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种内序列变异与端粒到端粒完整基因组精细鉴定人类快速进化区(Consensus HAQERs)
人类与其他类人猿在表型上存在显著差异,但不完整的参考基因组以及仅用单一基因组组装代表一个物种的做法,限制了对相关遗传改变的精确鉴定。研究人员比对了跨越类人猿分歧与变异的20个端粒到端粒(telomere-to-telomere,T2T)基因组组装,定义了1,596个Consensus HAQERs(consensus human ancestor quickly evolved regions,共识人类祖先快速进化区域),即人类-黑猩猩祖先与现代人类祖先节点之间快速分化的区域。与之前的HAQER集合不同,Consensus HAQERs整合了种群变异,从而降低了种内变异被误判为种间分歧的可能性
来源:Cell Genomics
时间:2026-09-25
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靶向间日疟原虫环子孢子蛋白脆弱位点的抗体抑制疟疾感染机制研究
环子孢子蛋白(circumsporozoite protein, CSP)是疟原虫子孢子表面最丰富的抗原,也是已获许可的恶性疟原虫疫苗的核心免疫原成分,因此被认为是间日疟原虫疫苗研发的首选靶抗原。然而,目前对间日疟原虫CSP(Plasmodium vivax CSP, PvCSP)上保护性B细胞表位的认识极为有限,这构成了疫苗研发的主要瓶颈。本研究通过筛选间日疟原虫感染者的抑制性血浆,鉴定出两个PvCSP B细胞表位——PvCSP-A和PvCSP-B/NAGG,分别定位于PvCSP的N端和C端区域,且不同于经典的中央重复区表位。研究人员分离获得一株单克隆抗体GRAM-4,该抗体特异性识别PvC
来源:Immunity
时间:2026-09-25
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抑制USP2可抑制病理性过氧化物酶体自噬并挽救PEX1缺陷型过氧化物酶体生物发生障碍
过氧化物酶体生物发生障碍(peroxisome biogenesis disorders,PBDs)是一类极罕见、危及生命的遗传性疾病,其功能性过氧化物酶体病理性丧失,导致以神经系统受累为主的进行性多系统衰竭。临床上,PBDs涵盖于泽尔韦格谱系疾病(Zellweger spectrum disorders,ZSDs),其范围从危及生命的新生儿期发病到伴有终身神经发育及运动障碍的较轻型。遗传学上,ZSD由Peroxin(PEX)基因的双等位基因变异引起,其中PEX1是主要致病位点,约占各队列病例的65%。PEX1属于过氧化物酶体AAA-ATP酶复合物,参与基质蛋白导入,因此PEX1缺陷主要损害过
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-25
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人类大脑细胞类型特异性遗传调控的多祖先单核图谱
常见疾病的遗传风险变异体主要位于非编码调控区域,并通过调控基因表达发挥作用。虽然大体组织(bulk tissue)研究已阐明调控遗传学和疾病相关遗传学的共享机制,但这些机制的细胞特异性在很大程度上仍未得到探索。在此,研究人员提出一个全面的人类前额叶皮层基因表达遗传调控单核多祖先图谱(single-nucleus multi-ancestry atlas),包含来自1,384名不同祖先供体的560万个细胞核。通过跨越八种主要细胞类群(cell class)和27种亚类(subclass)的多分辨率分析,研究人员鉴定了14,258个基因的遗传调控,其中981个在类群水平显示出细胞类型特异性调控效应
来源:Nature Genetics
时间:2026-09-25
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青少年多内分泌代谢卵巢综合征(PMOS)血清生物标志物诊断与管理的系统评价与荟萃分析
背景:青少年多内分泌代谢卵巢综合征(polyendocrine metabolic ovarian syndrome, PMOS)对女性健康构成即时和终身风险。然而,当前临床实践中仍缺乏可靠的青少年PMOS生物标志物。方法:研究人员遵循PRISMA指南(PROSPERO注册号:CRD420251033057),系统检索了六个数据库,检索时间从建库至2026年4月。纳入的研究包括青少年PMOS患者和健康对照。主要结局为血清生殖激素、胰岛素指数和脂肪因子(adipokines)的效应量(随机效应模型中的Hedges' g),诊断效能通过AUC、敏感度和特异度进行评估。结果:共纳入51项中至高质量研
来源:eBioMedicine
时间:2026-09-25
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DNA甲基化:复杂慢性疾病的统一表观遗传学框架
复杂慢性疾病代表了日益增长的健康负担,但目前对其认识不足,且现有医疗体系对其管理不善。本综述聚焦于表观遗传DNA甲基化作为一种途径的潜力,以增进对四种密切相关疾病的理解:肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)、长新冠(LC)、纤维肌痛(FM)和过度活动型Ehlers–Danlos综合征(hEDS)。这些疾病具有广泛重叠的症状,提示存在共同的内在病理生理机制。表观遗传调控,尤其是DNA甲基化,为这些临床重叠疾病的比较研究和纵向研究提供了强有力的框架。在此,研究人员综合了当前ME/CFS、LC和FM相关DNA甲基化研究的证据,并探讨了跨疾病综合方法如何能够促进机制认知、实现诊断分层并改善患
来源:TRENDS IN Genetics
时间:2026-09-25
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吞噬屏蔽型BaEVRLess假型逆转录病毒载体系统递送实现体内造血干细胞基因治疗镰状细胞病
离体造血干细胞(HSC)基因治疗对于包括镰状细胞病(SCD)在内的非恶性血液疾病是有效的,但该方法需要住院治疗、离体细胞操作以及清髓预处理。直接的体内基因递送可以消除这些障碍并扩大治疗的可及性。在本研究中,研究人员探索了以狒狒内源性逆转录病毒糖蛋白变体BaEVRLess假型化的吞噬屏蔽型慢病毒载体和α逆转录病毒载体用于体内HSC基因转移。将载体注射至经动员的人源化小鼠后,hCD45+细胞中的基因标记率可达8.8%,经化学选择后富集至hCD45+细胞的70%和HSC的54%。条形码分析显示,超过90%的小鼠呈现多克隆重建,且在二次移植受体中保持稳定。针对SCD,研究人员利用miRNA嵌入型短发夹
来源:Cell Stem Cell
时间:2026-09-25
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乳腺癌相关成纤维细胞外泌体miR-1290经TBC1D4/mTOR通路促进三阴性乳腺癌细胞增殖
乳腺癌是女性癌症相关死亡的主要原因。尽管针对不同亚型特异性受体的治疗策略已用于多种乳腺癌亚型,但三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)仍缺乏有效的靶向治疗。近年来,肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)尤其是癌症相关成纤维细胞(cancer-associated fibroblasts,CAFs)在乳腺癌特别是TNBC进展和转移中的作用日益受到关注。然而,CAFs分泌的外泌体在TNBC细胞增殖中的作用尚不清楚。因此,本研究分析了来自CAFs和MDA-MB-231细胞的外泌体,并鉴定出外泌体miR-1290为关键组分。当外
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-25
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Evorpacept联合曲妥珠单抗、雷莫西尤单抗和紫杉醇治疗HER2阳性晚期胃癌:一项随机II期试验
Evorpacept可阻断CD47-信号调节蛋白α(signal regulatory protein α,SIRPα)之间的相互作用,从而增强抗体依赖性细胞吞噬作用(antibody-dependent cellular phagocytosis,ADCP)。在ASPEN-06研究的II期部分(一项多中心、开放标签、随机II/III期研究)中,127例既往接受过治疗、人表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor 2,HER2)过表达的晚期胃癌/胃食管交界处癌患者被随机分配至evorpacept联合曲妥珠单抗、雷莫西尤单抗和紫杉醇(evo+
来源:Nature Medicine
时间:2026-09-25
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Cell:新研究绘制出目前最详细的小鼠运动皮层图谱
大脑的运动皮层(MO)负责计划、控制和执行随意肌运动。无论是玩接球游戏、写名字还是咀嚼食物,这些动作都离不开这一重要区域及其与大脑其他区域的连接。然而,尽管开展了广泛的研究,但科学家们仍未能绘制出小鼠运动皮层内部结构的详细图谱。大多数脑图谱根据连接方式的差异将其大致分为两个区域(初级和次级运动皮层),但这并不能提供一幅详细的图像。瑞士巴塞尔大学、Friedrich Miescher生物医学研究所及美国艾伦脑科学研究所的研究人员近日开展了一项新研究,更精确地描绘了小鼠运动皮层的结构。他们将这一关键区域划分为16个不同的亚区,而每个亚区都有其独特的连接模式。这项研究成果于9月23日发表在《Cell
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人类骨骼进化的基因调控图谱:细胞外基质(ECM)重塑与糖胺聚糖(GAG)生物合成的广泛抑制
骨骼修饰在人类进化中发挥了核心作用,促成了两足行走、大颅穹隆和分娩等适应性特征。尽管这些变化十分重要,但赋予人类独特形态的遗传改变在很大程度上仍属未知。研究人员系统绘制了塑造人类骨骼进化的基因调控变化图谱。利用软骨细胞中的大规模平行报告分析(MPRA),检测了启动子和增强子中的561,410个人类来源替换,鉴定出15,077个人类特异性调控活性位点。随后,研究人员生成人类-猿杂交细胞并将其分化为骨软骨祖细胞。将杂交细胞与MPRA测量进行整合,产生了人类特异性顺式调控表达变化的全基因组图谱以及驱动这些变化的序列变异。这些图谱揭示了细胞外基质(ECM)的广泛重塑,包括糖胺聚糖(GAG)生物合成的显
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Immunoids:利用人 pluripotent stem cells(hPSCs)构建免疫活性类器官(organoids)与组装体(assembloids)
由多能干细胞(pluripotent stem cells,PSCs)衍生的免疫活性类器官(immunocompetent organoids)与组装体(assembloids),在此统称为“免疫类器官(immunoids)”,正成为研究免疫-组织相互作用的重要人类模型。跨器官系统的进展现包括将成熟与未成熟免疫细胞群整合到多种类器官类型中、多谱系分化以及内源性免疫共发育。制定免疫类器官构建标准对于改进生理学建模和临床转化至关重要。未来几年,随着这些平台日趋成熟,免疫类器官有望通过增进研究人员对人类发育、疾病机制和治疗反应的理解来变革研究,并成为精准医学的基石。传统上,研究人员依赖动物模型研究人
来源:Cell Stem Cell
时间:2026-09-25
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RNA疗法:可成药功能性RNA、优化策略与递送系统的研究进展及未来方向
基于RNA的疗法(RNA-based therapeutics)通过引入一种与传统疗法截然不同的视角,推动了药物发现与设计。RNA不仅是蛋白质的上游分子(编码RNA),也是庞大而复杂调控网络(非编码RNA)的功能组分,参与维持多种生物学过程与机制。功能基因组学(functional genomics)的最新进展加速了具有明确功能的RNA的鉴定,以及这些RNA在诊断和治疗策略中的应用,而这类应用此前颇具挑战性。RNA分子可通过其序列和/或结构动态调控基因功能。因此,RNA疗法为功能缺失性(loss-of-function)和功能获得性(gain-of-function)干预提供了不同策略。本综述
来源:Signal Transduction and Targeted Therapy
时间:2026-09-25
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基于人工智能的群体规模单细胞数据解析阿尔茨海默病表型
阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)的复杂性表现为多样的临床表型,包括认知障碍和神经精神症状。然而,这些表型的病因仍不清楚。为解决这一问题,PsychAD项目生成了一份群体规模的单核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing, snRNA-seq)数据集,包含来自超过1000个人脑前额叶皮层(prefrontal cortex)的超过600万个细胞核,覆盖多种疾病表型。在此,利用该数据集,研究人员开发了一个名为Phenotype Associated Single Cell encoder(PASCode)的计算框架,用于对单细胞表型关联进
来源:Nature Medicine
时间:2026-09-25
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人类面部多样性背后的细胞类型与顺式调控元件多模态图谱
人类遗传多样性产生极为丰富的面部形态,颅面异常是最常见的出生缺陷之一。识别介导基因组影响面部变异的细胞机制仍是挑战。研究人员构建了胚胎第6–11周的面部分辨率多模态图谱,提供单细包转录组、染色质可及性与空间转录组学(均为单细胞分辨率)。研究人员刻画了56种细胞状态,绘制间充质亚群及其基因–增强子顺式调控景观的时空分布。面部性状的基因表达关联在早期间充质祖细胞中最强,随后逐渐变得更区域受限。自相关分析揭示定义间充质空间邻域的图式基因,可解释其附近变异的性状特异性。关键病理相关基因的增强子可能是现代人群面部变异的载体。其中一个与PAX1表达相连的增强子在小鼠正常骨骼发育中具重要作用。基于全基因组关
来源:Nature Genetics
时间:2026-09-25
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MOSHPIT:在QIIME 2框架上实现可访问、可复现的宏基因组数据科学
宏基因组测序彻底改变了不同生态系统中功能微生物组分析,但面临诸多技术障碍。研究人员介绍了MOSHPIT(模块化鸟枪法宏基因组流程与集成溯源追踪,MOdular SHotgun metagenome Pipelines with Integrated provenance Tracking;https://moshpit.qiime2.org)——一种基于QIIME 2/rachis框架(Q2F)构建的软件,整合了经过CAMI II和LEMMI验证的一流宏基因组工具,具有强大的溯源追踪和多种用户界面,使各专业水平的研究人员都能进行简化的、可复现的宏基因组分析。通过基于Q2F,MOSHPIT增强了
来源:Cell Genomics
时间:2026-09-25
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基于几何深度学习与元学习的零样本蛋白质进化框架unZipro——以最小筛选实现高效蛋白质工程
尽管近年来取得了显著进展,但当前基于人工智能的蛋白质工程方法往往受限于迭代实验验证、成功率有限、改进幅度有限和/或高计算成本。此外,它们在植物蛋白进化中的实用性仍未被探索。研究人员在此提出unZipro,一种高效、可扩展且可泛化的零样本(zero-shot)计算机模拟(in silico)蛋白质进化框架。unZipro整合了一个紧凑的预训练逆向折叠模型与元学习(meta-learning),以推导家族特异性适应度景观。研究人员证明了unZipro能够直接从最小文库(约10个候选)中识别高活性变体,在九个不同蛋白质上平均成功率为61%,并实现T5E-CasΦ2融合变体的基因编辑活性高达28倍的提
来源:Molecular Cell
时间:2026-09-25
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ResolVI:空间转录组学中纠正分子错配与噪声偏差的概率建模框架
高通量、完整组织切片且具有高空间分辨率的RNA表达估计技术(空间转录组学,spatial transcriptomics)为理解细胞通讯及组织功能提供了新视角。分析亚细胞分辨率空间转录组学技术所产生数据的基本步骤是定量分析,即将平面分割为若干区域,每个区域近似对应一个细胞,然后汇总各区域内的分子以估计细胞表达谱。尽管该领域已取得诸多进展,分子被错误分配到细胞的问题依然存在,这限制了许多当前应用仅能局限于先验定义的细胞亚群层面,并使新细胞状态的发现复杂化。为此,研究人员开发了resolVI,一种在任何分割算法下游运行的模型,用于生成概率表示,纠正分子的错误分配以及批次效应和其他干扰因素。研究人员
来源:Nature Methods
时间:2026-09-25
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髓母细胞瘤染色质状态异质性揭示KDM2B作为Group 3/4选择性依赖因子
髓母细胞瘤(medulloblastoma)是一种具有高度生物学异质性的儿童小脑肿瘤,常伴随染色质修饰基因改变。这类改变如何促进维持恶性表型的转录程序,目前仍不清楚。为填补该知识空白,研究人员通过对组蛋白修饰与突变、DNA甲基化及转录组谱的多模态整合,评估了各髓母细胞瘤亚组的染色质状态。结果显示,二价/ poised 增强子(EnhBiv)状态在Group 3/4髓母细胞瘤的神经发育基因启动子处特异性富集。整合生物信息学结合染色质占据研究,识别出KDM2B在EnhBiv富集启动子处的异常结合。CRISPR介导的敲除或急性蛋白降解可选择性抑制体外与体内髓母细胞瘤模型生长。机制上,KDM2B促进P
来源:Nature Genetics
时间:2026-09-25
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DNA甲基化时钟GrimAge对应病毒抑制HIV感染者脑老化与社会健康决定因素
背景:基于DNA甲基化(DNA methylation, DNAm)的表观遗传时钟可测量生物衰老。较新的、对发病、死亡和纵向变化敏感的表观遗传时钟,尚未在病毒抑制的HIV感染者(people with HIV, PWH)与未感染HIV者(people without HIV, PWoH)中与脑健康生物标志物进行比较。方法:本病例对照研究受试者接受采血、脑MRI与神经心理测试。研究人员计算了四种DNAm表观遗传时钟:GrimAge(预测死亡)、PhenoAge(疾病敏感)、DunedinPACE(纵向变化)和DNAm端粒长度(DNAm-based telomere length, DNAmTL)
来源:eBioMedicine
时间:2026-09-25
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