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  • 高效混合模型关联分析工具LDAK-KVIK:提升全基因组研究的计算性能与统计效能

    基因组研究的利器LDAK-KVIK横空出世!这个混合模型关联分析(Mixed-Model Association Analysis, MMAA)工具在计算性能和统计效能上都实现了重大突破。相比传统方法,它能以闪电般的速度完成分析——处理35万人的全基因组数据仅需不到10个CPU小时和5Gb内存,堪称"快如闪电"的计算能手。更令人振奋的是,在模拟数据测试中,LDAK-KVIK展现出惊人的稳定性,无论是同质还是异质数据集都能产生校准良好的检验统计量。当应用于真实世界数据时,其表现更是技压群雄:在UK Biobank的40个数量性状分析中,比经典线性回归多发现了16%的独立全基因组显著位点,完胜BO

    来源:Nature Genetics

    时间:2025-08-12

  • 肺炎中肺免疫应答的整合机制:从先天到适应性防御的协同作用

    肺炎作为全球疾病负担最重的下呼吸道感染,其严重程度本质上由宿主免疫应答决定。尽管呼吸道病原体无处不在,但肺炎的发生却相对罕见——这凸显了肺免疫系统的精妙防御机制。然而当防御失效时,肺炎可导致急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、败血症甚至死亡,幸存者还面临慢性肺病、心血管疾病等长期后遗症。更棘手的是,老年人和免疫缺陷人群对肺炎的易感性显著增加,而抗生素耐药性和新发呼吸道病毒(如SARS-CoV-2)的出现使得这一问题愈发严峻。在此背景下,深入理解肺免疫防御的整合机制成为解决临床困境的关键突破口。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述,系统阐述了肺脏如何协调

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • CD8 T细胞分化与检查点抑制剂应答的分子机制:癌症免疫治疗新靶点的探索

    在癌症免疫治疗领域,CD8 T细胞的功能状态直接决定着治疗效果。然而这些"抗癌战士"在长期作战中往往会陷入"精疲力尽"的状态,表现为效应功能下降和PD-1、TIM-3等抑制性受体高表达。这种被称为T细胞耗竭(T cell exhaustion)的现象严重制约了免疫治疗的疗效,成为当前肿瘤免疫研究亟待解决的关键科学问题。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述中,系统梳理了CD8 T细胞在慢性抗原刺激下的分化命运决定机制。通过整合单细胞测序、表观遗传分析和功能验证等关键技术,结合临床样本和动物模型研究,揭示了耗竭T细胞异质性亚群的分子特征及其对免疫检查点

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 先天与适应性免疫系统的双向通讯机制:记忆T细胞作为先天免疫新激活剂在感染防御与自身免疫中的双重作用

    免疫系统如同人体的精锐部队,其中先天免疫部队负责快速识别入侵者,而适应性免疫部队则能精准记住敌人特征。传统认知中,信息流动是单向的——先天免疫通过树突状细胞(DC)向T细胞传递敌情。但近年研究发现,记忆T细胞竟能"反客为主",在二次感染时直接激活先天免疫系统,这种双向通讯机制在防御病原体同时,也可能导致自身免疫疾病等严重后果。为揭示这一机制,研究人员在《Annual Review of Immunology》发表综述,系统解析了记忆T细胞作为"微生物替代信号"激活先天免疫的分子通路。研究采用多组学分析结合基因敲除模型,通过体外共培养实验、流式细胞术检测细胞亚群,以及临床样本分析(包括自身免疫病

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 工程化人源化小鼠模型:解码人类免疫系统的关键工具与疾病研究新范式

    免疫学研究长期面临一个根本性挑战:小鼠与人类免疫系统存在7000万年的进化分歧,导致两者在免疫细胞组成、抗菌反应和炎症基因特征上存在显著差异。这种物种屏障使得传统小鼠模型难以准确模拟人类免疫疾病和药物反应,尤其在HIV、疟疾等人类特异性病原体研究中几乎无法使用。更棘手的是,人类器官功能依赖于免疫细胞与非免疫组织细胞间的复杂互作,而现有模型缺乏这种人类微环境支持。为突破这些限制,研究人员在《Annual Review of Immunology》发表重要论文,系统阐述了工程化人源化小鼠模型的最新进展。通过移植人类CD34+造血干祖细胞(HSPCs)到经过基因改造的免疫缺陷小鼠体内,成功构建了携带

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 巨噬细胞分化与代谢适应在分枝杆菌感染中的组织特异性调控机制及临床意义

    在人类与病原体漫长的博弈史中,结核分枝杆菌(M. tuberculosis)以其独特的潜伏感染能力和组织嗜性持续威胁全球健康。这种古老病原体每年导致130万人死亡,更惊人的是全球约四分之一人口存在潜伏感染。巨噬细胞作为分枝杆菌的主要宿主细胞,其在不同组织中的分化状态和代谢适应能力直接决定了感染结局,但这一过程的调控机制始终是免疫学领域的重大谜题。研究人员通过整合多维组学分析和跨器官比较研究,系统揭示了分枝杆菌感染中巨噬细胞的组织特异性适应规律。研究发现肺泡巨噬细胞(AM)与皮肤巨噬细胞对分枝杆菌的响应存在显著差异,这种差异源于局部氧分压(pO2)、温度等物理因素的梯度变化。特别值得注意的是,结

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 先天免疫与非免疫细胞在肺损伤、炎症及修复中的交互作用机制研究

    肺部作为人体与外界环境直接接触的最大界面,每天要处理约100平方米的气体交换任务,同时抵御空气中病原体、颗粒物和毒素的侵袭。这种精密的平衡一旦被打破,就会引发从急性炎症到慢性纤维化等一系列病理过程。尽管过去对免疫反应和组织修复分别进行了大量研究,但二者在时空上的动态互作机制仍是未解之谜。特别是在COVID-19疫情中,为何有些患者能完全康复而另一些发展为"长新冠"肺纤维化?这个问题的答案可能就藏在免疫细胞与结构细胞的"对话"中。研究人员通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)、遗传谱系追踪和三维器官培养等技术,系统描绘了肺泡巨噬细胞(AMs)与肺泡上皮细胞(ATII)、间质细胞的互作网络

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • T细胞蛋白质合成与代谢的动态调控:从静息态到免疫激活的分子机制与免疫稳态意义

    在免疫系统与病原体的永恒博弈中,T淋巴细胞如同精准的特种部队,其快速克隆扩增和效应功能获取的能力直接决定免疫防御成败。然而这支"部队"的战斗力核心——蛋白质合成机器如何从静息的"待机状态"瞬间切换至"战时产能",长久以来是免疫代谢领域的黑箱。更令人困惑的是,当病原体清除后,这些细胞又如何精准关闭合成狂潮避免自身免疫损伤?这些问题的解答对理解感染防御、肿瘤免疫治疗和自身免疫疾病机制具有关键意义。研究人员通过整合定量质谱、CRISPR筛选和多组学分析,首次绘制了T细胞从静息到激活的全景式蛋白质合成调控图谱。研究发现静息T细胞通过基础水平的自噬和有限氨基酸转运体(如SLC1A5)维持生存必需蛋白的合

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 细胞死亡遗传调控新突破:自身炎症性疾病揭示的死亡程序与炎症级联机制

    在生命演化的漫长历程中,细胞死亡与免疫防御形成了精妙的平衡。当病原体入侵时,多细胞生物发展出了类似"自杀式攻击"的防御策略——通过程序性细胞死亡来触发局部或全身炎症反应。然而,这种看似原始的防御机制实际上蕴含着令人惊叹的分子精密性。近年对人类遗传学的研究颠覆了传统认知,揭示细胞死亡诱导的炎症是一个高度协调的复杂过程。当这一过程的调控出现遗传缺陷时,就会导致一系列被称为"细胞死亡先天错误"(IECDs)的自身炎症性疾病。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述,系统梳理了细胞死亡遗传调控的最新进展。研究通过整合患者基因数据、动物模型和分子机制研究,重点分

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 解码免疫生物学:通过先天性免疫缺陷揭示免疫系统的关键环路与调控机制

    免疫系统如同人体的精密防御网络,其复杂程度令人叹为观止。然而,当这个系统的某些组件出现故障时,就会导致先天性免疫缺陷(IEIs)——这些"自然的基因筛选实验"为我们打开了一扇理解免疫奥秘的独特窗口。在当代免疫学研究领域,一个重要挑战是如何整合约500种已知IEIs的分散发现,构建系统性的免疫环路理论框架。更关键的是,这些疾病表现出的表型常常出人意料,比如某些免疫分子缺陷仅导致特定病原体易感,而另一些则引发看似矛盾的免疫过度激活现象。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述,创新性地提出了"适应性快速防御武器库"模型。这项研究通过分析IEIs中受损的免疫

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 黏膜相关恒定T细胞(MAIT)的发育与功能:从微生物识别到组织修复的免疫调控新视角

    在人体免疫系统中,存在一类特殊的T细胞群体——黏膜相关恒定T细胞(MAIT细胞),它们就像驻扎在黏膜组织的"边防军",能够快速识别细菌产生的维生素B2代谢产物。这类细胞在人体外周血T细胞中占比高达10%,却长期被科学界忽视。随着研究的深入,科学家们发现MAIT细胞不仅参与抗感染防御,还在组织修复和免疫调节中扮演关键角色,但其发育过程、功能调控机制以及在疾病治疗中的应用潜力仍有诸多未解之谜。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述,系统梳理了MAIT细胞研究领域的最新进展。研究团队采用多学科交叉的研究策略,包括:1)利用MR1:5-OP-RU四聚体技术进

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 杯状细胞与黏液功能的免疫调控:健康与疾病中的黏膜屏障防御机制

    在人体与外界环境接触的"前沿阵地"——黏膜表面,一场无声的防御战每天都在上演。作为人体最脆弱的部位,黏膜表面仅由单层或多层上皮细胞组成,却要面对无数病原体的侵袭。这里的第一道防线就是由特殊杯状细胞(GCs)分泌的黏液系统,它们像"生物混凝土"一样构筑起物理屏障。然而当这道防线出现漏洞时,肠道炎症和肺部疾病就会接踵而至。科学家们发现,黏液屏障的完整性与其说是简单的物理阻隔,不如说是免疫系统精密调控的动态平衡——这正是当前黏膜免疫研究中最令人着迷的科学问题。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的这项系统综述,首次全面阐述了免疫系统如何像"交响乐指挥"般协调杯状细

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 人源化小鼠系统研究病毒感染:免疫学研究的新纪元与突破

    病毒与人类免疫系统的博弈始终是医学界的核心课题。传统小鼠模型因物种限制无法模拟人类特异性病毒(如HIV、EBV)的感染过程,导致疫苗和药物研发屡屡受挫。更棘手的是,呼吸道病毒如SARS-CoV-2和RSV需要人类肺上皮细胞作为靶点,而普通小鼠缺乏这类细胞。这些瓶颈催生了人源化小鼠系统的革新——通过将人类免疫细胞或器官移植至免疫缺陷小鼠体内,构建"人类免疫系统的小型化身"。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的综述系统梳理了该领域30年进展。他们采用多种关键技术:移植人类CD34+造血干细胞构建免疫系统(hu-CD34 transplant),通过肾包膜下植入

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • TNF/TNFR超家族成员在T细胞应答共刺激中的作用机制及免疫治疗新进展

    在免疫学领域,T细胞如何获得持久的抗肿瘤和抗病毒能力一直是核心科学问题。尽管已知TCR(T细胞受体)信号(signal 1)、CD28共刺激(signal 2)和细胞因子信号(signal 3)是T细胞激活的经典途径,但近年研究发现TNF/TNFR超家族成员在T细胞扩增和记忆形成中扮演着不可替代的角色。特别是在慢性病毒感染和肿瘤微环境中,这些分子通过独特的"信号4"机制调控T细胞命运,但其时空动态规律和临床应用仍存在重大知识空白。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的综述中,系统梳理了4-1BB、CD27、GITR和OX40等TNFRSF成员的最新研究进展。

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 人类免疫系统小鼠模型中T细胞发育与应答机制研究及其在免疫治疗中的应用

    免疫学研究长期面临动物模型与人类免疫系统存在显著差异的困境。啮齿类模型因进化距离难以完全模拟人类免疫特征,而非人灵长类模型又面临伦理和成本限制。这一瓶颈严重制约了艾滋病、自身免疫病等重大疾病的机制研究和治疗开发。为此,科学家们开创性地构建了人源化免疫系统(Human Immune System, HIS)小鼠模型,为在活体环境中研究人类免疫反应提供了革命性工具。哈佛医学院的研究团队在《Annual Review of Immunology》发表综述,系统总结了近40年HIS小鼠模型的发展历程。研究通过对比PBMC-HIS、HU/HU(BLT)、SW/HU和PI等模型(表1),首次建立了基于胸腺

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 古DNA解码人类免疫系统演化历程:从尼安德特人基因渗入到现代疾病易感性

    人类免疫系统的演化历程始终与病原体的选择压力紧密交织。随着测序技术的突破,古DNA研究正以前所未有的时间分辨率揭示这一动态过程。现代人类在走出非洲过程中与尼安德特人、丹尼索瓦人等古人类的基因交流,以及农业革命、城市人口聚集等重大社会转型,都在人类基因组中留下了深刻的免疫适应印记。然而,这些古老基因如何影响当代人群的疾病易感性?流行病转型期的选择压力如何重塑免疫相关基因?这些问题亟待系统解答。研究人员通过整合高通量古基因组测序、群体遗传学分析和功能基因组学技术,对全球范围内230例古代欧亚人样本进行全基因组测序,结合现代人群GWAS数据库和单细胞转录组数据。研究特别关注了来自伦敦、丹麦等地的黑死

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • SARS-CoV-2进化与宿主免疫的博弈:变异株逃逸机制与疫苗设计新策略

    新冠病毒(SARS-CoV-2)的持续流行给全球公共卫生带来巨大挑战。随着病毒不断进化,Alpha、Delta到Omicron等变异株相继出现,这些"超级变异体"不仅传播力增强,更通过刺突蛋白(Spike)的突变逃逸疫苗诱导的中和抗体,使得防控难度倍增。为什么新冠病毒能如此快速地进化?宿主免疫系统如何应对?这些问题成为当前研究的焦点。研究人员在《Annual Review of Immunology》发表的重要综述,系统梳理了SARS-CoV-2与宿主免疫系统的博弈历程。研究发现,病毒进化呈现明显的阶段性特征:早期以提升传播力为主(如D614G和N501Y突变),后期转向免疫逃逸(如Omicr

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 从细胞因子到结核病:免疫应答调控的探索之旅及其在感染性疾病中的意义

    免疫系统如何应对感染一直是生命科学领域的核心问题。在众多病原体中,结核分枝杆菌引起的结核病每年导致125万人死亡,但为何有些人感染后发病而多数人保持健康状态仍不清楚。与此同时,免疫系统中的关键调节因子——细胞因子网络如何协调保护性免疫与病理损伤的平衡,也是亟待解答的科学难题。英国医学研究委员会国家医学研究所(National Institute for Medical Research, NIMR)和DNAX分子与细胞生物学研究所的研究人员通过数十年的系统性研究,在《Annual Review of Immunology》发表了他们的发现。研究团队首先建立了抗原特异性T细胞分化模型,利用DO1

    来源:Annual Review of Immunology

    时间:2025-08-12

  • 母乳喂养与乳源抗性组共同塑造婴儿肠道菌群中抗生素抗性基因的定植与传播

    这项突破性研究揭示了母乳喂养如何通过"双重通道"影响婴儿肠道菌群:不仅输送营养物质,更传递着乳源抗性组(milk resistome)的关键组分。研究人员采用高通量宏基因组测序技术,在母婴配对样本中发现母乳中含有丰富的β-内酰胺类抗性基因(blaTEM等),这些基因能通过垂直传播在婴儿肠道形成稳定定植。有趣的是,母乳中的乳铁蛋白(lactoferrin)和低聚糖(HMOs)等活性成分可能通过抑制条件致病菌生长,间接筛选出特定的抗性基因谱系。研究还观察到,配方奶粉喂养婴儿的肠道菌群中移动遗传元件(MGEs)丰度显著增高,暗示着水平基因转移(HGT)风险增加。这些发现为理解早期生命阶段抗生素耐药性

    来源:Gut Microbes

    时间:2025-08-12

  • 小鼠肠道菌群与胆汁酸组成的性别差异及其在肠肝循环中的生理意义

    微生物多样性沿肠道呈现性别特异性分布沿小鼠消化道分布的黏膜菌群分析显示,雄性从十二指肠到结肠均表现出更高的细菌丰富度(ASV计数增加)。β多样性分析揭示性别和肠道区域共同塑造菌群结构:雄性小肠富集Lachnospiraceae(已知BA代谢菌),而雌性则更多携带双歧杆菌(Bifidobacterium)和乳杆菌(Lactobacillus)。值得注意的是,肠道长度和转运时间等生理参数无性别差异,排除了这些因素对菌群分化的影响。胆汁酸修饰潜能存在性别偏好通过PICRUSt2功能预测发现,胆汁盐水解酶(bsh)、7α-羟基类固醇脱氢酶(hdhA)和baiN基因的丰度具有区段特异性。雄性小鼠在整个肠

    来源:Gut Microbes

    时间:2025-08-12


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