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SWI/SNF相关转录前起始复合物的结构基础
交配型转换/蔗糖不发酵(SWI/SNF)染色质重塑复合物在启动子处移除和重新定位核小体以启动转录。尽管长期以来被认为独立发挥功能,研究人员发现SWI/SNF是转录机器的整合组分。SWI/SNF与RNA聚合酶II前起始复合物(PIC)、中介体(Mediator)及一个核小体结合,整个组装体二聚化形成一个巨大的7兆道尔顿(MDa)复合物。研究人员展示了PIC-中介体-SWI/SNF和PIC-中介体-SWI/SNF-核小体复合物的高分辨率冷冻电镜(cryo-EM)结构,以及交联和质谱分析结果。这些结构揭示了SWI/SNF如何通过稳定PIC组织和对所谓的+1核小体的协同重塑来增强转录起始。该结构模型提
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癌症相关同义突变靶向mRNA结构和蛋白质活性
适应性mRNA结构在哺乳动物细胞中调控基因表达的作用仍知之甚少。同义突变与包括癌症在内的多种疾病相关,但它们在细胞生物学中的影响在很大程度上仍未得到探索。本文聚焦于TP53 mRNA中的癌症相关同义突变(cancer-associated synonymous mutations, CASMs)如何破坏信号诱导的mRNA结构并改变编码蛋白的活性。CASM203诱导的构象变化重现了未折叠蛋白反应中PERK驱动的构象变化,促进p53/p47异构体的表达。相比之下,CASM22和CASM34干扰DNA损伤诱导的RNA结构,并影响全长p53活性。这些例子共同揭示了一个未被充分认识的调控轴,其中动态mR
来源:TRENDS IN Cancer
时间:2026-09-09
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综述:肿瘤中髓系来源抑制细胞的生物学、调控网络与诊疗一体化前景
尽管癌症治疗取得了显著进展,但耐药性和免疫逃逸仍严重限制临床疗效,这很大程度上归因于肿瘤诱导的免疫抑制。这种抑制性环境的主要驱动因素是髓系来源抑制细胞(myeloid-derived suppressor cells, MDSCs)。肿瘤来源的细胞因子和趋化因子可诱导MDSCs的扩增、活化和募集,使其能够通过在外周淋巴器官和肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中建立免疫抑制屏障,有效保护肿瘤细胞免受免疫细胞的识别和清除。到达TME后,MDSCs可能通过代谢重编程改变其基因表达模式,向肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated macrophages, T
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-09
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MemBrain v2:冷冻电子断层扫描中膜分析的端到端工具
冷冻电子断层扫描(cryo-electron tomography, cryo-ET)能够在天然环境中为生物大分子复合物提供独特的结构认知,然而由于低信噪比、缺失楔伪影(missing wedge artifact)以及膜相关颗粒的复杂性,膜分析仍然是主要瓶颈。现有工具往往需要大量人工标注,难以在数据集间泛化,且缺乏集分割、颗粒定位与定量分析于一体的集成解决方案。研究人员推出了MemBrain v2,这是一个深度学习驱动的框架,将这些任务统一为一条精简的分析流程。MemBrain-seg利用多样化、协作生成的训练数据集和专门的模型训练策略,在不同断层扫描条件下实现可泛化的膜分割。MemBrai
来源:Nature Methods
时间:2026-09-09
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人类和小鼠肾上腺以物种特异性的类固醇生成状态和组织更新为特征
成年肾上腺皮质经历持续更新,但其背后的人类特异性机制仍知之甚少。研究人员构建了成年人类和小鼠肾上腺的单细胞及空间转录组图谱,利用单细胞分辨率空间数据和罕见克隆嵌合病例进行谱系推断。在人类中,研究人员鉴定出与年龄相关的球状带(zona glomerulosa,ZG)细胞状态,其具有直接皮质醇合成能力,并在推断的胆固醇平衡中表现出性别特异性差异。跨物种比较揭示了保守的醛固酮生成ZG、束状带(zona fasciculata,ZF)标志物的显著分歧、小鼠缺乏网状带(zona reticularis,ZR)同源物,以及增殖细胞中差异性的SHH–WNT4信号。研究人员发现了由嵌合谱系证据支持的人类WT1
来源:Nature Genetics
时间:2026-09-09
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综述:环状RNA作为RNA稳定性中枢调节因子
环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类通过前体mRNA(pre-mRNA)反向剪接(back-splicing)为主要方式产生的共价闭合单链RNA分子。与线性RNA不同,circRNAs缺乏游离的5′端和3′端,因此天然抵抗外切核糖核酸酶(exoribonuclease)介导的降解,具有极高的内在稳定性。此外,越来越多的证据表明,circRNAs积极参与调控其他RNA种类的稳定性。本综述探讨了决定circRNA稳定性的内在分子特征,并重点阐述了circRNAs通过多种机制与其他RNA种类(包括mRNA和microRNA)交叉调控并影响其稳定性的最新研究进展。最终,我们
来源:TRENDS IN Genetics
时间:2026-09-09
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综述:癌症中的B细胞:功能、机制与治疗进展
在不同的癌症类型中,可以鉴定出多种浸润肿瘤的B细胞亚型。这些亚型赋予这些细胞高度的功能适应性,并使其显著参与肿瘤进展。肿瘤浸润B细胞(TIBs)作为独特的微环境介质,构建三级淋巴结构(TLS),分泌多种因子,并产生广泛的抗体库(antibody repertoire),从而为免疫治疗反应提供有价值的指标。近期临床试验表明,干预肿瘤浸润B细胞可成为肿瘤的有效治疗策略,涵盖乳腺癌、结直肠癌和非小细胞肺癌等常见类型。这些发现提示,肿瘤浸润B细胞作为治疗靶点不应被忽视,因为它们具有显著潜力降低当前治疗技术中常见的无应答、耐药和免疫相关不良事件的发生率。在本综述中,研究人员探讨了B细胞在肿瘤背景下的历史
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-09
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肠道感染在大脑和脑膜中建立抗原特异性的长寿命记忆CD4+ T细胞
脑膜构成大脑与外周之间的边界,并富含丰富的免疫细胞网络。研究人员发现,胃肠道刺激(胞内或胞外细菌及寄生虫)会重塑硬脑膜(最外层脑膜)中CD4+ T细胞的性质,将其主导极化状态分别转变为T辅助(T helper, TH)1、TH17和TH2细胞,并伴随不同的细胞因子谱。这一过程通过依赖CXCR6–CXCL16的肠道活化CD4+ T细胞向中枢神经系统的迁移实现,这些细胞在硬脑膜静脉窦周围、硬脑膜淋巴聚集体内以及大脑中建立长寿命的记忆群体。功能上,这些经口驯化的硬脑膜CD4+ T细胞能够在静脉再激发时迅速产生抗原特异性回忆反应,增殖并产生细胞因子。研究结果揭示了肠道与硬脑膜免疫之间的直接联系,使中枢
来源:Nature Neuroscience
时间:2026-09-09
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探索大鼠黑质或纹状体双侧6-羟基多巴胺损伤后的认知与情感结局
摘要翻译:帕金森病(PD)的大多数动物模型主要关注由神经毒素如6-羟基多巴胺(6-OHDA)单侧注射至黑质纹状体多巴胺能通路所诱发的运动症状。然而,单侧6-OHDA注射所诱发的运动改变可能干扰对多巴胺能神经变性所致认知和情感功能障碍的识别。为选择适合研究PD非运动症状及潜在神经保护治疗的方法,本研究比较了双侧6-OHDA直接注入大鼠黑质致密部(SNpc)或纹状体后的行为学效应。在6-OHDA黑质纹状体损伤后22天内,研究人员实施了一系列行为学测试,包括情感和认知任务。6-OHDA注入SNpc或纹状体均可观察到酪氨酸羟化酶免疫反应神经元在黑质致密部、纹状体及腹侧被盖区的严重变性。在功能结局方面,
来源:Journal of Neuroscience Research
时间:2026-09-09
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配备ICOS的T细胞受体能够使T细胞产生持久的抗肿瘤反应
摘要 采用过继转移的T细胞进行治疗时,面临的一个挑战是这些治疗性细胞在肿瘤内的存活时间有限。为了增强抗肿瘤T细胞的持久性,我们设计了内置共刺激分子的T细胞受体(TCR)。我们观察到,与ICOS结合的TCR能够引发异常长期的免疫反应,包括延缓肿瘤复发并在小鼠黑色素瘤模型中实现治愈。TCR:ICOS T细胞表现出更强的抗原特异性炎症因子产生能力,更倾向于处于干细胞样状态,并且具有抗疲劳的特性。TCR:ICOS能够激活PI3K和NFκB,但能抑制AKT的激活。通过基因手段消除ICOS-PI3K通路会消除这些长期的抗肿瘤效应。为了将TCR:ICOS技术应用于人类T细胞,我
来源:Molecular Cancer
时间:2026-09-09
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综述:RNA失调作为衰老和神经退行性易感性的决定因素
在神经系统中,衰老导致细胞和分子过程退化,这些过程与认知、感觉知觉和运动协调的衰退相关。衰老也是神经退行性疾病最强的风险因素,但衰老使神经元易感功能障碍的机制仍未完全阐明。尽管基因组不稳定、蛋白质稳态下降、线粒体功能障碍和慢性炎症主导了现有模型,近期证据强调RNA失调是年龄相关衰退的核心组成部分。本综述总结了近期研究发现,表明衰老通过改变RNA结合蛋白(RBP)的丰度、定位、生物物理行为及RNA相互作用,逐步侵蚀RNA调控保真度。研究人员认为,年龄依赖性RNA失调是一种重要机制,其与遗传风险汇聚,驱动神经元易感性和神经退行性变。Neuronal reliance on RNA regulati
来源:TRENDS IN Cell Biology
时间:2026-09-09
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综述:二硫化物死亡:分子机制与治疗靶点
细胞死亡对于维持人体内部稳定性与代谢平衡至关重要,并在调节生理和病理过程中发挥关键作用。对病理机制与细胞死亡之间联系的理解进展为诊断和治疗提供了新的见解。近期发现了一种新型且关键的调节性细胞死亡(regulated cell death)形式,命名为二硫化物死亡(disulfidptosis)。其特征包括葡萄糖剥夺、溶质载体家族7成员11(solute carrier family 7 member 11, SLC7A11)高表达、胱氨酸(cystine)等二硫化物的积累、二硫化物应激(disulfide stress)及细胞死亡。这些独特特征表明,二硫化物死亡在机制上区别于其他已知的细胞死亡
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-09
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单细胞信号历史重构通过扰动筛选与迁移学习
操纵信号环境是改变细胞状态以服务广泛应用的有效方式。这类操纵需要知道细胞在体内经历过的信号状态与信号历史,而目前缺乏高通量发现方法。研究人员提出一个实验—计算整合框架,从高通量体外扰动图谱中学习可迁移的信号响应特征,并以高分辨率和时间精度推断体内细胞类型的信号活动与历史。研究人员在人多能干细胞上生成信号扰动图谱,并用以训练名为IRIS(Intracellular Response to Infer Signaling State)的神经网络模型。将IRIS应用于小鼠胚胎单细胞图谱后,研究人员揭示了组合信号编码使用的全局特征,识别出具有生物学意义的异质性,并重构了多条发育谱系上的信号历史。该框架
来源:Nature Methods
时间:2026-09-09
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黏连蛋白阻止活体人类细胞中凝缩常染色质结构域的局部混合
人类基因组由黏连蛋白复合体(cohesin)折叠成染色质环,形成功能性染色质结构域,这些结构域是转录和DNA复制/修复的基础。然而,黏连蛋白如何在活细胞中组织这些结构域,尤其是在活跃的常染色质中,仍然难以捉摸。在此,为解决这一问题,研究人员将单核小体成像/追踪和超分辨三维结构照明显微镜(3D-SIM)与组蛋白变体H3.3的常染色质特异性标记相结合。利用这种纳米级方法,研究人员揭示了常染色质形成由黏连蛋白介导的环所约束的凝缩结构域。这种组织方式修正了将常染色质视为基本开放的经典观点,与新兴证据一致。转录机制似乎定位于凝缩结构域表面/边界附近。黏连蛋白缺失增加了这些结构域内的核小体水平流动性,而不
来源:Nature Genetics
时间:2026-09-09
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综述:癌症mRNA疗法:从分子设计到临床转化
摘要信使RNA(mRNA)疗法已从一种技术受限的模态发展为经临床验证的疫苗接种平台,并越来越多地在肿瘤学领域得到探索。该领域的核心问题不再仅仅是mRNA能否编码治疗性蛋白质,而是如何跨空间、剂量、持续时间及免疫环境控制RNA表达以实现治疗效果。本综述将mRNA癌症疗法视为整合的可编程系统,涵盖RNA结构设计、递送技术、载荷药理学、免疫相互作用、制造及临床转化等要素。我们讨论了主要的mRNA治疗模态,并考察了脂质纳米颗粒及新兴递送平台,特别关注肝外靶向、内体逃逸、重复给药和细胞类型特异性等问题。随后,我们总结了基于mRNA的癌症疗法的临床格局,包括通用和个性化疫苗、编码抗体和双特异性抗体、细胞因
来源:Molecular Cancer
时间:2026-09-09
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理解免疫介导的炎性疾病中的HLA风险需要抗原发现
某些人类白细胞抗原(HLA)等位基因在免疫介导的炎性疾病(IMIDs)患者中的出现频率高于未患病个体,使HLA成为IMID风险中最强的遗传贡献因素之一。然而,这些等位基因如何促进疾病仍不清楚。研究人员认为,HLA风险通常是通过等位基因水平特性或免疫肽组学谱进行研究,而并未知晓哪些抗原暴露是重要的。这些方法能够描述肽段结合与呈递,但很少能识别与疾病相关的暴露。研究人员提出,大规模T细胞受体(TCR)库分析提供了一条互补途径,通过识别疾病相关克隆型作为抗原足迹。在HLA背景下解读时,这些抗原足迹可将免疫肽组学和功能研究聚焦于候选抗原,从而将HLA关联从统计学信号转化为可检验的疾病机制。该观点文章发
来源:TRENDS IN Immunology
时间:2026-09-09
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HP1α结合形成抵御转录激活的局部屏障并在染色质去浓缩过程中持续存在
小鼠着丝粒周围异染色质形成压缩且转录沉默的结构域,称为染色中心(chromocenters),其中富集异染色质蛋白1(heterochromatin protein 1, HP1)。HP1α是否通过局部结合或维持相分离区室来抑制染色中心,这一问题尚未解决。研究人员通过将转录激活因子招募至小鼠成纤维细胞染色中心,并在转录报告基因上定量抑制效果来研究该问题。HP1α建立了一个启动子近端屏障,能够抑制较弱的激活因子(VP16),但可被较强的激活因子(VP64-p65-Rta [VPR] 和 p65)克服。激活因子诱导的去浓缩和转录发生时不伴随HP1α或H3K9三甲基化(H3K9me3)的置换,且HP
来源:Molecular Cell
时间:2026-09-09
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基于受体定义的基因组独特黑色素瘤富集非经典抗原靶向策略
摘要翻译:有效的基于T细胞的免疫疗法需要功能性受体,这些受体可以被工程化并重新部署以识别肿瘤限制性抗原。由注释蛋白编码区之外转录产生的非经典肽拓展了癌症的抗原景观;然而,系统性地对这类靶标进行生物学优先排序和功能验证的策略仍不成熟。本研究整合了de novo转录本分析、外显子分辨率定量、RNA原位杂交和免疫肽组学,以鉴定黑色素瘤相关非经典转录本,并通过受体水平验证推进候选靶标。在三个复发性黑色素瘤相关转录本中,EVA003因其独特的重复序列富集基因组结构、独立数据集中一致的肿瘤富集外显子水平表达以及基因组独特的免疫原性核心序列而成为主要候选靶标。研究人员证明了EVA003衍生肽段在HLA-A*
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-09
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子宫单核细胞在健康与疾病中贯穿生殖周期调控组织稳态的双重作用
在子宫内膜反复发生的组织降解、修复与重塑周期中会出现炎症,但免疫系统贡献于子宫组织完整性的机制尚不清楚。研究人员发现,子宫单核细胞依据生殖周期阶段的不同,在组织重塑与炎症中发挥双重作用。循环炎性单核细胞在植入窗前侵入子宫,并分别依赖干扰素(interferon, IFN)-γ 和转化生长因子(transforming growth factor, TGF)-β 分化为促炎或促修复巨噬细胞。人单核细胞数量在植入窗前达到峰值,此时正需要炎症环境以支持胚胎植入。子宫单核细胞具有细胞毒特性,可调控上皮细胞凋亡。对受体-配体互作的生物信息学分析表明,单核细胞在髓样细胞与成纤维细胞互作中占主导。这些通路在
来源:Nature Immunology
时间:2026-09-09
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N末端血小板反应蛋白-1增强运动与冷暴露后的肌肉功能和组织特异性代谢适应
运动和冷暴露通过不同机制诱导部分重叠的代谢适应。研究人员试图鉴定这些刺激所共享的循环因子。研究人员发现,运动和冷暴露上调骨骼肌和棕色脂肪组织(BAT)中血小板反应蛋白-1(TSP1)表达,并诱导其N末端片段(N-TSP1)释放。在高脂饮食诱导的肥胖小鼠中,N-TSP1给药增强肌力、增加能量消耗,并减轻胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性。N-TSP1还提高骨骼肌线粒体呼吸和氧化代谢,并刺激棕色脂肪细胞产热标志基因表达。在老年小鼠中,N-TSP1给药显著改善体能表现,并伴随组织特异性代谢重塑。在人类中,血浆N-TSP1水平与肌肉量和体能表现呈正相关。综上,这些发现支持N-TSP1作为一种运动和冷响应循环因子
来源:Experimental & Molecular Medicine
时间:2026-09-09
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