辑技术在小鼠中纠正了致病突变，并减轻了小鼠的疾病。这一发现可能会促使人们研究类似的基因治疗，来治疗遗传性血液病患者。相关研究结果发表在10月26日的《Nature Communications》。基因编辑技术有治疗家族遗传性血液疾病的潜力，如地中海贫血、镰状细胞性贫血，但其应用在很大程度上限于实验室内的细胞，而不是活的动物。为了能在地中海贫血小鼠中实现基因编辑，放射治疗与遗传学教授Peter M. Glazer和他的同事们开发了一种替代方法，将纳米颗粒、
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CRISPR让治愈HIV再近一步
生物通报道：最近，加州大学旧金山分校和Gladstone研究所的研究人员，使用一种新开发的基因编辑系统，发现了使人体免疫细胞抵抗HIV感染的基因突变。相关研究结果发表在10月25日的《Cell Reports》杂志。该小组建立了一个高通量的细胞编辑平台，使用一种不同的CRISPR/Cas9技术变型，可让他们检测大量不同的遗传突变是如何保护免疫细胞抵御HIV的。研究人员说，这一新系统可以让研究人员快速修改新捐赠的人类免疫细胞中的遗传密码，并有望缩短“最终治愈艾滋病病毒”的探索之路。本文共同第一作者、博士后研究员Judd F. Hultquist博士说：“这是HIV研究人员渴望已久的一种能力。我希
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北大Cell Research发表CRISPR新成果
生物通报道：线粒体是细胞内的能源工厂，负责为细胞提供必要能源。线粒体未折叠蛋白质反应（UPRmt）是一种保护性程序，可以修复线粒体的功能障碍。神经元在UPRmt的系统性调节中起到了核心作用，但人们还不清楚神经系统感知线粒体压力在远端组织诱导UPRmt的具体机制。北京大学的研究人员最近在Cell Research杂志上发表文章指出，神经肽发送信号诱导细胞非自主性线粒体未折叠蛋白质反应。文章通讯作者是北京大学分子医学研究所的刘颖（Ying Liu）研究员。研究人员通过组织特异性的CRISPR-Cas9技术，破坏了线虫神经系统的线粒体功能。研究显示，这会诱导外周细胞发生非自主性的UPRmt。CRIS
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Science杂志最受关注的文章（10月）
生物通报道：美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办，是国际上著名的自然科学综合类学术期刊，与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论，许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的，比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的关系，标志性基因组研究成果等。Science杂志近期下载量最多的文章包括：A global genetic interaction network maps a wiring diagram of cellular function加拿大多伦多大学Donnelly中心的研究人员首次创建了一个
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Cell：蛇失去四肢的遗传学秘密
生物通报道：蛇在1亿年前失去了它们的四肢，但科学家们一直未弄清相关的遗传学变化。10月20日在《Cell》发表的一项研究，对这一过程进行了阐述，描述了一段蛇四肢形成相关的DNA片段，在蛇当中是突变的。当研究人员把蛇的这段DNA插入到小鼠体内时，小鼠发育出了截短的四肢，这表明在蛇的进化过程中，一段关键的DNA片段，失去了其支持肢体生长的能力。相关阅读：Science新刊：解开蛇的长期进化谜题。本文资深作者、劳伦斯伯克利国家实验室的遗传学家Axel Visel指出：“实际上，这是人类以及所有其他有腿脊椎动物形成肢体所需的DNA指令的许多组成部分当中的一个。在蛇当中，它出了问题。它可能是发生在蛇身上
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Cell杂志最受关注十篇文章（10月）
生物通报道：Cell创刊于1974年，现已成为世界自然科学研究领域最著名的期刊之一，并陆续发行了十几种姊妹刊，在各自专业领域里均占据着举足轻重的地位。Cell以发表具有重要意义的原创性科研报告为主，许多生命科学领域最重要的发现都发表在Cell上。本月《Cell》前十名下载论文为： Hallmarks of Cancer: The Next Generation这篇综述性文章的重要性可从其长期占据榜单中窥见一斑：Weinberg教授继之前的癌症综述后，又发表了一篇升级版综述——Hallmarks of Cancer: The Next Generation，这篇同样也是与Douglas Hana
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Cell子刊：CRISPR挖出大量抗癌靶标
生物通报道：白血病是一种造血系统的恶性肿瘤，俗称“血癌”。急性髓性白血病AML是比较常见的一种白血病，现有治疗药物在临床上的效果并不理想。Wellcome Trust Sanger研究所改良了CRISPR基因编辑技术，并用该技术找到了大量治疗AML的新靶标。这项研究发表在十月十八日的Cell Reports杂志上。细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR–Cas9适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统制成
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南京大学团队：新型基因组编辑系统尚需打磨
生物通报道：基因组编辑是生命科学领域近几年最热门的话题。内切酶经过改造可以成为强大的编辑工具，比如ZFN、TALEN、风头正劲的CRISPR–Cas系统和引起争议的NgAgo技术。不过这些技术都是通过序列识别来实现靶向切割的，会受到序列偏好的限制。九月十五日Genome Biology杂志发表了南京大学的一项突破性成果。南京大学医学院附属金陵医院周国华研究员、南京大学模式动物研究所赵庆顺教授和朱敏生教授领导研究团队，将识别3’ flap结构的内切酶FEN1与Fn1剪切结构域融合起来，打造了一种结构引导的DNA编辑工具——SGN。（更多信息请参见：南京大学发布无序列限制的DNA编辑新工具）这种通
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众多学者介绍基因编辑的最新进展
CRISPR/Cas9系统以前所未有的DNA编辑能力，正在彻底改变基因组改造，这也引发了新的研究、专利之争和一些伦理问题。在近日举办的2016基因编辑、基因沉默和基因治疗方面的研究进展大会上，一些研究人员介绍了一些让人兴奋的新进展。解决导入问题据Bio-iT World报道，这次大会的一个关键议题是关于导入，如何更好地将基因编辑或基因沉默机制导入细胞。据哈佛-MIT健康科学技术分部的Daniel Anderson教授介绍，纳米颗粒为这些导入问题提供了一个独特的方案。“我们的身体有纳米颗粒的天然目的地，如脾脏、骨髓和肾脏，”Anderson说。他的研究小组将RNA封装在一个直径为50-100 n
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Science转化医学发表CRISPR重要成果
生物通报道：在基因组编辑技术的帮助下，科学家们现在向治愈镰状细胞病迈进了关键一步。他们用CRISPR-Cas9对患者造血干细胞进行基因组编辑，校正了较高比例的造血干细胞，足以在患者体内产生实质性的益处。这项研究十月十二日发表在Science Translational Medicine杂志上。加州大学和犹他大学的研究人员希望将编辑后的干细胞重新输入患者体内，以缓解镰状细胞病的症状。“我们很看好这一技术的前景，”文章的资深作者，加州大学伯克利分校的Jacob Corn说。“这种疗法用于临床之前还有许多工作要做，但我们相信这已经为镰状细胞病新疗法奠定了基础。”研究人员先从镰状细胞病患者的血液中分离
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Nature Methods：中国学者发现DNA碱基编辑新方法
10月10日，国际学术期刊《自然-方法》（Nature Methods）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic diversification in mammalian cells 的最新研究成果，报道了利用靶向性胞嘧啶脱氨酶在体内实现高效率和高通量的DNA碱基编辑的新方法。 单核苷酸的多样性是遗传多样性的主要来源，是分子进化的动力和很多疾病的直接诱因。然而由于哺乳动物基因组的高度稳定性，在哺乳动物细胞内很难高效和
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常兴团队Nature Methods发布CRISPR新工具
生物通报道：人们已经发现了大量与人类疾病有关的单核苷酸变异，其中许多是功能获得性突变，会导致蛋白质的氨基酸置换或者形成转录因子的新结合位点。然而现有筛选方法（包括CRISPR、CRISPRi和RNAi）只能破坏一个基因或者改变其表达水平，难以引入一系列功能获得性突变进行高通量筛选，亟需能有效作用于哺乳动物细胞的遗传多样化工具。中科院上海生命科学院/上海交大医学院健康科学研究所的研究团队十月十日在Nature Methods杂志上发表了一项重要研究成果。他们将活化诱导胞嘧啶核苷脱氨酶（AID）与CRISPR-dCas9融合起来，打造了有效的遗传多样化工具，以便对功能性变异进行高通量筛选。这篇文章
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