生物通技术盛宴2:蛋白样本制备产品大PK[选购宝典]

【字体: 时间:2008年01月15日 来源:生物通

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  蛋白样本的高度复杂多样,使得研究人员对蛋白样本制备产品的稳定性和可靠性要求更高----Qiagen一向“严谨稳定可靠”的卓著声誉无疑是很有利的。由于Qiagen蛋白分类抽提的试剂和前面介绍的品牌各有所长之处,生物通在这里用表格PK一下,数据说话。

 

[生物技术盛宴]蛋白技术篇之蛋白样品制备
      2007年刚过,各种年终汇总琳琅满目,生物通网站也将于未来一个多月里大摆生物技术饕餮盛宴,为读者带来前沿技术和最新信息的思维享受和满足--每日密集精选各厂家及经销商过去一年在中国大陆地区着力推广的重点产品文章或者最新上市的新产品新技术文章,将2007年当中生物通网站倍受瞩目的产品和技术一一呈递,打造精彩纷呈的生物技术产品“视觉盛宴”

 生物通技术盛宴7:蛋白样品浓缩沉淀法宝
 生物技术盛宴6:蛋白纯化层析柱
 2007技术盛宴5:蛋白样品制备中各类杂质/杂蛋白的去除
 生物通技术盛宴4:蛋白酶抑制剂的选择
 生物通技术盛宴3:磷酸化蛋白和糖基化蛋白的样本制备
 生物通技术盛宴2:蛋白样本制备产品大PK

Qiagen蛋白样品制备大PK

雄心勃勃的Qiagen显然不满足于核酸样品制备之霸主地位,在过去的一年中不断发力进军蛋白样本制备市场----蛋白样本的高度复杂多样,使得研究人员对蛋白样本制备产品的稳定性和可靠性要求更高----Qiagen一向“严谨稳定可靠”的卓著声誉无疑是很有利的。Qproteome系列蛋白分类抽提试剂种类非常全,均遵循用简单方便(无需特殊仪器)的方法有效分离目标蛋白亚群,有效降低蛋白样品的复杂性,而且结果可靠重复性好,最重要的是能得到天然构象的活性蛋白,可用于酶活分析和其它蛋白活性检测。由于Qiagen蛋白分类抽提的试剂和前面介绍的Merck旗下Novagen和Calbiochem各有所长之处,生物通在这里用表格PK一下,数据说话。

试剂盒 样本类型 结果 样本量和性价比 生物通PK点评
Qproteome Bacterial Protein Prep Kit 细菌总蛋白 可溶性细菌蛋白,可用于PAGE电泳分析 ¥2350/180ml(包含6000Units的Banzonase和180mg的Lysozyme),每1ml裂解液可处理25ml培养液。 BugBuster Master Mix(已包含Banzonase和Lysozyme)2522/100ml。每1ml裂解液可处理20-25ml培养液。 比比试剂分量,不必多说

ProteoExtract Complete Bacterial Proteome Extract Kit目标不同,是利用还原变性条件抽提细菌全蛋白(包括包含体等不溶蛋白),作为2D电泳样品制备。非同类项不做对比。ProteoExtract另外有Yeast产品,做酵母首选

Qproteome Mammalian Protein Prep Kit 哺乳动物细胞总蛋白 天然活性哺乳动物细胞总蛋白 ¥2350/100ml(包含提供2000Units的Banzonase和1200ul 100X的蛋白酶抑制剂),每1ml裂解液可处理5-10x106个细胞。 CytoBuster¥858/50ml(不含Banzonase和蛋白酶抑制剂)150ul裂解液可处理106个细胞 。考虑一下蛋白酶抑制剂成本和Banzonase成本,差不多。

ProteoExtract™ Complete Mammalian Proteome Extraction Kit目的是利用还原条件抽提动物细胞全蛋白作为2D电泳样品制备。非同类项不做对比。

Qproteome Nuclear Protein Kit 真核细胞蛋白 蛋白总量1.5-2.5mg,分成胞质蛋白、‘不溶的’核蛋白(如组蛋白)和核酸结合蛋白 ¥3690/12test,每次处理107个细胞左右,试剂还包含2000Unit Benzonase核酸酶、300ul 100X蛋白酶抑制剂。第一次细胞裂解后可分别回收胞浆蛋白和细胞核,二次裂解细胞核回收可溶的核蛋白,利用Benzonase核酸酶消化核酸二次溶解沉淀得到‘不溶的’核蛋白(如组蛋白等核酸结合蛋白) NucBuster¥2986/100tests,每次处理1-3x107个细胞,包含100ul 100X蛋白酶抑制剂。回收细胞核后一次裂解,包含蛋白酶抑制剂。虽然蛋白酶抑制剂分量仅仅够用,但对于EMSA等实验目的NucBuster使用成本优势极为明显,特别是不需要考虑胞浆蛋白和不溶性核蛋白的实验。 如果自己配个Benzonase应该更好
Qproteome Nuclear Subfractionation Kit 真核细胞蛋白 蛋白总量1.5-2.5mg,分成胞质蛋白、‘不溶的’核蛋白(如组蛋白)和核酸结合蛋白 ,核酸结合蛋白可进一步细分成三个组分(50-100ug) ¥2930/6test(试剂盒成分如上,增加3个磷酸纤维素phosphocellulose柱,可将细胞核裂解上清中的核酸结合蛋白再分段为3个组分) 充分降低蛋白质样本的复杂程度,提高低丰度蛋白在2D电泳中的分辨率。

 

核蛋白特别是核酸结合蛋白(如转录因子)的研究对于基因组调控机理和功能的研究有着非常重要的意义,这些核酸结合蛋白种类繁多(>1000), 但是丰度很低,这就需要在分析之前对他们进行进一步细分以降低样本复杂程度,提高低丰度蛋白的检出率。Q这个试剂盒可以进一步将可溶的蛋白再细分,为达到更高的要求和更高的目标,需要付出更高的代价。
Qproteome Soluble Protein Separation Kit 全部蛋白 蛋白总量0.5-4mg,按照蛋白溶解性不同,将总蛋白分成6个部分。500ul蛋白样本(蛋白总量0.5-4mg) ¥2430/10test,通过分级沉淀的方法将细胞裂解上清中的全部可溶蛋白分为6个蛋白沉淀组分,提供蛋白酶抑制剂和Benzonase核酸酶 ProteoExtract Partial Proteome Extraction Kit¥5702/20tests,这个试剂盒与Q的相反,将细胞裂解上清的可溶蛋白作为一个组分,再通过用不同试剂分步溶解细胞沉淀,使沉淀中不同溶解度的蛋白分步溶出。Q的Kit针对上清中可溶蛋白的分段。处理目标有不同,看官各取所需。除了哺乳动物细胞用途的,ProteoExtract系列还有酵母和细菌专用试剂盒的选择。
Qproteome Cell Compartment Kit 细胞器/亚细胞定位特异性蛋白 蛋白总量0.5-1mg,按照蛋白亚细胞定位的不同,分为细胞质、细胞膜、细胞核与细胞骨架蛋白4个组分。 ¥2430/10test,每次处理5x106个细胞/20mg组织。逐级溶解的方式分步将裂解细胞中的胞浆、细胞膜、核蛋白和细胞骨架蛋白溶解出来。提供蛋白酶抑制剂和Benzonase核酸酶和组织研磨后过滤的柱子 ProteoExtract Subcellular和这个设计比较相似,¥5702/20tests,每次处理1-2x108个细胞/500mg组织。由于每次可处理的样本量大至少1个数量级以上,因而提供试剂的量也比较大。没有过滤柱子但有提供洗细胞缓冲液和帮助研磨的玻璃珠。可根据个人每次处理样本量的大小来选择。
Qproteome FFPE Tissue Kit 福尔马林固定石蜡包埋样本 全蛋白 ¥3470/20tests,利用试剂解开福尔马林固定过程中产生的化学交联,得到和冰冻组织一样的全长蛋白。 珍贵的临床样本特别是肿瘤切片多经过福尔马林固定石蜡包埋,这种样本蛋白抽提往往非常困难。这个试剂盒相当方便,FFPE样本的必然之选。
Qproteome Plasma Membrane Protein Kit 细胞天然膜蛋白 细胞内各类膜蛋白 ¥3,690/6tests,每次可处理5x10的6次方个细胞。彻底裂解细胞后,在可溶的上清中,利用特定膜蛋白结合配体磁珠特异吸附细胞内各类膜蛋白 ProteoExtract Native Membrane Protein Extraction Kit¥5300/20tests,这个原理是破碎细胞去除可溶的胞浆蛋白后,再利用溶剂将沉淀中的膜蛋白溶解出来。2个原理是不同的。Q的亲和纯化专一性高,价格也贵好几倍。
Qproteome Mitochondria Isolation Kit   线粒体蛋白 ¥2930/12tests,每次可处理10的7次方个细胞。破碎细胞后通过离心沉淀和特定试剂悬浮,分离出纯的线粒体,并进一步纯化。 线粒体蛋白研究的难题之一是如何和胞浆蛋白区分。通过先富集线粒体并除掉胞浆蛋白,就很容易做到

 

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