• 一种从蛋白质组数据中更高效提取肾细胞癌蛋白质特征的新方法

  在这项研究中，我们利用无标记数据独立采集（DIA）技术结合液相色谱-质谱（LC-MS）方法，对261例肾细胞癌（RCC）和195例正常邻近组织（NAT）进行了蛋白质组学分析。其中，RCC肿瘤包括48例非透明细胞肾细胞癌（non-ccRCC）和213例透明细胞肾细胞癌（ccRCC）。共鉴定出219,740个肽段和11,943个蛋白质组，平均每个样本包含9,787个蛋白质组。我们采用综合方法筛选出具有不同突变的代表性样本，同时考虑了组织病理学特征、免疫学特征、甲基化状态以及基于非负矩阵分解（NMF）的亚型分类，并结合临床特征（性别、分级和分期），以全面反映ccRCC肿瘤的复杂性和多样性。我们发现了

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 通过靶向蛋白质组学与全局蛋白质组学方法研究人类肝脏和肠道中临床相关药物代谢水解酶的蛋白质丰度：一项比较研究

  虽然细胞色素P450酶和UDP-葡萄糖醛酸转移酶在药物代谢中起主导作用，但水解酶也逐渐成为小分子以及抗体-药物结合物或肽-寡核苷酸结合物代谢的关键参与者。尽管水解酶非常重要，但它们在不同组织中的蛋白水平及其个体间的差异仍不甚明了。尽管靶向蛋白质组学在定量少量蛋白质时具有高选择性和准确性，但基于总蛋白质分析（TPA）的蛋白质组学方法在多重蛋白质定量方面表现出更优越的优势。我们对靶向蛋白质组学和基于TPA的蛋白质组学方法进行了对比研究，以测定人肝和肠S9组分中的12种临床相关水解酶（每种组分为5个样本）。基于TPA的全局蛋白质组学方法具有更高的精确度（变异系数 BPHL ∼ CES1。本研究强调了

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 通过基因组学和蛋白质组学方法鉴定和验证五种蓝细菌中由SmORF编码的肽

  小开放阅读框（smORFs）及其编码的肽（SEPs）现在被视为与经典基因和蛋白质同样重要的组成部分。在蓝细菌中，SEPs最初被认为与光合作用有关，后来发现它们还参与调节新陈代谢和应激反应。然而，在模式蓝细菌中，SEPs尚未被全面鉴定。在这里，我们利用基因组学和蛋白质组学方法在五种蓝细菌中鉴定并验证了SEPs的存在。我们将数据库中的已知SEPs与基于基因组的预测结果相结合，构建了一个完整的数据集。总体而言，SEPs在氨基酸频率和密码子偏好方面与经典蛋白质具有相似特征，并且也表现出进化特性，如物种内的同源基因以及跨物种的保守性。研究发现，大多数SEPs与光合作用、核糖体蛋白和原核生物防御系统相关。

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 基于XGBoost和质谱的特征选择方法，用于识别与HBV相关肝病进展及肝细胞癌治疗相关的代谢生物标志物

  XGBoost是一种梯度提升算法，在多类分类任务中以其高效性和鲁棒性而广受认可。代谢组学是发现生物标志物的强大工具；然而，与慢性乙型肝炎（CHB）进展为肝硬化（LC）和肝细胞癌（HCC）相关的代谢生物标志物，以及与HCC治疗效果相关的生物标志物，目前仍不明确。在这项研究中，采用基于XGBoost的机器学习方法结合质谱技术，分析了30名健康对照组（HC）、29名CHB患者、30名LC患者、30名HCC患者和30名HCCAT患者的代谢谱型。通过三项比较分析进行了生物标志物筛选：（1）HC、CHB、LC、HCC和HCCAT；（2）HC、CHB、LC和HCC；（3）HC、HCC和HCCAT。共鉴定出1

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 利用蛋白质组学方法对来自肝S9的胰岛素及其代谢物中的二硫键进行全面表征

  二硫键对于治疗性肽（TPPs）的结构和功能完整性至关重要。然而，由于样品制备过程中二硫键的重组，准确绘制TPPs中的二硫键仍然具有挑战性。此外，识别含有二硫键的TPP代谢物对于临床前和临床开发也非常重要。然而，现有的代谢物识别软件只能识别具有天然二硫键的代谢物，尽管有证据表明代谢物中存在非天然二硫键。这凸显了开发一种全面分析TPP代谢物策略的必要性。在这项研究中，基于pLink软件的蛋白质组学策略被用于表征大鼠肝脏S9中的胰岛素及其代谢物中的二硫键。通过0°C下的消化处理以及随后的液相色谱-高分辨率质谱（LC-HRMS）分析，所有胰岛素的二硫键都被成功识别，且没有发生二硫键的重组。对于其代谢物

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 通过基于呋喃的蛋白质生物素化技术对细胞表面组进行谱分析

  细胞表面蛋白组在维持细胞稳态和细胞间通讯中起着至关重要的作用。这些蛋白不仅作为受体、转运蛋白和酶，还参与细胞黏附、信号传导以及病原体识别等关键过程。由于膜蛋白的疏水性质和低丰度，它们在基于质谱的蛋白组学研究中常常被低估。为了解决这一问题，本研究提出了一种利用呋喃化学的新方法，用于细胞表面蛋白组的分析。通过合成六种呋喃-生物素化合物（FB1-FB6），并验证其与赖氨酸和半胱氨酸的反应能力，我们发现当呋喃被氧化激活后，FB1在细胞表面蛋白标记方面表现出最高的染色强度和特异性。进一步的生物素化蛋白拉下实验表明，FB1在富集细胞表面蛋白方面比使用N-羟基琥珀酰亚胺酯（NHS）生物素的方法更高效，并且能

  来源：Journal of Proteome Research

  时间：2025-10-23

• 肝素硫酸盐中3-O-硫酸化结构定量分析方法的建立及其在大鼠器官分布研究中的应用

  肝素硫酸盐（heparan sulfate, HS）广泛存在于大多数动物细胞表面和细胞外基质中，通过其链上多样化的硫酸化模式特异性结合各种功能蛋白来调控生理过程。其中葡萄糖胺残基的3-O-硫酸化（3S）结构被认为是决定蛋白结合特异性的关键修饰，但由于其含量极低（属于罕见修饰），导致分析困难且生理功能难以阐明。研究团队建立了通过高效液相色谱（HPLC）分离定量肝素硫酸盐13种组分（包括5种3S组分）的通用方法。为解决常规分析中标准品制备难题，开发了可大量稳定制备的HS13标准品，经肝素裂解酶消化后可获得13种组分的标准混合物。应用该技术对大鼠多器官来源的肝素硫酸盐进行组分分析，成功量化了生物样本

  来源：Glycobiology

  时间：2025-10-23

• 基于TRPV1生物传感平台的生物学校准定量辣度测量新方法

  Highlight材料与试剂以下试剂购自相应供应商：丝网印刷电极（SPE, 110SWCNT）（Metrohm DropSens公司）；聚氯乙烯（PVC）、钙离子载体II、四[3,5-双(三氟甲基)苯基]硼酸钠（Na-TFPB）、癸二酸二辛酯（DOS）、四氢呋喃、细胞松弛素B、HC-030031、DiI荧光染料、多聚赖氨酸（PDL）等。TRPV1激活与伤害性行为的关联性为评估辣椒素诱发辣度的生物学相关性，我们对表达TRPV1通道的背根神经节（DRG）初级感觉神经元进行钙成像。随着辣椒素浓度增加，细胞内钙峰值水平呈现剂量依赖性升高，激活阈值约0.01 μM，饱和点为1 μM（图2A左）。反应曲线

  来源：Biosensors and Bioelectronics

  时间：2025-10-23

• 综述：加速适应性实验室进化：进化生物技术的工具

  Abstract适应性实验室进化（ALE）是一种通过利用受控环境中自然选择原理来增强微生物特性的强大策略。它已在多种生物体中实现了微生物生长、胁迫耐受性和产物产量的显著进步，同时为进化机制提供了见解。然而，传统的ALE工作流程耗时且资源密集，依赖于长时间的培养以使有益突变出现并在群体中保持。为了改进这一点，一系列进化工程工具被开发出来，通过提高进化菌株的突变率和遗传多样性来加速ALE。本综述探讨了塑造ALE的核心参数，如选择压力、传代方法和传代规模，并全面概述了既有的和新兴的加速方法。这些技术根据便携性（在不同微生物中的适用性）、基因组靶向性（诱变的特异性）和可靠性（最小的脱靶突变和突变可重复

  来源：Biotechnology Advances

  时间：2025-10-23

• 基于数字PCR的污水监测新方法：追踪SARS-CoV-2变异株的年度研究及其与临床和GISAID数据的比较

  ABSTRACT污水检测可用于监测社区中的SARS-CoV-2感染。基于PCR的污水检测数据通常在排泄物和其他体液进入下水道后5-7天内可供公共卫生部门使用。虽然PCR方法可以准确检测和定量SARS-CoV-2，但区分变异株通常需要基于测序的方法，这会延迟结果并增加过程成本。我们开发并评估了一种新颖的、可定制的基于数字PCR（dPCR）的SARS-CoV-2变异株污水检测基因分型方法，该方法比测序更具成本效益、更快速且更易于推广。此方法应用于2023年4月至2024年5月期间从六个州收集的1,400多份污水样本，结果与同期临床数据一起显示在公共仪表板上。基于污水的dPCR方法有效检测了新兴变异

  来源：mSystems

  时间：2025-10-23

• 基于mRNA技术的OC43冠状病毒疫苗研发及其跨亚属交叉保护作用研究

  ABSTRACT普通感冒冠状病毒如OC43和HKU1通常在健康人群中引起轻度呼吸道感染，但在免疫功能低下者和老年人中可能导致严重疾病。目前尚无临床批准的疫苗用于预防普通感冒冠状病毒感染。本研究开发了一种表达源自OC43冠状病毒的稳定化刺突蛋白的mRNA疫苗，并在C57BL/6小鼠的不同攻击模型中测试其效力。这种新型OC43疫苗不仅引发了OC43特异性免疫反应，还产生了针对其他Embecovirus（包括HKU1和小鼠肝炎病毒MHV-A59）的交叉反应性免疫反应。有趣的是，该疫苗不仅能保护小鼠免受致死性OC43感染，还能对抗远缘的Embecovirus——MHV-A59。这些发现为普通感冒冠状病

  来源：Journal of Virology

  时间：2025-10-23

• 静电纺丝网状电极推动纸基核酸检测技术发展

  核酸（nucleic acid）检测是现代诊断技术的核心环节，然而标准的聚合酶链式反应（PCR）和荧光检测法不仅成本高昂，还严重依赖大型仪器设备。纸基电化学设备（e-PADs）虽能提供低成本、便携式的替代方案，但其电极结构设计存在明显局限。新兴技术平台FiberSens通过静电纺丝（electrospun）网状电极的创新应用，成功规避了复杂的生物功能化步骤，为分散式医疗、兽医诊断及环境监测领域提供了一种兼具临床适用性与可扩展性的解决方案。

  来源：TRENDS IN Chemistry

  时间：2025-10-23

• 基于智能手表心电信号的心血管年龄评估新方法：实现高精度隐私保护的年龄估计

  在数字化时代浪潮中，在线年龄验证已成为保护未成年人免受不当内容侵害的关键技术。当前主流的身份验证、人脸识别和数据库查询等方法，不仅存在隐私泄露风险，还容易受到伪造和欺骗。特别是在新冠疫情后在线交易激增的背景下，开发既安全又尊重隐私的年龄验证机制显得尤为迫切。传统年龄验证方法面临多重挑战：身份证件容易伪造，人脸识别受光照、肤色等因素影响且存在隐私担忧，数据库查询则需要收集大量个人信息。这些问题促使研究人员转向生物特征识别技术，其中基于心电信号(ECG)的年龄估计因其固有的生理特性和实时活性检测能力而展现出独特优势。然而，此前大多数ECG年龄估计研究都依赖于医院级12导联心电图设备，这种设备笨重昂

  来源：npj Biomedical Innovations

  时间：2025-10-23

• 辅助生殖技术子代BRCA1/NBR2区域DNA甲基化模式的纵向研究揭示潜在表观遗传特征

  辅助生殖技术子代BRCA1/NBR2区域DNA甲基化模式的纵向研究引言近年来研究发现，辅助生殖技术（ART）新生儿出生时DNA甲基化（DNAm）谱与自然受孕新生儿存在显著差异。特别值得注意的是，Håberg等学者通过大规模表观基因组关联研究，在ART新生儿脐带血中发现BRCA1/NBR2双向启动子区域存在多个高甲基化CpG位点。由于BRCA1是早发性乳腺癌和卵巢肿瘤的易感基因，该发现可能具有重要的健康意义。然而，这种甲基化差异是否会持续到出生后阶段尚不明确。既往针对儿童期（8-10岁）和成年期（22-35岁）的研究并未在BRCA1/NBR2区域发现显著差异。为阐明此问题，本研究利用挪威母亲、父

  来源：Epigenetics

  时间：2025-10-23

• 水生植物水车前整合C4-NAD-ME亚型、CAM及碳酸氢盐利用机制的单细胞光合创新模型

  摘要淡水单子叶植物水车前（Ottelia alismoides）被发现是唯一已知同时拥有三种碳浓缩机制（CCM）的物种：包括构成型C4光合作用、碳酸氢盐利用以及无机碳限制条件下诱导的兼性CAM。该研究通过酶活性分析、转录组学、蛋白质组学和13C标记等技术，揭示了这些机制在无花环解剖结构下的整合方式与调控原理。植物培养与处理实验采用来自中国武汉东湖的水车前种子，在高低不同CO2浓度（HC和LC）条件下进行培养。低碳条件（LC）通过植物光合作用消耗CO2，使pH值昼夜波动在8.5至9.9之间，CO2浓度夜间平均为3.3 μM，白天为0.8 μM。高碳条件（HC）则通过CO2曝气将pH维持在6.5–

  来源：New Phytologist

  时间：2025-10-23

• 基于MnO2介导荧光恢复的橙色碳量子点选择性检测谷胱甘肽新方法

  具有抗氧化、解毒和抗炎功能的谷胱甘肽（Glutathione, GSH）在生物医学领域需要快速可靠的检测方法。本研究采用水热法以中性红和硫脲为前驱体，成功制备出发射橙色荧光的碳量子点（Orange-Emitting Carbon Quantum Dots, O-CQDs）。该O-CQDs在紫外光激发下可于600 nm处产生强烈橙色荧光，有效降低了生物样本中自发荧光的干扰。通过高锰酸钾（KMnO4）原位生成二氧化锰（MnO2）可高效淬灭O-CQDs的荧光。当加入GSH后，其能够将MnO2还原为Mn2+，通过氧化还原驱动的"关-开"机制恢复荧光。该方法展现出高选择性和抗干扰能力。O-CQDs的量子

  来源：Journal of Fluorescence

  时间：2025-10-23

• 基于计算质谱技术的欧洲鹅膏菌亚科Phalloideae族环肽组（Cyclopeptidome）的重新评估

  本研究采用了一种先进的代谢组学工作流程，该流程结合了专家知识定制的质量谱查询技术和多信息分子网络分析方法，用于分析属于Phalloideae亚科的法国Amanita物种的DNA条形码数据库。研究旨在明确这些蘑菇中的毒素含量，重点关注A. virosa与A. amerivirosa之间的化学差异（这两种蘑菇目前缺乏先进的分析数据）。研究证实A. amerivirosa无法产生α-amanitin毒素，但发现它可以合成amaninamide毒素，并首次对其进行了定量分析。通过对ama-、phallo-和virotoxins相关质谱（MS/MS）碎片模式的详细分析，开发出了可互操作的MassQL查询

  来源：Journal of Natural Products

  时间：2025-10-23

• 解码米胚乳层的香气特征：一种分子感官学方法

  米胚乳层含有麸皮中的大部分营养成分和生物活性化合物。此外，由于其丰富的香气成分，该层具有强烈的香气特征。尽管人们越来越关注将其重新用作食品原料，但胚乳的香气成分尚未得到充分研究。本研究采用了溶剂辅助的风味蒸发和香气提取物稀释分析方法，鉴定出胚乳层中的30种具有香气的化合物。其中，2-乙酰-1-吡咯啉（2-AP）的风味稀释因子（FD）最高，达到4096。通过内标曲线测定了22种FD≥2的香气成分的浓度。根据淀粉的香气阈值计算香气活性值（OAV），发现13种成分的OAV≥1，其中2-AP的OAV最高，为11948。3-戊烯-2-醇是首次在米中被发现的香气成分。香气重组模型与原始样品的相似度很高（感

  来源：Journal of Agricultural and Food Chemistry

  时间：2025-10-23

• 打破灵敏度与便捷性之间的权衡：一种基于骆驼科动物HCAb的免疫测定方法，用于检测食品中的多重抗生素增效剂，同时实现最小化的预处理步骤

  传统抗体（ConAbs）在食品基质或目标提取试剂中的不稳定性常常限制了免疫测定的便利性和灵敏度。在这项研究中，羊驼被注射了水溶性佐剂以产生针对抗菌协同剂（ASGs）的重链抗体（HCAbs）。与ConAb C5相比，HCAb H5在恶劣条件下（63°C、pH 3.0–11.0、6.0 mol L–180%，IC50变化<2倍）。基于H5的间接竞争性ELISA（icELISA）对三甲氧嘧啶（TMP）、二甲氧嘧啶（DVD）、奥美托嘧啶（OMP）和巴基洛嘧啶（BQP）的IC50值分别为1.24、1.44、1.60和2.11 μg L–1，交叉反应率分别为100%、86.3%、77.7%和56%。样品制

  来源：Journal of Agricultural and Food Chemistry

  时间：2025-10-23

• 基于转录组学预测代谢偏好的数据驱动方法：代谢特征与基因表达谱的整合分析

  在生命科学研究中，离体模型系统如细胞培养和离体器官灌注被广泛应用，但这些系统缺乏体内复杂的代谢网络支持。哺乳动物体内各器官通过精细的代谢分工和代谢物交换维持能量稳态，而离体系统则需要外源性代谢底物管理。不当的代谢支持会导致细胞应激、非生理性行为，进而影响研究结果的临床转化性。因此，了解组织和细胞在体内的特异性代谢偏好，对于优化离体实验条件至关重要。然而，体内器官和细胞特异性代谢偏好的研究仍不充分，部分原因是获取生理状态下代谢通量数据的技术挑战。动静脉（AV）采样虽然能够捕获全器官水平的代谢通量，但该方法技术难度大，且不适用于简化的实验模型。因此，寻找能够通过常规分析技术测量的代谢替代标志物具有

  来源：Biochemistry and Biophysics Reports

  时间：2025-10-23

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