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抗菌肽FK18的设计与评估:一种治疗奶牛乳腺炎的方法
摘要微生物中抗菌素耐药性(AMR)的日益普遍是一个全球性的健康和经济问题,对畜牧业产生了重大影响,因为传统抗生素的效果正在减弱,需要具有不同作用机制的新药物。乳腺炎是一种主要由细菌感染引起的乳腺炎症,会影响奶牛和绵羊,降低牛奶质量、减少产量并造成经济损失。本研究介绍了一种名为FK18的合成抗菌肽(AMP),该肽是通过生物信息学工具设计的,显示出对乳腺炎相关病原体的强抗菌活性。其对金黄色葡萄球菌(来自牛乳的分离株)的最小抑制浓度(MIC)为5 µM,对大肠杆菌(来自羊乳的分离株)的最小抑制浓度为10 µM。FK18的抗菌活性通过多种实验得到了验证。时间杀菌实验和膜通透性研究表明其具有快速杀菌作用
来源:Probiotics and Antimicrobial Proteins
时间:2025-10-25
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PHLOWER:基于单细胞多模态数据推断复杂多分支细胞分化轨迹的Hodge拉普拉斯分解新方法
在生命科学研究中,理解细胞如何从原始状态分化为特定功能细胞类型是一个核心问题。随着单细胞测序技术的突破,科学家现在能够以前所未有的分辨率观察细胞分化过程。然而,一个长期存在的挑战是如何从单细胞数据中准确重建复杂的分化轨迹——特别是当细胞经历多个分支点时,传统的计算方法往往难以捕捉这种复杂的分支模式。更复杂的是,现代单细胞多模态测序技术可以同时测量细胞的转录组和开放染色质信息,这为研究基因调控提供了宝贵机会。但现有的轨迹推断方法大多只能处理简单的分支结构(通常3-9个分支),缺乏对更复杂分化模式的解析能力。这一局限性严重制约了我们在器官发育、疾病进展等复杂生物过程中对细胞命运决定机制的深入理解。
来源:Nature Methods
时间:2025-10-24
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逆转录子(Retron)介导的精准基因组编辑技术开发与应用
逆转录子(Retron)能够在细胞内通过自我引导的逆转录过程产生多拷贝单链DNA,但其在真核生物中插入遗传元件的潜力尚未被充分探索。本研究报道了针对哺乳动物细胞和脊椎动物开发的高效逆转录子基因编辑器的发现与工程化改造过程。通过生物信息学分析宏基因组数据并进行功能性筛选,研究人员成功鉴定出在哺乳动物细胞中具有高活性的逆转录子逆转录酶。通过理性设计进一步将编辑效率提升至与传统单链寡核苷酸(ssODN)供体相当的水平,且这些编辑器源自可基因编码的盒式结构。逆转录子编辑器与Cas12a核酸酶及Cas9切口酶(Cas9 nickase)均展现出强劲的协同活性,不仅扩展了基因组靶向范围,还规避了DNA双链
来源:Nature Biotechnology
时间:2025-10-24
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基于生物物理技术解析脂质纳米粒结构与功能特性的研究
通过生物物理分析阐明脂质纳米粒的特性与结构。为优化脂质纳米粒(LNP)制剂方案,研究人员采用尖端生物物理技术进行指导。摘要部分指出:设计具有特异性靶向、高效力且副作用最小的LNP递送系统对其临床应用至关重要。然而动态光散射等传统表征方法难以准确量化LNP的理化性质,以及这些性质如何受脂质组成和混合方法影响。本研究运用具有更高分辨率的溶液态生物物理方法(包括沉降速度分析超速离心(SV-AUC)、场流分离-多角度光散射(FFF-MALS)以及联用同步辐射小角X射线散射(SAXS)的尺寸排阻色谱技术),对多分散LNP制剂进行了结构表征。结果表明LNP在尺寸、RNA载量和形状方面存在固有多分散性,这些
来源:Nature Biotechnology
时间:2025-10-24
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利用SpyCatcher–SpyTag技术及纤维素支架提升导电生物塑料的应用性能
生物塑料为传统塑料提供了环保的替代品。本研究旨在通过开发一种具有增强导电性的功能性材料来扩大生物塑料的应用范围。我们将来自化脓性链球菌的SpyCatcher–SpyTag系统与来自甘蓝的豆血红蛋白结合,生成了SpyCatcher-GmLegC2-SpyTag、SpyCatcher-GmLegC2-SpyCatcher和SpyTag-GmLegC2-SpyTag蛋白,这些蛋白组装成了导电聚合物。当这种聚合物与血红蛋白混合时,在水溶液中的导电性是游离血红蛋白的2.5倍。为了提高稳定性,SpyCatcher-GmLegC2与来自纤维素分解梭菌的碳水化合物结合模块融合,并整合到了细菌纤维素支架中。所得
来源:Biomacromolecules
时间:2025-10-24
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面向不完整成像序列与标注的胶质瘤集成诊断框架:自监督学习与缺失标签协同优化新方法
胶质瘤作为中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,其诊断标准已进入分子时代。2021年世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类强调,需要结合IDH突变状态、1p/19q联合缺失等分子特征与组织病理学进行集成诊断。然而现实临床中,不同医疗机构的成像协议差异和分子检测标准不一,导致多中心研究面临严重的数据异质性——成像序列不完整、分子标注缺失成为常态,这极大限制了人工智能诊断模型的开发与应用。传统AI方法通常依赖于完整的数据输入,但临床实践中常因各种原因缺失关键信息。例如,部分医院可能仅进行T1加权增强扫描而未完成FLAIR序列,或某些分子标志物检测因成本和技术限制未能全面开展。这种"不完美"的数据现状使得大量有价
来源:npj Precision Oncology
时间:2025-10-24
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百纳米级可拉伸液态金属薄膜:超贴合生物电极的技术突破
引言生理电信号,如心电图(ECG)、脑电图(EEG)和肌电图(EMG),是人体神经肌肉活动的基本电生理表现。精确稳定地采集这些信号对于临床诊断、个性化健康监测、人机交互(HMI)和脑机接口(BMI)至关重要。实现高信噪比(SNR)、抑制运动伪影以及在动态条件下保持可靠信号捕获是当前面临的主要挑战。表皮生物电极是克服这些挑战的关键。根据界面接触能量公式Uconformal = Ubending + Uskin + Uadhesion,其中弯曲能Ubending106 S m−1)、超薄结构(厚度60%)。近年来,表皮电极通过集成先进功能材料(如导电聚合物、碳基材料、金属)和创新的结构设计取得了显
来源:Advanced Science
时间:2025-10-24
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达鲁鲁他胺的战略性纳米悬浮技术:提升溶解度、生物利用度并增强前列腺癌治疗效果——多尺度计算建模的见解
达鲁他胺(Darolutamide,简称DA)是一种非甾体抗雄激素药物,作为前列腺癌的靶向治疗剂具有显著潜力;然而,由于其水溶性差和口服生物利用度低,其临床应用受到限制。为了解决这些问题,我们开发了一种基于纳米悬浮液的制剂(DA-NS),其平均粒径(PS)为143.36 ± 5.24纳米。经过冻干处理后,该制剂形成了平均粒径为156.26 ± 7.58纳米的纳米晶体(DA-NC),旨在提高药物的溶解度和释放速率。分子动力学模拟从原子层面揭示了DA-NS稳定性和形成的机制。体外研究表明,DA-NC在PC3前列腺癌细胞中表现出更强的抗肿瘤活性,表现为细胞内吞作用增强、细胞核浓缩以及凋亡形态的改变(
来源:ACS Applied Bio Materials
时间:2025-10-24
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利用嗜热底盘实现的高通量筛选方法,用于筛选一种耐热的荧光报告基因
耐热蛋白在高温和恶劣条件下具有更长的保质期和更好的性能,从而降低了各种工业和生物技术应用的成本。然而,由于对稳定性与功能之间关系的理解有限,蛋白质稳定化的方法主要还是基于试错。因此,构建一个预测能够提高稳定性的突变组合文库,并通过实验进行验证,是一种显著改进的方法。然而,缺乏高通量筛选方法来处理中等规模的文库,这成为该领域的一个主要瓶颈。在这里,我们使用嗜热菌Parageobacillus thermoglucosidasius(简称Ptherm)来快速筛选由合理设计的耐热突变组成的组合文库(约103–104个突变),这些突变作用于中温荧光报告基因Y-FAST。在培养皿中,通过高温培养并暴露于
来源:ACS Synthetic Biology
时间:2025-10-24
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用于酵母生物合成途径筛选的自动化菌株构建方法
自动化加速了合成生物学中的“设计-构建-测试-学习”(DBTL)循环;然而,大多数菌株构建流程缺乏与机器人的集成。在这里,我们展示了一种模块化、集成化的流程设计及其源代码,该流程可以自动化酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的构建步骤。我们通过汉密尔顿Microlab VANTAGE设备的中央机械臂对其外部硬件进行了编程,实现了自动化操作,使每周的转化次数提高了2000次。我们还使用汉密尔顿VENUS软件开发了用户界面,以支持按需参数定制。作为概念验证,我们在一种经过工程改造的酵母菌株中筛选了一个基因库,该菌株能够产生verazine(一种类固醇生物合成中的关键中间体)
来源:ACS Synthetic Biology
时间:2025-10-24
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低覆盖度全基因组浅层测序与基因型填补技术在中间偃麦草基因组选择中的应用与评估
基因组选择(Genomic Selection, GS)通过利用训练群体的基因型和表型数据建立模型,从而仅根据候选个体的基因型预测其基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV),能够加速育种进程。然而,实施GS的一个主要障碍是需要一种适用于大规模育种项目、可扩展且经济高效的高密度遗传标记系统。随着测序成本的持续下降,低覆盖度全基因组浅层测序(skim-seq)已成为GS中一种有吸引力的方法。材料与方法研究所用植物材料包括来自The Land Institute(TLI)、Forage and Range Research Agricultur
来源:The Plant Genome
时间:2025-10-24
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Tergitol在肝脏脱细胞化及细胞外基质生物墨水制备中的创新应用研究
引言肝脏疾病每年导致全球约200万人死亡,肝硬化和肝癌分别位列死因第11和第16位。肝移植虽是终末期肝病的有效疗法,但全球器官短缺导致20%患者在等待中死亡。组织工程生物材料为肝脏再生提供了新策略,其中脱细胞器官支架能保留天然细胞外基质(ECM)结构,成为构建3D组织模型的关键。ECM作为组织中的非细胞成分,在健康肝脏中占比<3%,包含105种蛋白质构成的复杂网络,具有物理支撑和信号调控双重功能。材料与方法研究采用屠宰场获取的猪肝脏,通过13种差异化脱细胞方案(涉及SDS、脱氧胆酸钠、Triton X-100、Tergitol 15-S-9等去污剂与胰蛋白酶、DNase酶组合),在4°C下进行
来源:Frontiers in Bioengineering and Biotechnology
时间:2025-10-24
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综述:用于转移研究的微生理系统:逐步方法
微生理系统:揭秘癌症转移之路的利器癌症转移是导致癌症相关死亡的主要原因,它是一个极其复杂的多步骤过程。肿瘤细胞首先从原发部位脱离,侵入周围的细胞外基质(ECM),然后进入血管或淋巴管(内渗),在循环系统中存活并播散,最终在远端器官滞留并穿出血管(外渗),适应新的微环境形成转移灶。在这一系列过程中,肿瘤细胞不断受到局部微环境中生物和生物力学因素的选择压力。传统的体外模型难以模拟这些动态相互作用,而动物模型则存在物种差异和实时监测困难等局限。微生理系统(MPS)的出现为解决这些挑战提供了强有力的工具,它能够提供生理相关的微环境信号和精确的实验控制,从而逐步重现转移过程中的特定阶段。模拟局部侵袭的微
来源:Cellular Oncology
时间:2025-10-24
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基于葡聚糖多聚体的CAR-T细胞检测与功能评估新方法开发
随着嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法在血液肿瘤治疗领域取得突破性进展,如何精准监测这类"活药物"在体内的动态变化成为临床实践的新挑战。传统检测方法如多克隆抗IgG抗体、蛋白L等存在非特异性结合强、兼容性差等问题,而高特异性的抗独特型抗体又面临开发成本高、通用性低的局限。更关键的是,现有试剂大多只能实现≤2价结合,无法有效模拟生理状态下CAR与靶抗原的多价相互作用,且缺乏对CAR-T细胞功能状态的评估能力。针对这一技术瓶颈,丹麦技术大学与莱布尼茨免疫治疗研究所的研究团队创新性地开发了基于葡聚糖骨架的抗原多聚体技术。该技术通过将生物素化CAR靶抗原与荧光标记的葡聚糖-链霉亲和素复合物结合,形成可调
来源:Cancer Immunology, Immunotherapy
时间:2025-10-24
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优化电融合技术高效制备针对氯吡硫磷的单克隆抗体及其在侧向流动免疫测定中的应用
免疫测定是检测农药残留的可靠方法,其中抗体的质量决定了测定的准确性。在这项研究中,我们合成了四种半抗原,并利用优化的电融合技术生成了17种针对氯吡硫磷(CHP)的单克隆抗体(mAbs)。通过负选择B淋巴细胞并使用最佳诱导剂(10 μg/mL白细胞介素-4和2.5 ng/mL脂多糖)处理,电融合率提高到了0.206%,这是传统电融合方法的10倍。利用mAb 7A2F8E5开发的基于金纳米粒子(AuNP)的侧向流动免疫测定法(AuNP-LFIA)在缓冲液中能够检测到1.25 ng/mL的氯吡硫磷浓度,在各种作物中可检测到0.005至0.02 mg/kg的浓度,这些浓度均低于美国、日本和中国的最大残
来源:Journal of Agricultural and Food Chemistry
时间:2025-10-24
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多组学方法研究脂肪酮和醛类对赤拟谷盗(Tribolium castaneum)的接触毒性及其作用机制
Tribolium castaneum 是储存粮食产品的主要害虫。本研究旨在探讨植物来源的脂肪酮和醛类化合物的结构差异对其接触毒性的影响。2-十二酮(Do,C12)表现出最强的接触毒性(LD50 = 14.9 μg/幼虫),其毒性远高于其异构体十二醛(Da,LD50 = 30.0 μg/幼虫)。这种毒性在含有12个碳原子的化合物中达到最大值,随着碳链长度的增加或减少而降低,其中2-庚酮(Ho,C7)的活性最低(LD50 = 43.5 μg/幼虫)。综合转录组学、蛋白质组学、代谢组学和RNA干扰分析揭示了这些化合物的特异性作用机制。2-十二酮因其较高的亲脂性能够有效穿透角质层,激活了一阶段的解毒
来源:Journal of Agricultural and Food Chemistry
时间:2025-10-24
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基于群体感应的检测技术以及通过工程改造的大肠杆菌和铜绿假单胞菌对邻苯二甲酸酯的生物降解
邻苯二甲酸酯(PAEs)在工业中广泛使用,已成为常见的有毒污染物。微生物降解是一种有前景的处理方法,但其应用受到缺乏能够降解多种PAEs的高效菌株的限制。在这项研究中,通过蛋白质进化技术培育出了一种新的PAE降解酶GoEst15V4,该酶对-硝基苯基丁酸(pNPB)以及包括二(2-乙基己基)邻苯二甲酸(DEHP)、二己基邻苯二甲酸和二苯基邻苯二甲酸(DPHP)在内的九种其他PAEs的降解活性比野生型酶高出2.5至15倍。此外,还构建了含有基因电路XylS-QS-GV4(XylS(PA)-LuxI-LuxR-GoEst15V4)的自主全细胞降解菌株,这种新型工程酶能够在大肠杆菌和铜绿假单胞菌中通
来源:Journal of Agricultural and Food Chemistry
时间:2025-10-24
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通过单分子FRET技术揭示胍啶-III核糖开关的动态折叠过程:Mg2+辅助的预组织化及配体诱导的动力学捕获
核糖开关是一种结构化的RNA元件,通过感知和结合小分子来调控基因表达。胍基III核糖开关是一种重要的细菌调控因子,能够响应胍的毒性,其发生精确的构象变化,但这些变化在动态和机制层面的研究还很不充分。在这项研究中,我们结合了单分子Förster共振能量转移(smFRET)技术和分子动力学(MD)模拟,来阐明胍基III核糖开关如何在不同的构象状态之间转换。我们确定了三种主要构象:伸展态(E态)、部分折叠的紧凑态(I态)以及折叠的伪结结构(F态),这些构象在没有配体的情况下可以快速相互转换。Mg2+离子能够使构象平衡向I态和F态偏移,从而使反向转换速率降低多达20倍,并增强胍的结合亲和力。胍的结合进
来源:ACS Chemical Biology
时间:2025-10-24
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基于结构导向的隧道工程技术提升纤维素-2-差向酶的催化效率,以实现高效乳果糖合成
胞壁二糖2-异构酶(CE)能够将乳糖转化为乳果糖,这对于乳果糖的酶法生产至关重要。然而,其较差的异构化活性限制了该酶的工业应用。在这项研究中,通过分析Caldicellulosiruptor saccharolyticus来源的Casa-WT与经过五点突变的Casa-M5之间的关键残基差异,开发出了一种隧道工程策略。最终获得的Casa-M7(Casa-M5/182S/230A)异构化活性提高了2.06倍,催化效率提高了1.42倍。进一步的分子动力学模拟表明,Casa-M7具有更狭窄的隧道结构以及合适的构象分布,这与其催化效率相符。我们的研究表明,隧道结构对CE的异构化活性至关重要,这为改进CE
来源:Journal of Agricultural and Food Chemistry
时间:2025-10-24
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利用基于HSQC的DeepSAT技术,从Acremonium sclerotigenum LW14菌株中发现了新的抗菌苯并吡喃类萜类化合物
在基于HSQC的DeepSAT策略指导下,从深海来源的真菌Acremonium sclerotigenum LW14中获得了17种新的苯并吡喃类阿斯科氯林衍生物(acremopyrans A–Q,编号1–17)。通过广泛的光谱数据分析、量子化学计算和X射线衍射分析,确定了这些化合物的结构和绝对构型。化合物1–15是自然界中首次发现的含有3-羟基-2-甲基色满-2-基团的阿斯科氯林类化合物。其中,acremopyrans A–D(编号1–4)是四种非对映异构体,涵盖了C-10和C-11位置的所有可能立体异构构型。化合物12–15属于罕见的苯并吡喃类阿斯科氯林,其环化作用发生在C-2位羟基上。此外
来源:Journal of Agricultural and Food Chemistry
时间:2025-10-24