• GenPTM：一种通用的蛋白质翻译后修饰信息抽取工具

  摘要背景蛋白质翻译后修饰（PTM）在细胞活动和生物过程中发挥着关键作用。尽管已有多个数据库整理了PTM信息，但大多数仅涵盖有限数量的修饰类型。虽然科学文献持续积累了大量与PTM相关的知识，但这些数据库并未定期更新。这一不断扩大的信息差距凸显了需要开发自动化信息抽取（IE）系统的紧迫性，这些系统能够直接从文献中识别被修饰的蛋白质及其特定的氨基酸位点。尽管科学文章中已报道了大量PTM，但现有工具大多仅针对少数特定修饰类型设计，而为每种PTM开发独立系统是不切实际的。方法为应对这一挑战，我们开发了GenPTM，一种通用且可适配的信息抽取工具，能够利用统一的文本表示策略从PubMed摘要中识别被修饰的

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2026-09-25

• 无载体精氨酸–地塞米松纳米平台通过生物催化重塑病理性耳蜗微环境防治噪声性听力损失

  摘要高强度噪声暴露通过机械损伤、离子稳态紊乱以及继发性氧化应激引起耳蜗损伤，最终导致噪声性听力损失（NIHL）。越来越多的证据表明，氧化应激不仅直接造成细胞损伤，还通过触发持续性炎症激活和破坏内源性一氧化氮（NO）生物催化调控，驱动耳蜗微环境的病理性重塑。然而，目前仅基于抗氧化剂或抗炎药物的治疗策略，无法同时恢复受损耳蜗内的炎症稳态和内源性催化调控。本研究通过一步超声辅助自组装策略，开发了一种无载体的精氨酸–地塞米松纳米平台（AD NPs），以实现病理性耳蜗微环境的生物催化重塑。通过整合地塞米松的抗炎活性与L-精氨酸作为内皮型一氧化氮合酶（eNOS）生理底物的功能，AD被设计为在支持内源性NO

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2026-09-25

• 综述：梭菌属物种在生物乙醇与生物柴油副产物高值化利用中的生物催化作用综述

  摘要**背景**全球向可持续能源系统的转型，极大激发了人们对生物精炼厂的关注，这类工厂能够将可再生原料和工业残余物转化为燃料和高附加值化学品。生物乙醇和生物柴油是全球最大的两大生物燃料产业，它们在生产过程中产生大量副产物——包括木质纤维素生物质、酒糟和粗甘油——这些副产物的高值化利用在经济和环境层面均面临严峻挑战。在此背景下，梭菌属（*Clostridium*）物种展现出极为卓越的生物催化多样性，能够同化从C1（CO?）到C6（葡萄糖）的多种碳源，并生产广泛适用于工业的化合物。尽管已取得相当大的进展，但对于梭菌基生物工艺如何整合到生物乙醇和生物柴油生物精炼厂中的全面评估——涵盖基质多样性、代谢

  来源：Biotechnology for Biofuels and Bioproducts

  时间：2026-09-25

• LRG-1联合炎症细胞因子对急性胆囊炎严重程度分层及预后评估的诊断价值

  摘要背景急性胆囊炎（AC）严重程度的准确分层及预后评估仍具有挑战性。富含亮氨酸的α-2糖蛋白-1（LRG-1）是一种炎症生物标志物，但其在评估AC严重程度中的作用尚未被研究。本研究旨在探讨LRG-1单独使用及联合炎症细胞因子（包括肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素（IL）-6和IL-10）的诊断和预后价值。方法本病例对照研究纳入了60例AC患者和30例健康对照组（HCs）。患者按严重程度分层（轻度、中度和重度）。采用酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测血清中LRG-1、TNF-α、IL-6和IL-10的水平。利用受试者工作特征（ROC）曲线评估其对AC严重程度和不良预后的诊断效能。采用

  来源：BMC Immunology

  时间：2026-09-25

• 综述：机器学习模型预测丙型肝炎病毒抗病毒治疗结局的系统综述

  ## 摘要### 背景尽管直接抗病毒药物（DAAs）疗效显著，但仍有一小部分丙型肝炎病毒（HCV）感染者出现治疗失败、复发、疗程不适当或治疗后恢复不完全等临床重要问题。机器学习有望通过整合临床、病毒学、基因组学及治疗相关数据来改善风险分层。### 方法本系统综述按照PRISMA指南进行，并在开放科学框架（Open Science Framework）上注册。检索了PubMed、Scopus和Web of Science数据库，检索时限为建库至2026年7月。纳入的研究开发或评估了用于预测HCV抗病毒治疗中持续病毒学应答（SVR）、治疗失败、复发、疗程长短或密切相关治疗结局的人工智能或机器学习模

  来源：European Journal of Medical Research

  时间：2026-09-25

• 基于分层跨注意力机制的多组学整合框架HCAM-BRCA用于乳腺癌亚型分类与生物标志物发现

  摘要背景整合多组学数据可以通过捕获mRNA、miRNA和DNA甲基化谱中的互补分子信息来改善乳腺癌亚型分类。然而，许多现有方法依赖于单组学或双组学整合，未显式建模跨分子层级的层级调控相互作用，从而限制了生物学可解释性和预测性能。方法在本研究中，我们提出了HCAM-BRCA，一种用于乳腺癌亚型分类和生物标志物发现的分层跨注意力多组学框架。所提出的架构利用模态特定的自注意力机制和跨注意力机制整合mRNA、miRNA和DNA甲基化数据，以同时捕获组学内部的特征依赖性和组学之间的调控关系。随后，所得到的低维嵌入表示通过多种机器学习分类器进行评估。结果在所有分类器中，HCAM-BRCA相较于RNA-mi

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2026-09-25

• 基于生物相容性溶致液晶前体的新型拉坦前列素眼药水：增强眼内压控制与视网膜神经节细胞保护

  青光眼是一组以视神经萎缩和视野缺损为特征的ocular diseases。病理性的眼内压(IOP)升高是其主要危险因素。持续的眼内压升高会导致筛板变形，压迫视网膜神经节细胞(RGC)轴突。这种压迫导致RGC丢失、视觉信号传导中断，最终造成视力丧失甚至失明。目前，青光眼主要通过局部滴注降眼压眼药水进行治疗，例如前列腺素类似物。然而，传统眼药水生物利用度低，需要频繁且长期使用，这进一步加剧了由防腐剂引起的干眼等不良药物反应。为克服这些局限性，研究者利用生物相容的甘油二油酸酯(GDO)和磷脂酰胆碱(SPC)，开发了一种新型的生物黏附性载拉坦前列素的溶致液晶(LAT-LLC)前体眼药水。当这些前体物质

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2026-09-25

• 基于重组人毛发角蛋白的无细胞3D打印软骨骨支架实现软骨骨缺损同步再生

  摘要软骨骨缺损（OCDs）的修复面临巨大挑战，原因在于软骨与软骨下骨在结构和再生能力上的显著差异。为实现软骨与骨的同步再生，我们基于重组人毛发角蛋白，结合光交联与3D打印技术，构建了无细胞软骨骨支架RK-C@GelMA。通过对17种重组角蛋白（RK）变体进行筛选，发现RK81具有最强的成骨活性，RK84具有最强的成软骨活性。将这些变体分别负载于骨相和软骨相中，以诱导骨髓间充质干细胞（BMSCs）的成骨和成软骨分化。体外实验表明，RK81@GelMA通过激活IL-17/MAPK信号通路，显著上调了成骨相关基因和蛋白的表达；而RK84@GelMA通过激活PI3K/Akt/mTOR通路，显著增加了成

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2026-09-25

• 建立用于嗜神经病毒抗病毒筛选的人体外血脑屏障模型

  摘要背景：嗜神经病毒（neurotropic viruses）感染中枢神经系统（central nervous system，CNS）会导致严重的神经学及长期并发症，包括永久性认知障碍。然而，对于许多此类嗜神经病毒，如蜱传脑炎病毒（tick-borne encephalitis virus，TBEV），尚无临床获批的抗病毒药物。血脑屏障（blood-brain barrier，BBB）既是嗜神经病毒的关键入侵门户，也是药物递送至大脑的屏障。为帮助识别可穿透BBB的抗病毒药物，研究人员建立了一种BBB渗透性抗病毒筛选检测方法（BBB-permeable antiviral screening a

  来源：Fluids and Barriers of the CNS

  时间：2026-09-25

• 坏死性筋膜炎患者入院乳酸/白蛋白比值与脓毒性休克的关联及白蛋白增量贡献分析

  摘要背景坏死性筋膜炎是一种快速进展的软组织感染，早期识别脓毒性休克高风险患者可为监测强度、重症监护病房分流及围手术期管理提供依据。乳酸/白蛋白比值作为急性疾病严重程度的简便复合标志物已引起关注，但其与确诊坏死性筋膜炎患者后续脓毒性休克之间的关联，以及更重要的是白蛋白成分是否在乳酸单独作用之外提供预后信息，目前尚不清楚。方法我们开展了一项回顾性单中心队列研究，纳入2015年1月至2025年1月间接受治疗的经手术和/或病理学确诊坏死性筋膜炎的成年患者。主要暴露指标为入院时乳酸/白蛋白比值（LAR），由首次实验室检查数据计算得出。主要本地结局指标为入院后经临床审定的院内新发脓毒性休克。采用多因素逻辑

  来源：European Journal of Medical Research

  时间：2026-09-25

• 母体与子代全基因组关联研究揭示C反应蛋白与妊娠期糖尿病存在有限的多基因关联

  背景：C反应蛋白(CRP)是公认的系统性炎症生物标志物。多项研究显示，孕期CRP升高与妊娠期糖尿病(GDM)相关。然而，孕早期CRP水平的遗传贡献及其与GDM的潜在关联仍未得到充分研究。未产妇妊娠结局研究：监测准妈妈(nuMoM2b)队列因其丰富的设计，包括孕早期生物样本、全基因组基因型数据以及多个祖先群体的详细临床结局，为探究这些问题提供了独特机会。结果：研究人员利用nuMoM2b队列中的母体(n = 4,326)和子代(n = 2,140)基因型，开展了孕早期CRP水平的全基因组关联研究(GWAS)。在nuMoM2b欧洲裔母体亚队列中，3个全基因组显著位点(CRP、LEPR和HNF1A)与

  来源：BMC Genomics

  时间：2026-09-25

• CADD-ThresholdApp：一种辅助 CADD 评分阈值选择的交互式工具

  摘要背景联合注释依赖性缺失（CADD）评分是目前使用最广泛的全基因组范围变异有害性评分方法之一。然而，在实际应用中，不同基因和基因集的CADD评分分布存在差异，而且同一基因组的多个版本以及不同版本的CADD评分也可能存在差别，这给在常规诊断中选择单一阈值以优先处理潜在致病性变异带来了挑战。结果我们推出了CADD-ThresholdApp这款交互式网络应用程序，它通过可视化ClinVar中临床分类变异的CADD评分分布，并报告与阈值相关的性能指标来辅助阈值选择。该应用程序支持跨基因组版本（GRCh37/GRCh38）和CADD版本（v1.6/v1.7）进行比较，同时支持用户自定义的基因和基因列表

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2026-09-25

• 叶酸一碳代谢不足作为椎间盘退变中可靶向的衰老相关代谢-表观遗传脆弱性及纳米治疗策略

  椎间盘退变（IVDD）越来越多地被确认为一种与衰老相关的疾病，其部分驱动因素是髓核细胞（NPC）的衰老，但维持这一状态的、对营养敏感的代谢缺陷仍知之甚少。本研究探讨了受损的叶酸介导的一碳代谢作为老年和退变椎间盘中的代谢-表观遗传脆弱性。多组学分析，包括空间代谢组学、转录组分析和单细胞分析，揭示在IVDD过程中叶酸相关代谢活性和甲基化相关潜力均出现协同性降低。功能性研究表明，叶酸剥夺会诱导NPCs发生DNA损伤、氧化应激、细胞周期进展受阻、线粒体功能障碍、细胞外基质失衡以及持续性的衰老相关表型，而补充叶酸仅能部分缓解这些现象。为靶向这一脆弱性，我们开发了FZCA，一种白蛋白组装的叶酸/锌掺杂碳点

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2026-09-25

• 全基因组测序在遗传病基因携带者筛查中的应用：从三级基因面板扩展中检出率的显著提升

  摘要背景基因携带者筛查在防止遗传病传播方面具有相当大的潜力。通过评估生殖风险，可以识别出无症状但携带可遗传给后代致病突变的个体。在本研究中，对参加NAGEN项目的1567名个体（398对夫妇）进行了全基因组测序（WGS）。参与者通过包含囊性纤维化、脆性X综合征和脊髓性肌萎缩症的"一级"生殖风险基因面板接受了机会性筛查。随后，对一组149名个体（74对夫妇）接受了辅助生殖治疗的人群使用"三级"扩展基因面板进行了分析，该面板包含美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）推荐的113个与常染色体隐性遗传和X连锁疾病相关的基因。结果"一级"分析在6%的个体中发现了致病突变，其中包括两对夫妇，双方均携带C

  来源：Human Genomics

  时间：2026-09-25

• 复发性急性胰腺炎预测模型的本地验证与复发事件负担分析：一项回顾性单中心队列研究

  摘要背景急性胰腺炎（AP）首次发作后，复发性急性胰腺炎（RAP）较为常见，但已发表的RAP模型多为推导研究，很少涉及复发事件负担问题。方法在本回顾性单中心队列研究中，我们纳入连续入组患者，其首次AP住院后的指数出院时间介于2018年1月1日至2021年10月31日之间，并在出院后36个月处（截至2024年10月31日）进行行政性截断随访。主要终点为出院后36个月内首次发生RAP；次要终点为RAP总发作次数，慢性胰腺炎（CP）进展以描述性方式总结。死亡记录为随访处置/删失信息。已发表的二分法列线图报告的四项预测因子被拟合为可重现的、来源知情的本地Cox比较模型。未评估未经修改的来源模型绝对风险。

  来源：European Journal of Medical Research

  时间：2026-09-25

• 嗜水气单胞菌中arnT基因在外膜稳态、粘菌素耐药性及毒力中的作用

  摘要嗜水气单胞菌 是一种广泛存在的动物源性水生病原体，由于其日益增加的抗药性和毒力，给水产养殖和公共卫生带来了日益严峻的挑战。arnT 基因主要被视为通过脂多糖修饰介导粘菌素耐药的因子。在本研究中，我们发现删除A. hydrophila 中的 arnT 会导致抗微生物耐药性、致病力和环境适应性方面的多种缺陷，这些缺陷与外膜稳态受损有关。与已知 ArnT 在脂蛋白 A 修饰中的作用一致，arnT 缺失导致脂蛋白 A 糖基化发生显著改变，这与粘菌素敏感性急剧增加（最低抑菌浓度从≥256 μg/mL 降至 1 μg/mL）以及本研究测试的其他几种抗生素敏感性增加相关。脂蛋白 A 分析显示，arnT

  来源：BMC Microbiology

  时间：2026-09-25

• lncRNA Seeker Hub：面向队列级别RNA-seq分析与lncRNA转录本手动重建的软件平台

  摘要背景长链非编码RNA（lncRNAs）由于表达量低、覆盖度不均匀以及剪接复杂，在自动化转录本组装流程中经常被遗漏。这些局限性在单个RNA-seq样本中转录证据表现为局部覆盖稀疏和剪接连接支持有限时尤为显著，但经过队列级别的数据聚合后，转录信号便变得可重复且可解释。现有的基因组浏览器如IGV、JBrowse和UCSC基因组浏览器虽然提供可视化功能，但缺乏对队列级别数据聚合和手动转录本重建的集成支持。结果我们提出了lncRNA Seeker Hub，一个面向队列级别RNA-seq分析的软件平台，集成了定向BAM聚合、具有二进制缓存功能的高性能Rust后端以及基于Bokeh的交互式可视化界面。该

  来源：BMC Bioinformatics

  时间：2026-09-25

• 高负载氯虫苯甲酰胺多晶型纳米晶体的开发及其结构-效能关系研究

  摘要全球粮食生产对合成农药的广泛依赖受到水溶性差和递送效率低的制约，导致大量非靶标流失和施用活性成分的利用效率低下。尽管纳米农药提供了潜在解决方案，但其载体制剂往往带来成本、复杂性和生态不确定性，这与可持续发展原则相悖。本文报道了一种最小化载体的范式，通过分子工程重新定义农药配方。我们合成了首个氯虫苯甲酰胺(CAP)的多晶型纳米晶体，具有高活性含量(92.6%非晶态，CAP NC-1；86.5%结晶态I型，CAP NC-2)。两种纳米晶体均显示出增强的溶解性、叶片润湿性和沉积性。我们证明粒径减小似乎对增强杀虫活性贡献更大，而不稳定的非晶态形式主要提高溶解度。转录组分析揭示两种纳米晶体配方之间存

  来源：Journal of Nanobiotechnology

  时间：2026-09-25

• 稀有与常见：德国北部泥炭地中Anopheles algeriensis与Anopheles claviger s.s.的栖息地适宜性和生态位分化受不同景观-天气相互作用塑造

  背景：泥炭地恢复（peatland rewetting）是减缓气候变化和保护生物多样性的高性价比策略，但其改变蚊虫物种组成和丰度的潜力对公共卫生和兽医健康具有影响。Anopheles algeriensis和Anopheles claviger s.s.广泛分布于欧洲湿地（包括泥炭地），但尽管它们具有媒介潜力，人们对其特定生态位和对恢复的响应仍缺乏了解。方法：研究人员在德国东北部一处低位泥炭地（fen peatland）景观中的15个位点，于连续两个季节每两周采样一次成蚊，并进行形态学鉴定。不属于Anopheles maculipennis复合体的按蚊样本进一步进行分子鉴定。采样点根据关键泥炭

  来源：Parasites & Vectors

  时间：2026-09-25

• 乳酸白蛋白比值作为脓毒症诱导心肌损伤患者死亡风险的独立预测因子的临床价值研究

  摘要背景脓毒症诱导的心肌损伤（SIMI）与高死亡率相关，但特异性预后指标仍然匮乏。乳酸白蛋白比值（LAR）整合了组织低灌注和全身性炎症的标记物，可能提供有价值的预后信息。本研究旨在评估LAR在SIMI患者中用于死亡风险分层的价值。方法 0.01 ng/mL。LAR计算为血清乳酸（mmol/L）除以血清白蛋白（g/dL），采用入ICU后24小时内首次测量的数据。根据LAR四分位数将患者分为四组。主要终点为28天全因死亡率；次要终点为90天死亡率。采用多变量Cox比例风险回归（报告风险比，HR）和Logistic回归（报告优势比，OR）评估LAR与死亡之间的关联。限制性立方样条、受试者工作特征曲线

  来源：BMC Immunology

  时间：2026-09-25

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