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黄曲霉(Aspergillus melleus)CBS 546.65基因组注释揭示其生物合成潜力及工业应用价值
这株编号CBS 546.65的黄曲霉(Aspergillus melleus)可不简单——它不仅是能生产杀虫剂aspyrone1和mellamide2的生化工厂,还能合成赭曲霉毒素A3,4和抗生素5,其分泌的蛋白酶更被开发成增强免疫力的营养补充剂6-8。研究人员采用Funannotate v1.8.9流程,通过PacBio和Illumina混合组装技术,结合RNA-seq数据与同源蛋白比对,最终绘制出这张精细的基因蓝图。基因组重复序列先用RepeatModeler v2.0.1构建了专属的转座子数据库,再经RepeatMasker过滤。通过Trinity-GG v2.11.0组装的33,620
来源:Microbiology Resource Announcements
时间:2025-08-26
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临床分离株Lacticaseibacillus paracasei G277-1.1与变形链球菌协同生物膜形成的全基因组解析及其致龋机制研究
在儿童龋病研究领域取得重要突破!科研人员从重度低龄儿童龋患者的龋损牙菌斑中分离出一株临床菌株Lacticaseibacillus paracasei G277-1.1。该菌株单独培养时仅形成有限生物膜(biofilm),但与致龋主力军变形链球菌(Streptococcus mutans)共培养时,在含18 mM葡萄糖和2 mM蔗糖的培养基中,于5% CO2有氧环境下可显著增强生物膜形成能力。研究团队采用第三代测序技术PacBio Revio平台,通过HiFi长读长测序获得该菌株3.11 Mb的高质量环状基因组,GC含量46.34%。基因组注释显示其含有2,851个编码基因和77个RNA基因,并
来源:Microbiology Resource Announcements
时间:2025-08-26
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菊花根际促生菌Pantoea anthophila PGPR-34基因组草图揭示植物-微生物互作分子机制
科研人员从孟加拉国吉大港大学北校区附近(22°28′49.4″N 91°47′39.7″E)的菊花根际土壤中分离出一株具有多重促生特性的细菌——Pantoea anthophila PGPR-34。该菌株在LB培养基上30°C纯化培养后,经16S rRNA基因测序(GenBank OQ845745.1)显示与模式菌株P. anthophila LMG 2558相似度达99.78%。利用Illumina iSeq 100平台进行全基因组测序,获得42×覆盖度的840,726对读长。经FastQC质控和Trim Galore修剪后,使用Unicycler组装出43个contigs的4.78 Mb基
来源:Microbiology Resource Announcements
时间:2025-08-26
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碱性-盐碱湿地来源氢营养型产甲烷菌Methanobacterium sp. ACI-7全基因组测序及代谢特征解析
在碱性-盐碱湿地这片特殊生态系统中,隐藏着一类能够将氢气与无机碳转化为甲烷的微生物明星——氢营养型产甲烷菌(hydrogenotrophic methanogens)。科学家们从以碳酸钙为唯一无机碳源的富集培养物C2M中,成功分离出一株代号ACI-7的Methanobacterium菌株。通过PacBio Sequel IIe平台的高精度测序,这株古菌的基因组图谱被完整绘制:一条周长2,239,949 bp的环形染色体,GC含量31.79%,携带2,366个蛋白编码基因和37个tRNA。更令人兴奋的是,基因组中发现了完整的产甲烷沃夫循环(Wolfe cycle)全套装备:从甲酰甲烷呋喃脱氢酶(
来源:Microbiology Resource Announcements
时间:2025-08-26
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疫苗接种诱导的B细胞受体库可预测性研究:基于Tdap加强免疫的BCR克隆型扩张规律与预测模型构建
疫苗如何塑造我们的免疫记忆?这个问题困扰着免疫学家数十年。当疫苗注入人体,B细胞会产生特异性受体(BCR),形成"记忆部队"以备未来病原体入侵。然而,这些受体库的扩张规律是否可预测?针对这一科学难题,Eve Richardson团队在《ImmunoInformatics》发表的研究给出了突破性答案。研究聚焦破伤风-白喉-无细胞百日咳(Tdap)疫苗这一经典模型。当前疫苗研发面临关键瓶颈:缺乏评估免疫应答的精准生物标志物。虽然已知记忆B细胞通过BCR识别抗原,但哪些克隆型会被疫苗选择性扩增仍是未解之谜。更棘手的是,现有单克隆抗体数据库规模有限,传统序列比对方法敏感性不足,难以捕捉复杂的BCR-抗
来源:ImmunoInformatics
时间:2025-08-26
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餐厨垃圾与禽粪厌氧共消化微生物组的功能解析及代谢网络调控机制
随着全球食物浪费问题日益严峻,如何处理每天产生的海量餐厨垃圾成为环保领域的重大挑战。与此同时,集约化禽类养殖产生的大量禽粪不仅散发着令人不悦的异味,其高氮含量还可能引发水体富营养化。传统上,这两类有机废弃物往往被简单填埋或焚烧,既浪费资源又污染环境。有没有一种"变废为宝"的解决方案?来自尼日利亚Bowen大学的研究团队将目光投向了厌氧共消化技术——通过微生物的"集体智慧",把垃圾转化为清洁能源。这项发表在《Current Research in Biotechnology》的研究,创新性地采用宏基因组学方法揭示了餐厨垃圾与禽粪共消化过程中的微生物"黑匣子"。研究人员首先采集校园食堂的餐厨垃圾和
来源:Current Research in Biotechnology
时间:2025-08-26
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混合基元草图:融合类比推理、定性表征与计算机视觉的场景理解新框架
背景与相关工作定性视觉表征(Qualitative visual representations)通过符号化手段描述连续视觉现象。在CogSketch系统中,形状(如物体轮廓)和场景(如物体间关系)分别采用特殊编码:物体边缘被分解为精细结构,而空间关系则通过拓扑(如包含/相邻)和方位(如左/上)符号表征。混合基元草图受马尔(Marr)原始草图理论启发,HPS创新性地将计算机视觉组件(如边缘检测、区域分割)的输出转化为类数字墨水的符号化实体——glyphs。每个glyph包含几何属性(位置、曲率)和概念标签(如"椅子腿"),通过CogSketch系统进行高阶解析,包括形状分解和关系计算,最终生成
来源:Cognitive Systems Research
时间:2025-08-26
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溶剂依赖性纤维素纳米纤维相互作用的粗粒化分子动力学模拟研究
纤维素作为自然界最丰富的可再生资源,在生物燃料和生物材料领域具有巨大潜力。纤维素纳米纤维(CNF)因其轻质高强的特性成为传统材料的理想替代品,但在制备过程中面临严峻挑战——纤维在溶液中极易发生不可逆聚集,导致性能大幅下降。这一"聚集难题"严重制约了CNF的工业化应用,其核心在于缺乏对纤维-溶剂相互作用机制的深入理解。传统原子尺度分子动力学(MD)模拟受限于计算量,难以捕捉纤维聚集的长时间尺度过程。为此,Shalini J. Rukmani团队在《Biophysical Journal》发表研究,开创性地采用粗粒化(CG)模拟方法突破时空限制,为解析CNF聚集机制提供了新视角。研究采用MARTI
来源:Biophysical Journal
时间:2025-08-26
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单克隆抗体16D9与SARS-CoV-2核蛋白固定化相互作用的动力学评估及其电化学生物传感应用
HighlightSARS-CoV-2带来的挑战凸显了创新诊断技术的迫切需求。本研究开发了一种基于重组SARS-CoV-2核蛋白(rN-protein)和单克隆抗体(mAb-16D9)的电化学生物传感器,展现了其在快速精准检测病毒蛋白特异性抗体方面的巨大潜力。金纳米颗粒(AuNS)和自组装单分子层(SAM)的引入增强了电化学信号,使传感器能够灵敏捕捉既往感染痕迹。Kinetic measurements of antigen-antibody complex formation完成表面修饰后,SPCE/AuNS/SAM/rN电极用于研究固定化rN蛋白与mAb-16D9的相互作用动力学。实验中将
来源:Bioelectrochemistry
时间:2025-08-26
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欧洲主要三文鱼供应链中的价格传导与不对称性研究:基于新鲜、冷冻和烟熏产品的跨国比较分析
随着全球海产品需求持续增长,欧洲三文鱼市场正经历深刻变革。挪威作为世界最大的养殖三文鱼生产国和出口国,供应着欧洲市场的主要份额,而法国、德国、西班牙和英国构成了最重要的消费市场。然而近年来,中间商层面的产业整合加剧,产品形式从新鲜整鱼扩展到冷冻鱼片、烟熏制品等多样化形态,这些结构性变化使得价格传导机制日趋复杂。市场参与者普遍关注:上游价格变动能否有效传递至终端消费者?不同加工程度的产品是否存在差异化的传导模式?特别是在中间商市场力量增强的背景下,是否存在价格调整不对称性?这些问题直接关系到市场效率评估和福利分配,却缺乏系统性研究。为解答这些问题,挪威北极大学商学院Dejene Gizaw Ki
来源:Aquaculture
时间:2025-08-26
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亲代照料起始同步性对埋葬甲虫(Nicrophorus vespilloides)双亲合作与子代表现的影响机制研究
在动物界,双亲共同抚育后代的现象蕴含着精妙的合作与博弈。埋葬甲虫(Nicrophorus vespilloides)作为研究双亲照料的模式生物,其独特的腐尸繁殖策略为科学家提供了绝佳的研究窗口。以往研究多关注亲代如何根据伴侣的贡献调整照料行为,却忽视了时间维度上的同步性可能产生的深远影响。当亲本不同时到达繁殖资源时,这种"时间差"会如何影响它们的合作效率?又会给后代带来什么后果?这些问题成为理解亲代合作进化机制的关键缺口。爱丁堡大学的研究团队在《Animal Behaviour》发表的研究中,创新性地采用2×2因子实验设计,通过精确控制雌雄个体到达腐尸的时间(同步到达新鲜腐尸、雌性先到24小时
来源:Animal Behaviour
时间:2025-08-26
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日本HBsAg+/HBcAb+/HBsAb-献血者中HBV基因突变特征分析:为疫苗接种策略提供基线数据
乙型肝炎病毒(HBV)感染仍是全球重大公共卫生挑战,尽管疫苗接种显著降低了传播率,但病毒变异带来的免疫逃逸和疾病进展风险始终悬而未决。日本2016年启动全民乙肝疫苗接种后,亟需建立突变监测体系以评估疫苗对病毒进化的影响。尤其令人担忧的是,无症状携带者体内潜伏的HBV可能携带与肝癌(HCC)或暴发性肝炎(FH)相关的关键突变,这些"沉默的定时炸弹"尚未被充分认知。研究团队创新性地聚焦HBsAg+/HBcAb+/HBsAb-献血者群体——这类人群通常 unaware of their infection status(不知自身感染状态),却能反映病毒在自然传播中的真实进化特征。通过实时荧光定量PC
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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循环Galectin-9作为肝内胆管癌手术切除患者新型预后标志物的发现及其与糖酵解的关联研究
肝内胆管癌(ICC)作为肝脏第二常见的恶性肿瘤,虽然发病率仅占原发性肝癌的10%-15%,但其5年生存率长期徘徊在17%-44%之间,被称为"沉默的杀手"。随着全球发病率近20年上升165%的严峻趋势,寻找有效的预后标志物成为临床迫切需求。传统肿瘤标志物如CA19-9和CEA的预测效能有限,而手术切除后是否需辅助化疗的决策也缺乏可靠依据。在这个背景下,京都大学研究团队将目光投向了一种具有双重身份的分子——Galectin-9(GAL9)。这种既能调控免疫检查点TIM3、又能影响肿瘤微环境的蛋白质,其循环形式(cGAL9)是否藏着破解ICC预后的密码?《Scientific Reports》最新
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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Notch4信号在年轻成年垂体后叶血管稳态维持中的关键作用及其机制研究
研究背景与科学问题血管系统的稳态维持是生命科学领域的核心问题之一。传统观点认为,成熟血管对Notch信号通路的依赖性显著低于发育期血管,但垂体后叶却表现出独特的"血管幼稚性"——其血管网络始终对血管内皮生长因子(VEGF)敏感。这种器官特异性现象引发重要疑问:是否存在特殊的分子机制维持垂体血管的未成熟特征?Notch4作为内皮细胞特异性表达的Notch受体家族成员,在胚胎血管发育中与Notch1协同调控动脉分化,但其在成年器官血管稳态中的作用尚不明确。研究设计与技术方法研究团队建立了一套自动化血管图像分析流程,定量评估Notch4 KO小鼠和DAPT处理小鼠垂体后叶的血管参数(密度、分支长度、
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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基于深度学习的皮肤癌病灶自动早期诊断与分类系统Skin-DeepNet的研发与验证
皮肤癌作为全球重大健康威胁,每年仅美国就有超9万新增病例。尽管早期诊断可显著提升生存率(如黑色素瘤五年生存率达92%),但临床依赖的肉眼检查准确率仅60%,即使采用皮肤镜检测(准确率89%),仍难以区分早期病灶的细微特征。这种"视觉诊断困境"催生了计算机辅助诊断(CAD)系统的需求,而传统方法受限于手工特征提取的局限性,亟需更智能的解决方案。Alaa S. Al-Waisy团队在《Scientific Reports》发表的这项研究,创新性地构建了Skin-DeepNet系统。该系统采用双阶段预处理流程:首先通过自适应伽马校正(AGCWD)增强图像对比度,再结合形态学运算实现毛发去除。病灶分割
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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基于大型语言模型的实时语音控制MRI扫描系统在介入治疗中的概念验证
在磁共振成像(MRI)引导的介入治疗领域,医生们长期面临着一个棘手难题:当双手被无菌手术束缚时,如何高效控制复杂的扫描设备?传统解决方案依赖助手中转指令,不仅存在沟通误差风险,还会中断手术流程。更尴尬的是,现有的语音控制系统如同"机械复读机",要求使用者死记硬背特定指令——在紧张的手术过程中,这无异于让飞行员背诵发动机参数手册。这项发表在《Scientific Reports》的研究带来了突破性解决方案。研究团队巧妙地将大型语言模型(LLM)与MRI控制系统结合,打造出能"听懂人话"的智能交互平台。就像给扫描仪装上了Siri的手术专用版,医生只需自然表达"把扫描层面向患者脚侧微调",系统就能自
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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IL-13/IL-13Rα2轴通过STAT6通路促进血管肉瘤细胞增殖的机制研究
血管肉瘤(Angiosarcoma)是起源于血管或淋巴管内皮的罕见恶性肿瘤,具有高度侵袭性和极差的预后。尽管手术切除联合放化疗是当前主要治疗手段,但患者5年生存率不足45%,远低于其他软组织肉瘤。血管内皮生长因子(VEGF)通路虽被证实参与肿瘤进展,但靶向治疗效果有限,亟需探索新的分子机制。近年来,白细胞介素13(IL-13)及其受体IL-13Rα2在多种癌症中的促瘤作用逐渐被揭示,但该轴在血管肉瘤中的功能仍属未知。为解答这一问题,Hinako Saito等人在《Scientific Reports》发表的研究首次系统阐明了IL-13/IL-13Rα2轴通过信号转导与转录激活因子6(STAT6
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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室内滞留喷洒中苯氧威与甲基嘧啶磷对塞内加尔中部地区按蚊kdr和ace-1突变等位基因频率的影响研究
疟疾仍是全球重大公共卫生挑战,而杀虫剂抗性正严重威胁以蚊帐和室内滞留喷洒(IRS)为核心的防控措施。在塞内加尔中部地区,随着拟除虫菊酯类杀虫剂抗性在主要媒介冈比亚按蚊(Anopheles gambiae s.l.)中的蔓延,研究人员将目光转向了作用机制不同的苯氧威(bendiocarb)和甲基嘧啶磷(pirimiphos-methyl)。这两种分别靶向乙酰胆碱酯酶(AChE)和电压门控钠通道(Vgsc)的杀虫剂,能否在IRS实施过程中逆转抗性等位基因的扩散?这项发表在《Scientific Reports》的研究给出了关键答案。研究团队采用WHO标准试管测试法评估蚊虫敏感性,结合IMP-PCR
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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马里巴马科城市小型哺乳动物中的人畜共患病微生物:本土与外来入侵物种的比较研究
在全球人畜共患病疫情持续上升的背景下,啮齿类动物作为40%哺乳动物物种的代表,已成为多种病原体的"移动储存库"。西非地区虽已发现拉沙热病毒等典型 rodent-borne 病原体,但马里作为内陆国家,其城市生态系统中微生物的传播动态长期缺乏系统研究。尤其值得关注的是,随着城市化进程加速,外来入侵鼠种(如褐家鼠Rattus norvegicus)与本土物种的生态位重叠可能加剧病原体跨物种传播风险。为填补这一空白,由Charles Kumakamba领衔的国际研究团队在《Scientific Reports》发表论文,对马里首都巴马科捕获的371只小型哺乳动物(含6物种)脾脏样本展开系统性筛查。研
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26
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基于DIA-PASEF高通量泪液蛋白质组学的过敏性疾病生物标志物发现研究
在精准医疗时代,寻找能够反映机体病理状态的分子标志物成为研究热点。传统血液检测虽广泛应用,但存在创伤性采样和复杂基质干扰等问题。泪液作为与外界环境直接接触的生物流体,含有丰富的蛋白质组分,其蛋白浓度可达血清的10倍,且采样过程完全无创。然而受限于技术瓶颈,既往研究仅能鉴定1500种左右泪液蛋白,难以满足复杂疾病诊断需求。针对这一挑战,América Vera-Montecinos团队在《Scientific Reports》发表创新性研究,通过整合Schirmer试纸条采样与4D蛋白质组学技术,建立高效泪液蛋白分析流程。研究纳入8名20-30岁志愿者(5名健康对照,3名季节性过敏患者),采用改
来源:Scientific Reports
时间:2025-08-26