• 迈向标准化表观转录组分析：多实验室间质谱检测与定量人类RNA修饰核糖核苷的比较研究

  在生命科学领域，RNA分子承载着比我们想象中更为复杂的信息密码。除了四种基本核糖核苷酸（A、G、C、U）外，还存在超过170种转录后化学修饰，构成了被称为"表观转录组"的复杂调控系统。这些修饰如同RNA分子上的"装饰品"，通过影响RNA的结构、稳定性和功能，在基因表达调控中发挥着至关重要的作用。越来越多的研究表明，RNA修饰的异常与近百种人类疾病密切相关，包括癌症、神经退行性疾病和代谢性疾病等。然而，尽管RNA修饰研究的重要性日益凸显，该领域却面临着一个严峻的技术挑战：缺乏标准化和可重复的分析方法。特别是基于液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）的RNA修饰检测技术，虽然被公认为RNA修饰定量

  来源：Nucleic Acids Research

  时间：2025-09-13

• σ70指状结构在转录起始中的位移具有高度异质性和启动子依赖性

  在细菌基因表达调控的核心环节中，转录起始过程发挥着决定性作用。细菌RNA聚合酶（RNAP）需要与σ因子结合形成全酶，才能特异性识别并启动基因转录。σ因子中一个高度保守的结构模块——σ指状结构（σ-finger），在转录起始过程中扮演着多重关键角色：它不仅能预组织模板DNA，还参与短RNA的流产起始、起始暂停以及启动子逃逸等过程。然而，关于σ-finger在活转录过程中的构象变化、位移机制及其与不同启动子的关系，长期以来缺乏直接证据。传统结构生物学研究虽然提供了σ-finger与DNA/RNA相互作用的静态快照，但这些研究大多使用人工支架，缺乏真实启动子上下文，且无法捕捉动态过程。特别是σ-fi

  来源：Nucleic Acids Research

  时间：2025-09-13

• SMRT作为HDAC3辅抑制复合物的染色质锚点调控巨噬细胞炎症与代谢通路

  在免疫代谢调控领域，巨噬细胞作为天然免疫系统的核心效应细胞，其功能可塑性受到转录因子与表观遗传机制的精密调控。经典激活（M1）与替代激活（M2）状态间的动态平衡，不仅决定免疫应答的走向，更与代谢性疾病、慢性炎症及癌症等病理过程密切相关。然而，驱动这种状态转换的核心分子机器——尤其是组蛋白去乙酰化酶3（HDAC3）辅抑制复合物——的运作机制仍存在关键盲区。该复合物由SMRT（ silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptors, 亦称NCOR2）、NCOR（nuclear receptor corepressor,

  来源：Nucleic Acids Research

  时间：2025-09-13

• UVA诱导人黑色素细胞DNA损伤与突变谱解析：揭示黑色素瘤突变新机制

  黑色素瘤作为最具侵袭性的皮肤癌类型，其发病率在过去几十年间持续上升，已成为全球公共卫生的重要挑战。大多数黑色素瘤发生在阳光暴露的皮肤部位，并携带典型的紫外线特征性突变，主要表现为二嘧啶序列(TC、CC和CT)处的C>T转换。这些突变模式与UVB(280-320 nm)辐射诱导的环丁烷嘧啶二聚体(cyclobutane pyrimidine dimers, CPD)密切相关。然而，黑色素瘤基因组中还存在其他未知来源的突变特征，特别是SBS7c、SBS7d以及氧化应激相关特征SBS18和SBS38。相较于UVB，地表日光中95%的能量来自UVA辐射(320-400 nm)，其穿透能力更强，可

  来源：Nucleic Acids Research

  时间：2025-09-13

• P2-OLD通过tRNA反密码子臂截断机制介导噬菌体P2-Lambda干扰的新发现

  在噬菌体竞争的长河中，P2-Lambda干扰现象自20世纪50年代发现以来一直是未解之谜。当宿主大肠杆菌携带P2原噬菌体时，Lambda噬菌体的复制会被彻底阻断，这一过程由P2编码的Overcoming Lysogenization Defect (OLD)蛋白主导。尽管早期研究暗示OLD可能通过DNA靶向引发细胞死亡，但其具体机制始终模糊不清，尤其与RecBCD复合物抑制后的毒性激活关联缺乏直接证据。更令人困惑的是，OLD蛋白虽具备Toprim结构域（常见于多核苷酸切割酶），且体外实验显示其可切割DNA，但细胞内DNA损伤从未被证实，且ATP酶或Toprim结构域的活性位点突变虽能消除毒性，

  来源：Nucleic Acids Research

  时间：2025-09-13

• 基质引导滋养层细胞分化：生物打印类器官模型揭示早期胎盘发育新机制

  在生命科学领域，类器官技术为研究器官发育和疾病机制提供了强大工具，但传统方法严重依赖动物源基质（如Matrigel），存在批次间变异性大、成分不明确等问题，限制了研究的可重复性和转化潜力。尤其在胎盘研究领域，这些限制更为突出——胎盘作为胎儿发育的关键器官，其功能障碍与先兆子痫、宫内生长受限等多种妊娠并发症密切相关，但现有研究模型无法准确模拟体内微环境。更令人困扰的是，现有滋养层类器官还存在“内外颠倒”的细胞结构问题，即合体滋养细胞（STB）位于类器官内部而非表面，这与胎盘实际结构相反，阻碍了对物质跨胎盘转运、细胞分泌等关键生理过程的研究。为了解决这些难题，研究人员在《Nature Commun

  来源：Nature Communications

  时间：2025-09-13

• CDK4/6-RB信号通路通过时间调控人类DNA复制许可揭示癌症治疗新靶点

  在细胞生命活动中，DNA复制和细胞分裂的精确协调对维持组织稳态和基因组稳定性至关重要。DNA复制起始包括复制起点许可（origin licensing）和起点 firing 两个关键步骤。起点许可发生在G1期，涉及微型染色体维持（minichromosome maintenance, MCM）解旋酶复合物通过CDC6、CDT1和起点识别复合物（origin recognition complex, ORC）加载到DNA上。传统观点认为CDK活性会抑制复制许可，尤其是在酵母模型中，但人类细胞中存在多种细胞周期蛋白依赖性激酶（cyclin-dependent kinases, CDKs），其功能更

  来源：Nature Communications

  时间：2025-09-13

• 人类二倍体细胞系RPE-1近完整基因组组装揭示着丝粒高变异与染色体易位特征

  引言过去三十年来，基因组学领域取得了飞速发展。1990年启动的人类基因组计划(Human Genome Project)使用Sanger和鸟枪法测序技术对20名匿名个体的DNA进行了测序。2003年发布的最终组装结果代表了来自该群体的复合基因组。尽管取得了这些进展，人类基因组计划的参考序列仍缺少约8%与人类基因组重复区域相关的DNA。过去20年测序技术的进步，特别是生成长读长的技术，使得组装更完整的人类基因组成为可能。这一进展在2022年达到顶峰，完成了源自葡萄胎的CHM13细胞系的高质量、完全完整的人类基因组组装。然而，CHM13细胞系基本上是单倍体，仅包含在去核卵母细胞内复制的父系单倍型。

  来源：Nature Communications

  时间：2025-09-13

• 综述：泛素-蛋白酶体系统在哮喘中的作用机制与治疗前景

  泛素-蛋白酶体系统（UPS）的构成与功能泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-Proteasome System, UPS）是真核细胞内重要的蛋白质降解途径，通过泛素化修饰调控蛋白质稳定性与活性。该系统包含E1泛素激活酶、E2泛素结合酶、E3泛素连接酶、去泛素化酶（Deubiquitinating Enzymes, DUBs）以及26S蛋白酶体复合物。在哮喘病理过程中，UPS通过特异性降解关键调控蛋白，参与炎症反应、气道收缩、黏液分泌和组织重构等生物学进程。UPS组分在哮喘中的特异性表达本研究共鉴定42个与哮喘相关的UPS核心组分，包括1个E2泛素结合酶、27个E3泛素连接酶、8个DUBs、

  来源：Clinical Reviews in Allergy & Immunology

  时间：2025-09-13

• 重构dsz途径强化恶臭假单胞菌对二苯并噻吩的生物脱硫能力

  2-HBP耐受性评估与宿主选择研究团队通过系统评估不同细菌宿主对生物脱硫关键代谢物2-羟基联苯（2-HBP）的耐受性，发现经过基因组精简的恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）EM384在600-1100 μM 2-HBP浓度下均表现出最优生长性能。相较于大肠杆菌MG1655、假单胞菌S12/KT2440及其变异株EM42，EM384的耐受优势与其保留鞭毛结构密切相关，这为后续脱硫途径的植入提供了理想底盘。dsz操纵子的理性重构与优化从红球菌IGTS8中克隆的dszA、dszB、dszC基因通过SevaBrick组装系统被构建为8种不同排列组合（DS001-DS008）。研究显示

  来源：Microbial Biotechnology

  时间：2025-09-13

• Periostin-IHH正反馈环路通过增强肝纤维化与肿瘤增殖促进肝细胞癌发展的机制研究

  细胞外基质蛋白Periostin在肝纤维化和肝细胞癌(HCC)进展中起关键作用。研究发现在DEN/CCl4处理的小鼠中，Periostin缺失会损害HCC发展并降低肝脏肿瘤的组织硬度。基质硬度增加可增强肝星状细胞(HSC)中Periostin的表达，而Periostin与硬度增加协同促进HCC细胞体外增殖。机制研究表明，Periostin通过整合素-PYK2-TAZ通路诱导HCC细胞表达印度刺猬因子(IHH)，而IHH又通过转录因子GLI2反馈调节HSC中Periostin的表达。临床样本分析显示Periostin表达与纤维化特征及IHH信号呈正相关。这些发现揭示了Periostin-IHH正

  来源：The Journal of Pathology

  时间：2025-09-13

• 肿瘤-组织边界作为指导性界面调控乳腺癌细胞侵袭行为

  Abstract转移性癌细胞侵袭远端组织需要跨越多种组织边界，每个边界都带来不同的结构和生化挑战。特别是致密的、富含细胞外基质（ECM）的肿瘤组织与周围基质组织之间的边界，与MDA-MB-231乳腺癌细胞迁移后的表型变化相关，包括侵袭性和攻击性增加。目前尚不清楚这种转变是由于对预先存在的亚群（如癌症干细胞）的选择性过滤，还是整个细胞群体的指导性反应。本研究通过结合单细胞迁移分析、细胞增殖异质性分析和计算建模，证明肿瘤-组织边界充当指导性界面。使用已建立的三维纤维胶原I基质界面模型，显示所有细胞都能跨界面迁移，没有亚群选择性过滤的证据。迁移和非迁移细胞之间的增殖异质性保持不变，进一步支持了指导性

  来源：Advanced Science

  时间：2025-09-13

• 综述：性染色体/激素与非生殖系统癌症的肿瘤微环境

  1 引言癌症发病率和治疗效果存在显著性别差异，这种二态性由生物学性别决定因素与免疫调控的相互作用驱动。除吸烟饮酒等环境因素外，肿瘤免疫微环境（TIME）已成为致癌作用和免疫治疗反应中性别差异的关键介质。性染色体互补和内分泌调节通过多层机制调控这一过程，其中X染色体基因逃逸失活使女性获得致癌耐受性，而男性X单体性易导致肿瘤抑制基因功能丧失。四核心基因型（FCG）模型研究揭示，性染色体和性激素常协同或补偿调节肿瘤免疫微环境。2 性染色体介导的癌症性别二态性2.1 Y染色体Y染色体缺失（LOY）是男性癌症患者常见的体细胞改变，常与老年男性不良预后相关。TCGA队列分析表明LOY存在于早期癌症中，是多

  来源：Frontiers in Immunology

  时间：2025-09-13

• 沙门氏菌通过产硫化氢抑制大肠杆菌细胞色素bd氧化酶介导的有氧呼吸以突破肠道定植抗性

  沙门氏菌通过产硫化氢抑制大肠杆菌有氧呼吸以突破肠道定植抗性引言沙门氏菌（Salmonella）是一类重要的肠道病原菌，其与共生菌如大肠杆菌（Escherichia coli）的竞争关系对肠道定植抗性（colonization resistance）的维持至关重要。沙门氏菌能够产生硫化氢（H2S），这一特性被用于其与大肠杆菌的鉴别诊断已近一个世纪，但其生物学意义长期未明。本研究通过体内外实验系统阐明了沙门氏菌产硫化氢的竞争机制及其在肠道感染中的生态学意义。沙门氏菌感染不促进大肠杆菌有氧呼吸沙门氏菌通过III型分泌系统（T3SS-1和T3SS-2）诱导肠道炎症，增加肠道内氧气扩散，从而促进自身有氧

  来源：Proceedings of the National Academy of Sciences

  时间：2025-09-13

• 围产期抗生素暴露与母乳喂养方式对新加坡GUSTO队列母乳微生物组的动态影响

  研究背景与方法创新人类乳汁作为婴儿生长发育的重要营养来源，其内含的低生物量微生物组近年来被证实对婴儿免疫系统发育和肠道菌群建立具有关键作用。新加坡GUSTO出生队列研究采用前瞻性设计，对208名华裔、马来裔和印度裔母亲的266份母乳样本（产后3周和3个月两个时间点）进行全长16S rRNA基因测序，通过PacBio Sequel II平台获得高精度序列数据。样本处理采用标准化流程：乳汁样本在-80°C条件下保存，DNA提取使用Qiagen Microbial DNA试剂盒，PCR扩增采用27F/1492R引物对，序列聚类以97%相似度划分为操作分类单元(OTU)。微生物组成特征研究发现母乳微生

  来源：mSystems

  时间：2025-09-13

• 埃博拉病毒（EBOV）的皮肤靶向：病毒传播与感染的隐匿路径

  埃博拉病毒（EBOV）作为世界卫生组织认定的全球十大健康威胁之一，其传播机制和致病路径一直是研究重点。近年来的疫情观察和实验研究表明，皮肤在EBOV的传播和感染中扮演着此前未被充分认识的关键角色。本综述系统整合了多项动物模型和体外实验数据，深入揭示了EBOV对皮肤的靶向感染特性、动力学特征及其分子机制。EBOV在皮肤中的感染动力学通过非人灵长类动物（NHP）和小鼠模型的纵向研究，发现EBOV在皮肤组织中的病毒载量随感染时间显著增加。在NHP中，肌肉注射感染后第3天即可在注射部位皮肤检测到病毒RNA，早于血清病毒血症的出现（第4天），表明皮肤支持局部病毒复制。感染后期（第6-9天），皮肤中的病毒

  来源：Journal of Virology

  时间：2025-09-13

• 全基因组测序未比对读段揭示欧非牛种病原多样性及其对气候驱动疾病生态的启示

  随着全球气候变迁持续加剧，传染病的分布格局与传播动态正经历显著变化，这对人类与动物健康构成严峻威胁。尤其在家畜养殖领域，病原体随气候带迁移可能引发新的疫情暴发，而不同地域牛种对病原的抵抗能力存在显著差异，其背后的遗传与微生物机制尚未系统阐明。在这一背景下，挖掘牛群体内潜伏的病原群落构成，不仅有助于预警新发传染病风险，也可为育种策略提供科学依据。近期发表于《Genomics》的一项研究通过分析来自六大地理区域——南非、乌干达、埃及、葡萄牙、荷兰和芬兰——多种牛的全基因组测序（Whole-Genome Sequencing, WGS）数据中的未比对读段（unmapped reads），系统探索了其

  来源：Genomics

  时间：2025-09-13

• 甜菜（Beta vulgaris L.）响应尾孢菌叶斑病的比较转录组分析与分子机制解析

  HighlightModeling Study多种机理与经验模型已被提出用于描述管道中的搅动流（Churn Flow）和段塞流（Slug Flow）。然而，这些模型多局限于低表观气速（VSg < 30 m/s）和低表观液速（VSl）条件。新开发的机理模型通过整合 Ansari 等人（1994）、Sylvester（1987）等人的流体动力学框架，显著改进了现有方法的预测能力，尤其在高气体表观流速条件下能更准确地捕捉实验数据。Experimental Study我们开展了一系列实验研究，以探究垂直上升管道中气液两相的流动特性（压力降与持液率），并验证新开发模型的性能。如表3所示，实验在变化的氣液

  来源：Genomics

  时间：2025-09-13

• S100A9通过抑制SYK激酶降解促进炎症小体依赖性自身炎症的机制研究

  自身炎症性疾病是一类以先天免疫系统异常激活为特征的罕见疾病，其中家族性地中海热(FMF)和冷吡啉相关周期性发热综合征(CAPS)等疾病表现为白细胞介素-1β(IL-1β)的异常分泌。这些疾病多由NLRP3(NOD-, LRR- and pyrin domain-containing protein 3)或pyrin炎症小体编码基因的功能获得性突变引起。尽管炎症小体的组装和激活调控机制复杂且尚未完全阐明，但脾酪氨酸激酶(SYK)已被确认为NLRP3活性的重要调节因子。另一方面，炎症警报蛋白S100A8/A9在自身炎症性疾病特别是FMF中呈现高水平表达，但其与SYK的关联及其在炎症小体通路中的作用

  来源：Journal of Leukocyte Biology

  时间：2025-09-13

• 管道水力输送软木质生物质的水热液化制备水热炭及其特性表征：一种集成运输与转化的可持续策略

  随着全球2050年实现净零排放目标的推进，生物质作为可再生能源的转化利用日益重要。然而，木质纤维素生物质供应链复杂，运输成本可占生物产品总成本的50%，且高含水率(70-82 wt%)原料对热化学转化技术构成挑战。加拿大 boreal 森林每年产生约2100万吨绝干森林残余物，主要为云杉、松树和冷杉等软木物种，占2020年木材产量的98%。这些资源为生物能源应用提供了丰富可持续的原料，但高昂的运输成本和原料处理难题限制了其规模化应用。为解决这些问题，研究人员创新性地提出将管道水力输送与水热液化(HTL)技术相结合的策略。管道输送以水为载体，可经济高效地运输生物质浆料，实现连续大规模供应；而HT

  来源：Biomass and Bioenergy

  时间：2025-09-13

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