胶回收方法全攻略(2)[选购宝典]

【字体: 时间:2006年07月17日 来源:生物通

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续前 胶回收方法之选全攻略

二:胶回收方法和分类

    20世纪70年代是一个奠定现代分子生物学的时代,1973年冷泉港实验室的Joseph Sambrook和Phillip Sharp发明了利用琼脂糖凝胶分离DNA和EB染料观测DNA相结合的技术。现在,琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳是分离、鉴定和纯化核酸和蛋白质片断的标准方法。生物通将在后面另文讨论聚丙烯酰胺凝胶电泳片断回收的方法,这里首先介绍的是琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法:

1.柱回收试剂盒:可谓目前最简单快速的回收方法,只需要将电泳凝胶中的产物条带切下,用溶解Buffer彻底溶解,上包埋有纯化填料的纯化柱,离心,再洗涤一次,离心后用洗脱缓冲液洗脱。全程不过10多分钟,得到的产物溶液可以直接用于后继实验。这个方法几乎不需要什么技巧就能得到稳定的结果,也是目前最多商品化试剂盒选择的方法。但是这个方法不适合用于大片断的回收。

2.玻璃奶/纯化填料胶回收试剂盒:这个方法比前面的方法更为灵活,可以根据每次回收实验时预期回收量来调整纯化填料的量,使得实验不受限于柱子的载量,也不会造成浪费。前面的操作步骤和上者一样,将电泳凝胶的条带切下,Buffer溶解,(区别在于这里)加入纯化填料填料吸附混合,快速离心沉淀去上清,洗涤沉淀后,干燥沉淀,最后用洗脱液纯化介质中吸附的片断释放出来,离心,取上清,就是回收的产物。这个方法适合各种不同大小的片断,特别是大片断的回收,但是操作就较前者复杂一些,涉及到多次离心沉淀和取上清,有可能会误吸了微量的沉淀;另外干燥的程度也有点技巧,干过了不好洗脱,没干透又影响结果。后来的改进版本有将混合了纯化介质后的凝胶溶解液加入到一种离心过滤柱上,这种柱子不带纯化填料,只有一层过滤膜,离心过滤后,填料在柱子里,溶液被甩掉,这样就避免了上述的问题。

3.低熔点琼脂糖:传统手工操作方法之一,低熔点琼脂糖制备凝胶,电泳后切割目的条带,在TE溶液中65度保温融化,用传统的酚氯仿抽提,乙醇沉淀。这个方法需要用到酚氯仿等有机试剂,由于乙醇沉淀需时较长,现在用的人已经不多了。想当年经费紧张的时候,低熔点琼脂糖贵,不舍得这么浪费的,比较取巧省钱的法子就是常规琼脂糖电泳后,在目的条带前方挖槽,灌入低熔点琼脂糖,凝胶后再电泳一小会儿,等条带进入低熔点琼脂糖区域再将那块家伙切出来,就可以非常非常节约了。除了直接酚抽低熔点琼脂糖凝胶,还有人用琼脂糖酶来消化琼脂糖凝胶,条件也相当温和,只是那酶价格并不便宜(光那酶的成本就至少5-6块,还不算其他的麻烦事),多数的酶只适合用低熔点琼脂糖,问题是我不用酶也可以直接酚抽,费时间还特长,所以,并不觉得特别好用。后来据说T家的琼脂糖酶可以用于常规琼脂糖,前提是你有办法在65度把那胶化了。但那需要极好的耐心。我们后面会有介绍。

    后来有老师从美国回来了,才有机会尝试更好的低熔点琼脂糖——FMC(现在叫做Cambrex了)的GTG级别低熔点琼脂糖!那才是最简单的方法呀!洗的超级干净的电泳槽灌胶,电泳后,直接将条带切下65度保温融化,就可以直接在融化的琼脂糖—DNA混合物中加酶进行后继实验——所谓的GTG就是遗传技术级,可以在凝胶中进行各种酶反应的哦!实验条件非常温和,非常适合大片断的回收。

4.透析带电洗脱法。烦,简直不堪回首。切下的条带放在充满TAE的透析带中再电泳一段时间,让DNA走出凝胶,走向溶液中,再反向电泳一会儿,将附在透析带上的DNA赶回溶液中,取溶液部分,再用TAE洗洗袋子,合并溶液后传统方法酚抽沉淀,那块胶通常还要再染色看看残留。由于绑透析带非常难搞,只有在万不得已的非常大的片断时才会考虑的。也是丙烯酰胺电泳凝胶产物回收的方法之一。

    后来看到以色列的一个小公司GeBA有出简易透析管(生物通早在02年就有新技术专栏文章介绍的),就是将小指管两边各开一小窗,贴上透析膜,把胶块放在管中再电泳。由于不需要绑透析带,使用方便;而且管中溶液体积小,容易处理;膜的面积也小吸附也少;顿时觉得是救星。后来貌似Pierce也推出了类似的东西,买起来更方便一点。

5.DEAE纤维素膜纸片法和其他改良法。早期实验室最常用方法之一。将DEAE纤维素膜裁成小条活化处理。电泳后在目的条带前切一刀,将比条带略宽的DEAE纤维素膜插入切口,不留气泡,继续电泳一会儿,条带上的DNA被膜片截留,取出膜片冲洗后转移到离心管中加缓冲液65度保温洗脱,直到膜上没有DNA了,将溶液用酚氯仿抽提沉淀。这个方法不适合做较大的DNA,因为洗脱比较困难。

    曾经常用的另一方法是在电泳胶前挖小槽,加入缓冲液,电泳一小会儿,手提紫外监视,等条带进入槽中,还没在另一头上岸时停止电泳,吸出溶液酚氯仿抽提(加点甘油可降低DNA在溶液中的移动速度,防止那边还没全部下水,这边就已经上岸了的情况。当然也可以挖大点的孔或者多吸几次,反正是要沉淀的,体积大些不要紧)。不过这些方法在柱回收试剂盒推出后都渐渐要淘汰了。毕竟比较麻烦费时间,而且回收的产物纯度也不比试剂盒——前者是纯化介质吸附DNA后彻底除去溶液,经过洗涤残留在纯化介质上的杂质,最后洗脱;手工的方法多是用酚氯仿抽提溶液后乙醇沉淀,由于有些多糖沉淀属性和DNA相似时就容易共沉淀下来。鉴于竞争的日趋激烈,纯化试剂价格逐渐向下,连核酸纯化领域的顶级名牌Qiagen也开始大幅度的折扣优惠,所以,有条件还是选择试剂盒,比自己慢慢摸索要更能节约宝贵的青春。

    所以,生物通在这里准备将回收片断按照大小不同来分别介绍不同用途的产品:
常规片断级(DNA片段为100bp-10kb):主流方法是柱回收试剂盒
大片段级(DNA片段>7kb):可选方法是玻璃奶/纯化填料胶回收试剂盒,电洗脱
小片段级(DNA片段<100bp):柱回收试剂盒(转下页)
  ·胶回收方法全攻略(3)
  ·胶回收之选全攻略(4)
  ·胶回收之选全攻略(5) 
  ·胶回收之选全攻略(6:大片断的难题)
  ·胶回收之选全攻略(7)

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