• GenRepAI：利用人工智能识别基因组后缀树中的重复序列

  背景：人类基因组中密集分布着重复 DNA 序列，这些序列在基因组功能和结构中发挥关键作用，但也与 40 多种人类疾病有关。由于基因组的复杂性和庞大体积，识别和表征这些重复序列面临巨大计算挑战，传统算法难以应对。方法：为解决这些挑战，研究提出 GenRepAI，一种用于导航和分析基因组后缀树的深度学习框架。GenRepAI 采用基于标记重复注释数据集训练的监督机器学习分类器，以及用于识别新型重复序列的无监督异常检测。模型通过卷积神经网络（CNN）、长短期记忆网络（LSTM）和视觉 Transformer 进行训练，以对人类基因组中的重复序列进行分类和注释。结果：GenRepAI 旨在全面分析构成

  来源：Current Bioinformatics

  时间：2025-05-21

• 慢性尼古丁对早老素 1/2 双敲除小鼠行为及分子通路的年龄与基因型依赖性影响

  阿尔茨海默病（AD）中尼古丁潜在治疗作用仍存争议，尤其是其年龄依赖性效应及潜在机制。本研究探究慢性尼古丁给药对早老素 1（Presenilin 1）/2 双敲除（DKO）小鼠（一种不依赖淀粉样 β 蛋白（Aβ）的 AD 模型）认知功能和分子通路的影响。3 月龄和 8 月龄的 DKO 及野生型（WT）小鼠接受口服尼古丁处理（100 μg/ml）3 个月。行为学评估显示，6 月龄组中，无论基因型如何，尼古丁处理组与对照组之间均无显著差异；而 11 月龄 DKO 小鼠中，尼古丁改善情境恐惧记忆，但同龄 WT 对照组的筑巢能力和线索恐惧记忆受损。前额叶皮层转录组分析发现基因型间对尼古丁的分子反应存在差

  来源：Current Alzheimer Research

  时间：2025-05-21

• 含十字花科或伞形科蔬菜膳食对含肉餐尿代谢组的影响：除异生物代谢外亦调节核苷酸代谢的随机交叉研究

  结肠癌作为全球第三大常见癌症，其发生受遗传和环境因素共同影响。大量研究表明，富含烤炸红肉的饮食因含有高浓度杂环胺（HAA，如 2 - 氨基 - 1 - 甲基 - 6 - 苯基咪唑 [4,5-b] 吡啶，PhIP），会显著增加结肠癌风险，而蔬菜水果的摄入则可能通过调控多种致癌相关通路发挥保护作用。然而，十字花科蔬菜（如西兰花、卷心菜）和伞形科蔬菜（如芹菜、欧防风）在伴随 HAA 暴露时对人体代谢组的影响，以及两者联合摄入是否具有协同或相加效应，此前尚未明确。为填补这一研究空白，美国明尼苏达大学的研究人员开展了相关研究，其成果发表在《Food Research International》。该研究

  来源：Food Research International

  时间：2025-05-21

• 生物炭配施沼液对作物产量、氮素利用效率及硝酸盐淋失的影响研究

  在农业可持续发展的探索中，生物炭作为一种新兴的土壤改良材料，其在提升作物产量、优化氮素管理及减少环境风险等方面的潜力备受关注。然而，现有研究大多聚焦于低肥力土壤或实验室条件，对于高肥力土壤中生物炭与有机肥料（如沼液）的协同效应，以及长期田间应用效果仍存在认知空白。例如，生物炭在高养分土壤中是否会通过吸附作用影响氮素有效性？与沼液配施时能否协同提升氮素利用效率（NUE）并减少硝酸盐淋失？这些问题制约着生物炭在集约化农业中的科学应用。为填补上述研究空白，德国研究人员在巴伐利亚州的常规农场开展了一项为期三年的长期田间试验，相关成果发表于《European Journal of Agronomy》。该

  来源：European Journal of Agronomy

  时间：2025-05-21

• 急性创伤性脑损伤患者急性症状性癫痫发作的预测因素及流行特征研究

  创伤性脑损伤（traumatic brain injury, TBI）是欧洲医院 admissions 的重要原因之一，其早期并发症急性症状性癫痫发作（acute symptomatic seizures, ASz）一直是临床关注的难点。ASz 指 TBI 后 7 天内发生的癫痫发作，不仅会增加患者的 morbidity 和 mortality，还可能为后期创伤后癫痫（post-traumatic epilepsy, PTE）埋下隐患。然而，目前不同研究中 ASz 的定义、亚临床发作的纳入标准及脑电图（electroencephalography, EEG）数据的应用存在显著异质性，导致对其真

  来源：Epilepsy & Behavior

  时间：2025-05-21

• 高强度 CrossFit® 训练急性生理反应的性别差异研究

  在健身领域，高强度功能性训练如 CrossFit® 日益流行，但关于其生理反应的性别差异研究却较为匮乏。现有研究多基于男性数据，女性独特的生理适应机制未被充分探讨，这可能导致训练方案缺乏针对性。例如，男性通常具备更高的最大摄氧量（VO2max）和更强的力量输出，而女性在耐力和代谢效率上可能存在差异，但这些差异如何影响 CrossFit® 训练中的心肺功能、血流动力学和代谢指标，尚需深入验证。此外，标准化训练课程（如 “Fran”）在不同性别中的生理负荷评估也缺乏系统数据，这限制了教练制定个性化训练计划的科学性。为填补这一空白，葡萄牙研究人员开展了相关研究，旨在分析男女训练者完成高强度 Cros

  来源：Current Research in Physiology

  时间：2025-05-21

• 马来丝虫和彭亨丝虫内共生沃尔巴克氏体 wsp 基因的遗传多样性、系统发育及免疫原性新见解

  在生命科学和医学领域，丝虫病作为由丝虫寄生引发的一类重要寄生虫病，其病原体与内共生细菌的相互作用一直是研究热点。沃尔巴克氏体（Wolbachia）作为广泛存在于节肢动物和丝虫体内的胞内共生菌，不仅对宿主的生殖发育至关重要，还与宿主的免疫反应密切相关。然而，关于丝虫体内沃尔巴克氏体表面蛋白（WSP）的遗传多样性、进化关系及其免疫原性，尤其是在泰国地区的马来丝虫（Brugia malayi）和彭亨丝虫（Brugia pahangi）中的具体情况，此前研究仍存在诸多空白。例如，传统形态学方法对微丝蚴的鉴定存在困难，基于其他基因的分子研究虽有开展，但针对wsp基因的多样性分析及免疫原性研究尚不充分，而

  来源：Current Research in Parasitology & Vector-Borne Diseases

  时间：2025-05-21

• 动作观察中的（非）意向性偏差再探：姿势、时间与分裂型认知风格的影响

  论文解读在人类日常社交中，理解他人行为背后的意图是核心能力之一。当观察他人动作时，我们常下意识推断其目标，例如看到手指按下按钮，会默认这是有意识的行为。然而，当动作存在模糊性 —— 比如手指可能被外部设备拉动时，这种意向性判断是否可靠？过往研究提出 “意向性偏差”（Intentionality Bias），认为人们倾向于将模糊动作自动归因为内部驱动，但这一过程是否受个体认知差异影响，以及是否存在其他调节因素（如动作时间、身体姿势），仍需深入探讨。为解决这些问题，英国赫尔大学（University of Hull）的研究团队开展了一项针对动作意向性感知的研究，成果发表于《Cognition》。研

  来源：Cognition

  时间：2025-05-21

• 马来西亚沙巴州诗巴丹岛保护区土壤分离链霉菌 M41 株的基因组草图序列及其次级代谢产物合成潜力研究

  链霉菌（Streptomyces）物种因其特定环境适应机制而以产生抗菌物质和合成次级代谢产物闻名。从马来西亚沙巴州仙本那地区诗巴丹岛（北纬 4°7'0.33"″，东经 118°37'40.972"″）保护区土壤中分离出链霉菌 M41 株，采用放线菌分离琼脂培养基（印度 HiMedia 公司）进行分离。具体步骤为：称取 1 克土壤样品至试管，加入 9 毫升无菌蒸馏水制成 10 倍稀释液，将稀释液涂布于未过滤的放线菌分离琼脂培养基，在 25°C 需氧条件下培养 3 天。挑取单菌落，随后在放线菌肉汤中于 25°C 需氧条件下持续振荡培养 3 天，之后进行基因组 DNA 提取。使用德国 Qiagen

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 密歇根州分离的志贺菌噬菌体Moonfish全基因组测序揭示N4样噬菌体新成员及其窄宿主特性

  在密歇根州巴里郡的长角牛牧场水源中，科学家捕获了一株形态独特的志贺菌噬菌体Moonfish。电子显微镜下可见其典型的短尾二十面体结构(podophage morphology)，基因组分析显示69,166 bp的DNA链条藏着82个基因，包括44个功能注释基因和1个tRNA。这株噬菌体与已知的N4样噬菌体家族成员Moo19有着78%的基因相似度，却展现出令人惊讶的"挑食"特性——仅能裂解具有天然O抗原的S. flexneri血清型Y菌株PE577，而对经过糖基化修饰的2a2血清型CFS100完全无效。研究团队采用Illumina NextSeq2000平台进行高通量测序，通过SPAdes组装和

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 甲基化图谱分析工具methylMapR：基于PacBio长读长测序解析原核生物功能性甲基化组

  在生命科学领域，DNA甲基化作为关键表观遗传标记，已被广泛证实参与原核生物的转录调控过程。甲基转移酶(DNMT)依赖S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体，将可遗传的甲基标签共价修饰到特定基序的碱基上。有趣的是，二分裂过程中子代DNA链会保留亲代的半甲基化状态，而新生链需经DNMT重新甲基化。研究团队推出的methylMapR创新性地利用PacBio测序平台(PBS)的动力学数据——通过检测DNA聚合酶掺入碱基的间隔时间比(IPD)，精准识别甲基化位点。当IPD比值升高时，往往暗示甲基基团阻碍了聚合酶行进。该工具整合转录因子结合位点(TFBS)、编码序列(CDS)等多元数据，可智能预测甲基化-转录互作类

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 日本猫传染性腹膜炎患猫 I 型猫冠状病毒株 FIPV-Aqua 的近完整基因组测序

  猫传染性腹膜炎（FIP）是由冠状病毒科 α 冠状病毒属的猫冠状病毒（FCoV）引起的致命性全身性肉芽肿疾病。FCoV 根据病毒中和抗体分为血清型 I 和 II，其中血清型 I 在日本占主导。解析 FCoV 遗传多样性是开发 FIP 疫苗的关键，但目前全基因组测序在分子流行病学中的应用研究较少。本研究报道了日本一例 FIP 患猫的 FCoV 毒株 FIPV-Aqua 的基因组序列。FIPV-Aqua 毒株分离自一只 5 月龄雄性美国短毛猫的胸腔积液，该猫表现出 FIP 相关临床症状，通过逆转录定量 PCR 在胸腔积液中检测到 FCoV 基因，结合症状和临床生化结果确诊为 FIP。研究中使用感染猫

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 从林地土壤中分离的 7 株芽孢杆菌科菌株的基因组草图组装

  内生孢子形成菌（endospore-forming bacteria）广泛存在于包括陆地土壤在内的多种环境中，其中许多被认为具有促进植物生长的作用。2024 年 1 月 23 日，研究人员从郊区大学校园的林地采集了两个土壤岩芯，并从每个岩芯中分离出矿物层和有机层。通过将约 100 µL 土壤与 1 mL 无菌水混合、涡旋、95°C 加热 10 分钟以确保内生孢子存在，再将悬浮细胞涂布于含 5% 羊血的胰蛋白酶大豆琼脂培养基上，分离出 7 株内生孢子形成菌，分别为 wiedmannii SC129、 pseudomycoides SC131、 pumilis SC133、Peribacillus

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 船蛆内共生菌Teredinibacter turnerae两株菌株SR01903与SR02026全基因组解析及其共生机制研究

  船蛆（Teredinidae）这类以木材为食的双壳贝类，其鳃部栖息着一种可培养的细胞内共生菌——Teredinibacter turnerae（分类学归属：γ-变形菌纲Gammaproteobacteria，Cellvibrionaceae科）。这些神奇的微生物能分泌降解木质纤维素(lignocellulose)的酶系，帮助宿主消化木材，因而成为新型酶制剂和药物开发的明星菌种。研究人员从佛罗里达州印第安河泻湖采集的船蛆Lyrodus pedicellatus（野生型）和Teredo bartschi（实验室第四代）鳃部分离出SR01903和SR02026两株菌株。采用含纤维素粉末（Sigmac

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 尼日利亚土壤源Acinetobacter junii ABJ_A23_1菌株基因组草图揭示其生态适应性与潜在临床意义

  在尼日利亚Gwagwalada地区（坐标8°58′51″N, 7°03′04″E）的溪流沉积物中，科学家们捕获了一株颇具研究价值的细菌——Acinetobacter junii ABJ_A23_1。通过矿物盐培养基预富集和CHROMagar显色培养，这些革兰氏阴性菌展现出典型的猩红色菌落特征。借助Illumina MiSeq平台产生的1,300万条双端测序数据，研究团队采用SPAdes算法成功拼装出包含126个contigs的基因组草图（N50 62,941 bp）。这个3.2兆碱基的基因组藏着不少秘密：38.48%的GC含量、2,975个蛋白编码基因，还有64个tRNA守卫着蛋白质合成工厂。

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 人类及动物胃部非幽门螺杆菌（NHPH）模式菌株全基因组序列研究 —— 揭示 suis、heilmannii 及 ailurogastricus 菌株的遗传特征

  非幽门螺杆菌（Non-Helicobacter pylori Helicobacter, NHPH）类群定殖于人和动物胃部并与健康相关。本研究聚焦感染人类胃部的主要 NHPH 菌种 —— 猪幽门螺杆菌（Helicobacter suis）、海尔曼螺杆菌（Helicobacter heilmannii）和猫胃螺杆菌（Helicobacter ailurogastricus），首次完成其模式菌株全基因组测序。菌株 HS1T（H. suis）、ASB1T（H. heilmannii）、ASB7T（H. ailurogastricus）分别分离自猪、猫，采用 Illumina MiniSeq 和 Ox

  来源：Microbiology Resource Announcements

  时间：2025-05-21

• 人眼角膜细胞力学 - 细胞骨架耦合随近视严重程度变化的定量分析

  在视觉健康领域，近视如同潜伏的 “视力杀手”，正以惊人的速度席卷全球。据世界卫生组织数据显示，全球近视人数已超 25 亿，且在亚洲地区呈现高发态势。作为眼球重要的屈光介质，角膜的生物力学特性与近视的发生发展紧密相连。角膜细胞作为角膜组织的基本单元，其纳米力学特征被认为是推动近视进展的关键因素之一。然而，在人类角膜细胞中，机械特性与细胞骨架形态之间究竟如何相互作用，这种耦合关系又如何在不同近视严重程度下发生变化，这些关键科学问题一直笼罩在迷雾之中。解开这些谜团，不仅能揭示近视背后的生物物理机制，更有望为临床防控提供全新的靶点和思路。为了攻克这一科学难题，一组研究人员开展了深入研究（注：原文未提及

  来源：Biophysical Reports

  时间：2025-05-21

• 精氨酸与有机磷酸相互作用的热力学研究：力场优化与生物分子建模的关键进展

  在生命科学的微观世界里，生物分子间的相互作用如同精密齿轮的咬合，驱动着细胞内的万千变化。其中，精氨酸与磷酸基团的结合机制一直是解开细胞信号传导、蛋白质 - 核酸互作以及膜蛋白动态调控谜题的关键锁钥。作为生物分子中的 “信号枢纽”，单酯磷酸（monoester phosphates）常以强静电锚定剂的身份，精准定位在开关结构域中，介导特异性相互作用；而二酯磷酸（diester phosphates）则像无处不在的 “分子胶水”，不仅是所有核酸和极性脂质的骨架连接者，还通过广泛的静电作用编织着复杂的分子网络。然而，现有的分子力场模型在模拟这两种磷酸构型与精氨酸的相互作用时，却面临着精度不足的挑战

  来源：Biophysical Journal

  时间：2025-05-21

• 牛磺酸作为抗杀鲑气单胞菌相关代谢物的鉴定及其对大菱鲆（Scophthalmus maximus）的保护、免疫调节和微生物群塑造作用

  在水产养殖的蓬勃发展进程中，细菌性疾病却如乌云般笼罩着这一领域，成为制约其健康发展的重大难题。其中，杀鲑气单胞菌（Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida）的肆虐尤为突出，它不仅引发鱼类大规模感染，造成巨大的经济损失，还严重影响鱼类福利。传统的抗生素治疗手段虽曾发挥作用，但带来的耐药性问题和环境污染等弊端日益凸显，迫切需要寻找绿色、可持续的解决方案。在此背景下，探寻与鱼类抗病能力相关的代谢标记物，并将其应用于功能性饲料开发，成为水产养殖领域的重要研究方向。为了攻克这一难题，相关研究人员开展了深入研究。不过文中未明确提及研究机构的具体名称。该研究旨在鉴定大

  来源：Aquaculture

  时间：2025-05-21

• 综述：磷虾产品对非鲑科养殖鱼类生长、健康及鱼肉品质的影响

  Abstract全球鱼类蛋白需求激增推动了对传统水产饲料原料鱼粉（FM）和鱼油（FO）替代品的探索。植物蛋白虽成本低廉，但存在抗营养因子、缺乏必需长链多不饱和脂肪酸（如EPA和DHA）等问题，影响鱼类生长和产品营养价值。南极磷虾作为低营养级生物，其产品（磷虾粉KM、磷虾油KO、磷虾水解物KH）凭借高生物利用度的磷脂结合型ω-3脂肪酸、虾青素及完整氨基酸谱，成为突破性解决方案。生长性能与饲料效率多项研究表明，磷虾产品可显著改善非鲑科鱼类（如罗非鱼、鲈鱼）的特定生长率（SGR）和饲料转化率（FCR）。其关键机制在于：1）磷脂结合的EPA/DHA20:5/22:6直接参与能量代谢；2）虾青素提升摄食

  来源：Aquaculture

  时间：2025-05-21

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