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生物通首页 > 今日动态 > 专题总汇 > 新一代测序2015:鲜肉 vs. 大叔


        不是我不明白,这世界变化快,在新一代测序领域更是如此。从2005年454公司首推新一代测序仪以来,转眼已是十年光阴。在这十年间,许多新平台问世,有的昙花一现,有的则从小鲜肉变成了帅大叔。如今,以Oxford Nanopore为代表的鲜肉和以Illumina为代表的大叔正吸引着人们的眼球。鲜肉 vs. 大叔,你更爱哪个?



      鲜肉辈出



Oxford Nanopore

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Oxford Nanopore这次终于不再低调。在推出MinION的早期试用计划后,它又发布了新产品PromethION,并计划将样品制备的时间缩短到10分钟。在第一批幸运的用户当中,不少也对MinION颇为满意。

Nature:掌上测序仪表现令人惊艳
Nature Methods:纳米孔测序仪潜力无限
Oxford Nanopore这次又发布了什么?




10X Genomics

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在2月份举行的AGBT大会上,10X Genomics公司推出了GemCode™ 测序平台。这个平台能够与Illumina测序仪整合,获得长片段的信息,而不需要去购买一台全新的测序仪。据介绍,GemCode平台的售价约为75,000美元,而耗材成本大约是每个样品500美元。
 


      大叔当道



Pacific Biosciences

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2014年,PacBio的SMRT技术发表在多个重要期刊上,而仪器销量也节节攀升,代表了它的价值为更多人所认可。Bio-IT World曾如此评价PacBio:2014年可以看作PacBio年,这家公司证明了高价仪器在市场上仍有空间。

如何理解PacBio的准确度?
2014创新产品:PacBio测序仪,岂止于长
华大基因购入首台单分子测序仪PacBio RS II




Illumina

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在1月份的摩根大通保健大会上,Illumina照例揭开了新产品的面纱。这一次,它带来了四款新的测序系统。2月份,在AGBT大会前夕,它又宣布了自动化文库制备平台 – NeoPrep系统的上市。

Genome Research:新技术解决测序难题
Illumina推出四款新的测序系统
让NGS的文库制备一步到位

 


      数据分析


三篇文章介绍RNA-Seq数据分析的新工具
新年伊始,RNA-Seq的数据分析方法就如雨后春笋般涌现。在最近的一个月内,三篇介绍RNA-Seq数据分析新方法的文章发表在Nature集团旗下的刊物上,其中一篇发表在《Nature Methods》上,另外两篇都发表在《Nature Biotechnology》上。

癌症研究中的数据挖掘工具
对于癌症研究人员而言,采集数据仅仅是个开始;找到引起或促进疾病的基因才是“压力山大”。关键的挑战在于找出特定的突变,它们引发正常细胞癌变。此时此刻,大多数的癌症驱动突变都隐藏在遗传信息的海洋之中。如何大海捞针?这些新的计算和生物信息学工具也许能帮助你。

沉迷大数据,NGS挑战重重
在这个时代,各行各业都对大数据痴迷,基因组学也不例外。也许,这源于一种与生俱来的需求,我们渴望了解遗传组成如何控制人类生活的方方面面。近日,Jeffrey S. Buguliskis博士在GEN网站上讨论了大数据带来的挑战。



      临床应用


JAMA:罕见病诊断的新思路
罕见病的诊断和治疗一直都是难题,而测序技术的出现则带来了一丝曙光。一般来说,患者出现一些症状后,通常先看医生,然后开展外显子组测序,并借助研究人员,找到分子机制。然而,根据《美国医学会杂志》(JAMA)上的一篇文章,这个顺序现在反过来了。

三篇NEJM文章聚焦无创产前检测,假阳性值得注意
近年来,利用无创产前检测(NIPT)来筛查胎儿的染色体非整倍体已广泛应用,并有望从高危孕妇扩展到一般风险的孕妇。4月1日在线发表于《新英格兰医学杂志》上的三项新的研究,阐明了NIPT筛查的表现和风险。

外显子组测序并不一定带来正确的诊断
美国医学遗传学学会(ACMG)的临床遗传学年会于3月24-28日在美国盐湖城举行。埃默里遗传学实验室的研究人员在会议上表示,外显子组测序数据的初步分析并不一定能带来正确的诊断,需要再次检查。





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